臺北高等行政法院 高等庭(含改制前臺北高等行政法院)98年度訴字第1595號

• 裁判案由: 營利事業所得稅
• 案件類型: 行政
• 審判法院: 臺北高等行政法院 高等庭(含改制前臺北高等行政法院)
• 裁判日期: 99 年 04 月 01 日

臺北高等行政法院判決
98年度訴字第1595號99年3月18日辯論終結原　　　告　台灣汽電共生股份有限公司
代　表　人　甲○○
訴訟代理人　袁金蘭（會計師）
林瑞彬　律師
被　　　告　財政部臺北市國稅局
代　表　人　乙○○
訴訟代理人　丙○○
上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國98年6 月15日台財訴字第09800145680 號（案號：第00000000號）訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文
原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事 實 及 理 由
一、事實概要：緣原告民國95年度營利事業所得稅結算申報，原列報全年所得額新臺幣（下同）417,109,738 元，停徵之證券、期貨交易所得1,080,000 元及前5 年核定虧損本年度扣除額10,446,944元，課稅所得額為405,582,794 元。經被告初查核定其全年所得額為417,109,738 元，前5 年核定虧損本年度扣除額為0 元，課稅所得額416,029,738 元（全年所得額417,109,738 元－前5 年核定虧損本年度扣除額0 元－停徵證券、期貨交易所得1,080,000 元），補徵稅額2,463,186 元。原告不服，就前5 年核定虧損本年度扣除額項目，申請復查，未獲變更，提起訴願，遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、本件原告主張：
㈠訴之聲明：
⒈原處分、復查決定及訴願決定均撤銷。
⒉訴訟費用由被告負擔。
㈡本案原告已符合所得稅法第39條之規定，自得合法享有前5
年虧損後抵之權利，然被告援引財政部66年3 月9 日台財稅第31580 號函釋（下稱財政部66年函釋）將原告所申報前五年虧損數扣除投資收益，降低得扣抵之虧損金額，明顯非法且不公平的限制納稅義務人合法之抵稅權利：
⒈按司法院釋字第650 號解釋之意旨，財政部66年函釋欠缺所得稅法之明確授權，係對所得稅法第39條規定加諸不當之限制，增加納稅義務人法律所無之租稅義務，違反憲法第19條租稅法定主義：
⑴按「憲法第19條規定，人民有依法律納稅之義務，係指國家課人民以繳納稅捐之義務或給予人民減免稅捐之優惠時，應就租稅主體、租稅客體、稅基、稅率等租稅構成要件，以法律或法律明確授權之命令定之；如以法律授權主管機關發布命令為補充規定時，其授權應符合具體明確之原則；若僅屬執行法律之細節性、技術性次要事項，始得由主管機關發布命令為必要之規範。」為司法院釋字第650 號解釋之意旨（鈞院卷第115 頁證物2
）。次按司法院釋字第367 號解釋係明定：「若法律僅概括授權行政機關訂定施行細則者，該管行政機關於符合立法意旨且未逾越母法規定之限度內，自亦得就執行法律有關之細節性、技術性之事項以施行細則定之，惟其內容不能牴觸母法或對人民之自由權利增加法律所無之限制，行政機關在施行細則之外，為執行法律依職權發布之命令，尤應遵守上述原則。
⑵查行為時所得稅法第39條係規定：「以往年度之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第七十七條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前五年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」，故依本條之明文規定，係採「核定之前五年內各期虧損」之基礎計算，其定義明確，即核定之前五年內各期虧損金額得自本年度純益額中扣減係唯一合法之計算扣減方式，且使徵納雙方有一致的基礎，符合客觀及公平原則；然被告卻依據財政部66年函釋：「公司組織之營利事業適用所得稅法第三十九條規定，自本年度純益額中扣除前三年各期核定虧損者，應將各該期依同法第四十二條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。」，認定虧損要先減除投資收益，惟查，若立法者有意就此計算方式另加限制或變更計算，自應於立法時明文規定或提案修法以為納稅義務人明確遵循，尚無需行政機關自為法律明文外之揣測解釋，藉以任意擴大稅基，增加納稅義務人負擔，是以原告原申報虧損扣抵之金額，係確實依據被告所製發之94年營利事業所得稅核定通知書（鈞院卷第119
頁證物3 ）上所載五年累計核定課稅所得額虧損金額10,446,944元依法列報及扣抵，自與所得稅法第39條之規定完全相符，應予全數認列。
⑶依前述司法院釋字第650 號解釋之意旨，財政部66年函釋顯未有所得稅法本文之「明確授權」，若稅務機關僅以該函釋為依據，而就租稅構成要件、非屬技術性與細節性範疇事項加以規定，進而增加法律所無之納稅義務人租稅負擔，在未有法律具體明確之授權下任意規範，自不得將此種違反租稅法律主義與法律保留原則之規定適用於本案。詳言之，依據該解釋之意旨，凡增加營利事業當年度之所得及應納稅額，即已涉及租稅客體稅基之規範，即顯非執行法律之細節性或技術性事項；而本案中基於租稅法律主義，除稅法有所規定外，稅務機關不得以短計納稅義務人之虧損扣抵金額或其他方式致增加其納稅負擔，否則即屬越權。因此財政部不應另定與稅法本文不符之66年函釋，自行變更所得稅法明確計算之規定，引用過時、未將前三年虧損修正為前十年虧損之錯誤解釋函令，自行加入「虧損扣抵數應先行減除投資收益」之要件，致原告依法可扣抵之虧損金額減少，在無法律基礎下增加納稅義務人之租稅負擔，顯違反母法所得稅法第39條之明文規定，對其增訂不當之限制，有違憲法第19條所揭櫫之租稅法律主義，是以，66年函釋根本不得作為本案核課之法律依據。
⒉依稅務機關所定營利事業所得稅申報書之統一格式所載，被告援引財政部66年函釋顯與申報書之指示間彼此相互矛盾：
按被告之主管機關財政部所定統一格式之營利事業所得稅申報書及其後附之填表須知（鈞院卷第121 頁證物4 ）所載，其第55欄係：「前五年核定虧損本年度扣除額（藍色及簽證申報適用）」，而填表說明中亦未標示前五年核定虧損之本年度扣除額之計算公式應先減除投資收益，可見被告制定營利事業所得稅申報書時，即依照所得稅法第39條之規定同意納稅義務人可直接以前五年核定虧損作為應納稅額之減項，並以製發全國以供納稅義務人依循，然被告仍援引違法錯誤之66年函釋，推翻自定之申報計算表格，要求原告額外計算補稅，稅務機關之不同規定或指示間，顯有前後矛盾之處，實令納稅義務人無所適從。
⒊被告援引66年函釋，會造成所得總額相同之公司間，應納稅額負擔不相當之情形，有違租稅公平原則：
⑴查所得稅法第39條之立法意旨為：「以往年度虧損原則上不得列入本年度計算，但以『年度』為期限，計算營利事業之所得，常使變動性大之所得，負荷過重。」（鈞院卷第125 頁證物5 ）此係因所得稅法規定係以「年」為課稅期間之時間單位，而為弭平「分年」計徵營利事業所得稅對於營利事業各年度之課稅所得造成巨幅異動而可能產生稅賦加重之情形，方訂定所得稅法第39條之規定。是以，揆諸相關法令及所得稅法第39條之立法意旨均可證明，在符合特定條件後「虧損扣抵制度」之設計，在消弭跨年度間「課稅所得額」之變動，以便更精緻地衡量營利事業之納稅能力，故可知所得稅法第39條之基本精神在於租稅公平。按「租稅公平原則」之精神，相同之事務應為相同之處理，不同之事務應為不同之處理，惟被告援引66年函釋辦理，會造成相同營業結果之不同公司間，若投資收益實現年度不同，即相對產生應納稅額不相當之情形，茲舉例如附表。
⑵假設有A 、B 兩家公司，兩年合計稅前財務損益皆相同（均為所得總額600,000 元），在不考慮累進差額情況下，其營運狀況亦完全相同，A 公司在97年度產生盈餘300,000 元，而B 公司於97年度產生虧損100,000 元，兩者皆已內含了投資收益100,000 元，如其各自盈虧互抵時，須將虧損年度免稅所得扣除，此時A 公司合計應納稅額為125,000 元，B 公司合計應納稅額為150,000
元，故在僅是盈餘分佈情形不同，而總所得相同下，卻造成A 、B 兩家公司前後兩年度的合計租稅負擔不相當，此種不公平之情形，除非立法者有意的予以設計且有正當理由，絕無以一紙函釋任由行政機關創設之理。
⑶從上述可知，被告若按66年函釋之規定，會造成A 、B
公司之間僅因所得實現年度不同，即產生應納稅額不相當之情形，顯不符租稅公平原則。
⒋財政部98年5 月27日台財稅第00000000000 號函釋，股票股利之稅務處理，比照財務會計準則規定，調整投資成本非屬所得，顯推翻財政部66年函釋規定「股利收益」應自申報前五年虧損扣除之見解：
蓋投資收益者，係包括現金股利與股票股利。若為股票股利之性質而言，按一般公認會計原則彙編第19條第4 項後段規定：「收到股票股利時，不列為投資收益，僅註記股數增加並重新計算每股成本或帳面價值」（鈞院卷第127
頁證物6 ），並不會影響當期損益，並非真正有收益可言，是以，營利事業如獲配股票股利時，對該公司之持股比例仍相同，僅是其持股數增加，並不會產生財務所得。另為配合所得稅法第66條之9 修正，自94年度起應加徵10%
營利業所得稅之未分配盈餘改依商業會計法計算稅後純益為基準，是以財政部98年5 月27日台財稅第00000000000
號函釋乃規定（鈞院卷第135 頁證物7 ）「公司組織之營利事業投資國內其他營利事業，於94年度或以後年度獲配之股票股利，應依一般公認會計原則註記股數增加，並按收到股票股利後之總股數，重新計算每股成本或每股帳面價值。」故按此函釋，原告於94年度所獲配之股票股利20,000,000元（鈞院卷第137 頁證物8 ），即非屬所得之概念，則該項股利不須計入所得額課稅。然按66年函釋之規定，虧損年度若有股票股利，應先加回為虧損之一部分使得其金額自盈餘年度之盈餘中扣除，而認為所獲配之股票股利為所得之概念，二函釋間顯有牴觸，應可認為98年函釋已糾正66年函釋之錯誤觀念，而實質認定66年函釋應不予適用，被告之認事用法未適用98年函釋，即顯有違誤。⒌細究被告依據66年函釋而對所得稅法第39條所為之限制，顯屬多慮而無實益：
⑴訴願決定中認定被投資公司於計算虧損時，自應與「核定虧損」數一併考量，方能正確計算營利事業之所得金額，投資收益係屬營利事業之實質所得；然而，依據所得稅法第42條第1 項「公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得稅課稅，其可扣抵稅額，應依第六十六條之三規定，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額。」之規定（鈞院卷第141 頁證物9 ），投資收益既不計入所得，即表示其依法已與營利事業之所得或損失無關，被告即不應違法引用66年函釋規定以投資收益調整虧損扣抵之金額。
⑵縱投資收益中，所收到之股利為現金股利之性質，在我國所得稅兩稅合一制度下此等股利收入亦應再轉分配予最終自然人股東所享有，由自然人股東申報所得課稅，此等所謂「收益」之現金股利對於「導管」之非自然人股東非係屬所得，是以，原告等營利事業所收到之投資收益，不論法律形式上與經濟實質上皆難謂為單純之所得或收益之性質，自非屬被告所稱之實質所得，自無須將此投資收益自前五年虧損數中調整加回；亦即，66年函釋僅係將非屬所得之投資收益調整回虧損中，反而會錯誤計算前五年虧損金額，被告堅持援用66年函釋之結果，除顯屬多慮而無實益外，亦將造成核課結果與事實不同之錯誤。
㈢按所得稅法第39條之構成要件，稅務機關對「投資收益」項目進行調整並非所得稅法第39條法定之職權範圍，該法之規定範圍僅限於經稽徵機關核定之前五年內各期虧損，而未有將投資收益加回之處分權限，被告之核定卻將「投資收益」變性為「虧損」調整項，顯違反所得稅法第39條之明文以及租稅法律主義：
⒈按中央法規標準法第5 條之規定，關於人民之權利義務事項應以法律定之，另按憲法第19條「租稅法律主義」之規定，舉凡應以法律明訂或法律未予規定之租稅項目，不得比照或類推適用其他法令之規定，或者另以命令做不同之規定，或甚至增列法律所無之限制，否則即違反租稅法定主義。又法律之適用過程，應先辨認事實，探究其事物之本質後再加以定性，而定性乃該事實於法規範中探尋其應屬之角色，為該事實定性後，才確定該事實應有該法規範所規定之法律效果，謹先敘明。
⒉依行為時所得稅法第39條但書之文義解釋，被告之法定職權係將「核定之前五年內各期虧損」自「本年度純益額」中扣減，而所謂本年度「純益」依據所得稅法第24條「營利事業所得之計算，以其年度度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。…」可知純益是依據稅法規定之「稅上」所得額，亦即非稅法明定之收入、成本費用或損失即不應列為計算「純益」之項目，故營利事業之「投資收益」既已依法不列入所得額，自非所謂當年度純益之一部，本即毋須自本年純益中扣除。是以，原告於95年度原申報虧損扣抵之金額，係確實依據被告過往五年所核定之五年累計核定課稅所得額虧損金額加以列報及扣抵，自與所得稅法第39條之規定完全相符，應予全數認列。然被告將非屬「純益」一部之投資收益自本年純益額中加回，已非依該條之構成要件為處分，逕行擴大其職權範圍至稅法所未規定之處，將免稅投資收益「變性」為其有權核定之「虧損」調整項目，貿然將其列為所得稅法第39條之法定調整項目之一，絕非依法行政之行為；亦即，按租稅法律主義，除稅法有所規定外，稅務機關不得以短計納稅義務人之虧損扣抵金額或其他方式致增加其納稅負擔，否則即逾越職權，本件被告未有將原告之投資收益加回之處分權限，卻自行加入「虧損扣抵數應先行減除投資收益」之要件，致原告依法可扣抵之虧損金額減少，顯非適法。
㈣被告援引財政部66年函釋，將投資收益自核定虧損中先行抵減，將致被投資公司分配之稅後盈餘，於原告身上透過虧損扣抵先行抵減投資收益方式，造成重複課稅情形，顯有違兩稅合一之立法目的：
⒈查所得稅法第42條第1 項之規定，係為配合營利事業所得稅、綜合所得稅之兩稅合一制度，將法人股東之營利事業所取得之投資收益，改由個人股東為最終實際納稅義務人，故法人股東之營利事業僅為導管，實際不應負擔納稅義務。故原告取得之投資收益，係來自被投資公司繳納營利事業所得稅後之盈餘分配，即該投資收益在被投資公司階段，已被課徵營利事業所得稅，而為避免在法人股東之營利事業階段，再被加徵一次營利事業所得稅，投資收益依所得稅法第42條自始即不計入營利事業之課稅所得額中，始能真實實現兩稅合一之立法精神。
⒉所得稅法會因不同目的而分別提供納稅義務人各種不同之租稅優惠，各種租稅優惠原則上不相互牴觸，除非以法律位階之所得稅法加以限制，而此免計入所得額之投資收益，營利事業於自身階段僅為導管，本應非屬營利事業所得。同時，虧損可抵減金額，亦是所得稅法第39條規定下，納稅義務人可享有之抵稅權利。此二種租稅優惠之性質不同，納稅義務人本即可分別依所得稅法之不同規定適用享有該等不同優惠。而66年函釋規定之核定虧損金額應先行扣除免計入所得之投資收益，造成降低原告虧損可減除之金額，等同於破壞87年實施兩稅合一制度後，投資收益已不被視為營利事業所得意旨，顯見該函釋在所得稅法修正，並未予以同步修正之，已屬未能正確考量經濟事實、錯誤並限縮所得稅法第39條之落後函釋，自應不再予以援用。
⒊詳言之，就投資收益而言，確實已在被投資公司階段繳納過一次營利事業所得稅，既投資收益已被課過一次所得稅，法人股東之營利事業就不應該因投資收益，再補繳一次營利事業所得稅，此為所得稅法第42條規定避免對投資收益雙重課稅之立法意旨。本件原告因投資收益，而被另行就投資收益之額度部分否准以虧損扣抵應納稅額，形同再補繳一次營利事業所得稅，造成投資收益在投資公司階段重複課稅。如此投資收益有重複課稅之疑慮。
㈤被告依66年函釋之規定，營利事業取自國內被投資公司發放之投資收益，須先將該收益自核定虧損中先行抵減，係無合理之理由而異於其他免稅所得不需加回核定虧損之規定，彼此矛盾，顯與所得稅法第39條之意旨不符：
⒈依據66年函釋規定，公司於計算前五年虧損扣抵金額時，必須將各年度取得之投資收益，先行自各該期之核定虧損中抵減，始為「營業之虧損」而得適用所得稅法第39條但書之規定，作為以後五年度可適用之核定虧損扣抵金額。然「公司組織之營利事業依所得稅法第三十九條規定將經稽徵機關核定之前三年內各期虧損自本年度純益額中扣除時，各該虧損年度如有暫停課徵營利事業所得稅之證券交易所得，無須先予抵減各該年度之核定虧損，但停徵期間所發生之損失，亦不得併入前三年核定虧損額，自本年度純益額中扣除。」、「公司組織之營利事業適用所得稅法第三十九條規定，自本年度純益額中扣除前三年各期核定虧損者，各該虧損年度如有依同法第四條第十六款規定免納所得稅之土地交易所得，可免先予抵減各該期之核定虧損，但出售土地之損失，亦不得併入前三年核定虧損額，自本年度純益額中扣除。」分別為財政部74年7 月6 日台財稅第18503 號函釋（下稱74年函釋，鈞院卷第143 頁證物10）及財政部76年9 月22日台財稅第7585901 號函釋（下稱76年函釋，鈞院卷第145 頁證物11）之規定。由該二函釋可知停徵證券交易所得稅之證券交易損益（所得稅法第4 條之1 ）不須列入盈虧互抵之範圍，以及免納所得稅之土地交易所得（所得稅法第4 條第16項），亦可免先予抵減各該期之核定虧損；惟66年函釋之規定，投資收益應自各期核定虧損中先行抵減，異於其他免稅所得課稅之規定。
⒉蓋營利事業有所得即應課稅，但實際上營利事業之所得中若有所得稅法特別規定之免稅所得，則免稅所得之部分依法可不須課稅，此為國內外政府通常基於各種政策目的所採行之各種優惠措施，諸如避免重複課稅之投資收益及土地交易所得免稅及為擴大或維持資本市場規模而停徵之證券交易所得等等。是以所得稅法規範之各種免稅所得，雖本質及來源因政府各種政策考量而有所不同，但政府採行免稅優惠措施，以減免所得稅來達到特定之政策目的，則無二致，被告竟援引過時之66年函釋，將原告之投資收益自核定虧損中先行抵減，乃異於前揭財政部74年及76年函釋，對於停徵之證券交易所得及出售土地之免稅所得，不必於扣除核定虧損前先行減除之規定，據以變相取消關於投資收益之免稅權利。
⒊前揭財政部74年及76年函釋，對於停徵之證券交易所得及出售土地之免稅所得，不必於扣除核定虧損前先行減除之規定，符合所得稅法第39條之規定，免稅所得並不會影響應稅交易之盈虧互抵計算，與原告主張免稅及應稅交易分開計算同理。是以，按免稅所得仍屬所得之一，僅是因某些政策上之原因而被歸類為無應納稅額之免稅所得，此種需計入所得之部分既然毋須加回前五年核定虧損中，則根本屬於「不計入所得」之投資收益，已非屬所得，相較於仍為所得性質之免稅所得，其情節自然更輕微，更未具所得性質，營利事業於計算各期核定虧損扣抵之金額時，舉重以明輕，既然免稅所得毋庸抵減當年度核定虧損，被告自無理由要求營利事業將非具所得性質之投資收益，須自核定虧損中減除。是以，66年函釋中使核定虧損金額降低之規定，並無合理之論理依據，且對於租稅之公平性顯然相左，顯已與所得稅法第39條之意旨相違。
㈥免稅所得與不計入所得額課稅之所得於本案中實質上並無區別實益，均自始與「課稅所得額」之計算無關，自毋須將該等所得列入核定虧損中以作為「虧損扣抵」之調整項目
⒈「免稅所得」係指在所得稅立法課徵之範圍中，依稅法明文將某些所得予以特別規定，俾資免納所得稅，亦即該被選定之所得類別可不予計入課稅所得之中，係將其排除於所得稅基之外之所得額而免除其租稅負擔，例如證券交易所得即屬之；另「不計入所得額課稅之所得」，本即屬應課稅性質之營利所得，僅基於兩稅合一制度實施後始全數免予計入所得額中課稅。申言之，「免稅所得額」及「不計入所得課稅之所得額」之字面文字上雖不相同，惟二者本質上皆為所得之概念，且均無須負擔繳納所得稅，故其經濟實質與法律效果皆無不同，是以，於本案中二者並無區別實益且自始與「課稅所得額」之計算無關，自毋須將該等所得列入核定虧損中以作為「虧損扣抵」之調整項目。
⒉再者，另針對被告所稱：「至原告主張系爭投資收益之免稅所得性質與土地交易所得及證券交易所得相同，…，經查土地交易所得係依據所得稅法第4 條第1 項第16款免納所得稅，證券交易所得係依所得稅法第4 條之1 停止課徵所得稅，而系爭投資收益則係依據所得稅法第42條規定不計入所得額課稅之所得，三者據以免納所得稅之法令規定均不相同，是系爭投資收益，尚難比附援引…」，惟證券交易所得與土地交易所得依法係為免稅所得，依據租稅法律主義，稅務法令本即須明文另外加以規定將其排除於課稅所得之計算，已如前述，而本案此兩者法源雖有不同，但其不課稅之本質仍為相同，法律效果亦相同。
⒊是以，前揭交易所得依據之法令不同乃當然之理，在稅務處理上亦仍應採用相同方式之處理；被告之理由僅主張法源不同，故原告系爭投資收益尚難比附援引，然行政機關對於相同之事實本應為相同之處理，如兩者之法律效果與經濟實質相同，自無否准比照適用之理。
㈦被告以66年函釋為核定準據，並以「商業會計法」之財務會計觀點認定原告之投資收益係屬「虧損」而作此行政處分，被告之認事用法顯有未當且違反租稅法律原則
⒈被告稱：「原告94年度並未實際發生虧損。」然此見解顯非正確，查原告95年度營利事業所得稅之申報，係依稅法之規定列報及扣抵前期之核定虧損數，與所得稅法第39條之構成要件完全相符，自無否准原告列報虧損扣抵之理；雖然依商業會計法及財會公報之規定原告確有取得投資收益，故使當年度財上的所得為正數而仍有盈餘，但依稅法規定計算之所得數卻小於0 而為虧損，為兩造所不爭，惟按前述所得稅法第39條所指「虧損」之文義，絕不可能係指財務會計所載之虧損，而係指依所得稅法之規定依法列報扣抵之虧損金額，合先敘明。
⒉詳言之，被告等稅務機關在作成課稅處分時，原則上本應依據「稅務法規」為之（可參考營利事業所得稅查核準則第2 條第2 項之規定），若須改依據「商業會計法」以作為核定基礎，法條中自應予以明確規範使原告等營利事業納稅義務人有所遵循。以86年12月所增訂之所得稅法第66條之9 之規定為例，該法係規定自87年度起，為避免營利事業藉保留盈餘規避股東或社員之稅負，就當年度之未分配盈餘加徵百分之十之營利事業所得稅。此後共歷經二次修法，86年12月基於兩稅合一制度之實施，稅務機關為避免營利事業所記載之財務會計所得有所偏誤，故規定須依「稅法」規定之課稅所得來調整計算以求得可供分配之財務所得；然立法者後於95年5 月修訂將其改為直接依「商業會計法」之財務所得認定當年度稅後純益（鈞院卷第227 頁證物13），而不再以課稅所得為出發點調整得出可供分配之稅後純益（此兩種方法算出之可供分配稅後純益往往有所不同）；簡言之，自94年度起營利事業應加徵10%
營利事業所得稅之未分配盈餘係改依「商業會計法」計算稅後純益為基準，故修法前後最大的差異即在於未分配盈餘之計算基礎為「稅法」抑或直接以「商業會計法」之規定，亦即未分配盈餘之計算毋須再調整「財務所得」與「稅務所得」之差距，由此可知，若須以財務會計所計算之所得以作為課徵稅捐之法定要件之一，應須有法律之明文規定方得執行，或稅法全無相關規定時方可援用，而非可由被告任意拋棄其稅務機關應依稅法規定核課之本位立場，無端改採用財務會計所得之概念而認為原告並未虧損，忽略原告在稅上有虧損之事實，自非合於稅法規定之行政處分方式。本案中，原告按所得稅法第39條之規定申報虧損扣抵之金額，然被告卻援引過時且係於兩稅合一制度實施前所訂之66年函釋為核定準據，並未以稅法規定認定盈虧，而改以「商業會計法」之財務會計觀點認定原告之投資收益係屬稅上「虧損」調整之性質而作此行政處分，故被告之認事用法顯有未當且違反租稅法律主義。
㈧我國兩稅合一於87年實施後，營利事業投資於國內其他營利事業所獲配投資收益之租稅定性已與87年度以前不同，亦即投資收益已與營利事業無關而被規定「不」計入所得額課稅，營利事業僅為導管而不因投資收益產生所得，被告援引兩稅合一實施前制定而顯已過時，且應廢止或修正之66年函釋，將此等非屬營利事業所得之投資收益加回以計算純益，顯有違誤：
⒈查我國兩稅合一制度自87年1 月1 日施行前之所得稅法第42條規定為：「公司組織之營利事業，投資於國內其他非受免徵營利事業所得稅待遇之股份有限公司組織者，其投資收益之百分之八十，免予計入所得額課稅。」（鈞院卷第233 頁證物14）是以，投資收益中之20% 對於營利事業仍為應稅所得，而其餘80% 之部分係認定屬投資收益相關成本費用，逕按投資收入扣除成本費用後之淨額20% 列入所得，是以，財政部66年函釋時，亦援引此一文字而規定應將本質上為所得，但依法可免予計入所得之投資收益先行抵減各期核定虧損數，再以此餘額自純益中扣除；亦即在兩稅合一制度施行前，投資收益對於營利事業而言仍有所得性質，故可將此作為純益額之調整項目之一。
⒉而該制度自87年度起施行後，所得稅法第42條規定已修正為：「公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，應依第六十六條之三規定，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額。」，觀其修法理由，係為避免個人與營利事業間就同一筆股利所得產生重複課稅情事，而改由自然人股東就其所獲配之股利收入時由其申報所得課稅，而營利事業本身則不因為此投資收益而產生營利事業所得稅之租稅負擔，僅產生股東可扣抵稅額之立帳與記載義務，是以現今營利事業此類公司法人股東因投資於國內其他營利事業所獲配之營利所得即已非屬課稅所得性質，立法者亦據此明文規定營利事業所收到之股利應不計入所得，營利事業不因此產生租稅負擔，故自此次修法後，立法者對於公司階段所獲之投資收益已不再將其視為具有所得之性質，方將修正後之所得稅法第42條文字制定為「不計入」所得，與修法前將投資收益相關成本費用扣除淨額方予計入有所不同，而66年函釋制定之時點係早於兩稅合一實施之前，在股利所得於營利事業間仍具有所得性質之時空背景下，方有66年函釋之規定內容；然而如今投資收益於公司階段已全數免稅而應改由個人股東負擔，公司間之投資收益完全未具有所得性質，亦即稅法對於投資收益之租稅定性已有改變，此66年函釋即應予以變更或廢止。因此，本案中被告援引兩稅合一實施前已過時且應廢止或修正之66年函釋，以不再具有所得性質之投資收益調整原告94年度之虧損扣除額，錯誤得出原告因94年度未有虧損而不得以此94年核定虧損數抵減95年度課稅所得額（純益）之結論，顯有違誤，請鈞院命被告不得再予以援引作為核定之依據。
㈨按兩稅合一制度下為避免重複課稅之意旨，所得稅法第39條所稱之「虧損」係指稅上之虧損而言，被告援引兩稅合一實施前制定之66年函釋，即以先行扣除投資收益之「營業之虧損」以為判斷，顯有違誤：
前已述及我國兩稅合一制度於87年實施以前，緣所得稅法第42條之規定為營利事業投資收益之80% 免予計入所得額中課稅，係因股利收入全額應稅，但認定股利收入之80% 為其相關成本費用，而將投資收益之20% 列入營利事業應稅所得，故在當時之法令背景下，將同為課稅性質之虧損扣抵數與投資收益相加尚有其道理；惟我國於87年實施兩稅合一制度之後，國內營利事業所配發之投資收益已與收受之營利事業其應納稅額無關而被修正為「不」計入所得額課稅，營利事業僅為導管而不因投資收益產生課稅所得；故在兩稅合一施行後，若再將未具課稅性質之投資收益，與可扣減應納稅額之虧損扣抵數相加計算即無其合理之基礎，是以66年函釋於兩稅合一制度施行後業已無存在之必要。
詳言之，我國兩稅合一制度實施後，投資收益本不應與前五年累積虧損互抵，其理至明。然被告卻未究明「轉投資收益」不計入所得中課稅之屬性，進而援引錯誤之66年函釋自行變更所得稅法明確計算之規定，已屬不當，而　鈞院於某個案中似採相同見解，然該判決並未經最高行政法院判決確定外，觀諸與本案系爭項目相同之該個案判決（95年度訴字第51 8號判決，鈞院卷第285 頁證物十五），　鈞院當時之見解實未就於實施兩稅合一後66年函釋可否適用表示意見，此外，亦有些許謬誤之處，謹析述如下：
⒈由法律體系論之角度，按行為時所得稅法第39條規定：「以往年度之虧損，不得列入本年度計算（指計算課稅所得）。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，……得將經該管稽徵機關核定之前五年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」與同法第42條規定：「公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅…」二法條同屬計算營利事業所得額之規定，是徵納雙方所爭執者，即為被告機關於計算原告前五年虧損金額時，可否將原告所獲得之轉投資收益計入虧損之課稅所得中。就投資收益而言，被投資公司確實已繳納過一次營利事業所得稅，法人股東之營利事業即不應該因投資收益而再補繳是項營利事業所得稅，此即為所得稅法第42條規定避免對投資收益雙重課稅之立法意旨。
查該判決第參點第一項中已陳述，該案原告因未以法律體系之角度詳予推論說明被告於計算前五年之虧損金額時，可否將所獲得之轉投資收益計入虧損之課稅所得之論述，以致鈞院當時無法於該判決對此一爭點詳以審酌，並非此部分業經鈞院審究後認為無理由遂予駁回，因此與本案之情形實不相同，查本案原告既已多次詳述所得稅法第42條於本案應可作為對自身有利之依據，　鈞院應就此詳予審酌，判定66年函釋於兩稅合一制度施行後即不應再予適用。
⒉依所得稅法第39條之明文規定，營利事業以往年度虧損扣抵之限制，係不得列入本年度計算「課稅所得額」；再以法條文義觀之，既以往年度之「虧損」不得列入計算「課稅所得」，對應之下，即可推論但書中所謂「核定之前五年內各期虧損」之「虧損」，絕不可能指財務會計所載之虧損，亦即無法將合併「課稅所得」、「免稅所得」及「分離課稅所得」後之「全部」損益作為判斷虧損扣抵金額之基礎，然該判決對此未有詳加論述之依據，逕直接於該判決第參點、四（二）中認定：「…且有無『虧損』亦應以營利事業之『全部』盈虧為準」，未有心證之推論過程，顯嫌速斷。
⒊再者，營利事業經營本業者，其營業收入與盈餘本即會受到市場景氣榮枯、各種外在因素波動起伏之影響，若年度間有賺有虧，因此才需要所得稅法第39條加以平衡折衷；惟營利事業於國內轉投資所獲之「投資收益」已落後一年實現，且僅有配多配少之問題，沒有正收益與負收益間盈虧互抵之問題，二者本不得同一而論，混為一談，是故本案於94年度「虧損」情形之下，被告即不應按66年函釋而將投資收益加回屬本業經營結果之虧損金額中。
⒋鈞院於該判決理由第參點四（四）中，將所得稅法第42條所稱之「不計入課稅所得額之轉投資收益所得」定性於免稅，既然如此，停徵證券交易所得稅之證券交易損益不須列入盈虧互抵之範圍（財政部74年7 月6 日台財稅第18503 號函釋），以及免納所得稅之土地交易所得，亦可免先予抵減各期之核定虧損（財政部76年9 月22日台財稅第7585901 號函釋）；惟66年函釋之規定，投資收益應自各期核定虧損中先行抵減，顯異於其他免稅所得課稅之規定。是以，既同屬於停徵之證券交易所得及出售土地之免稅所得，何以不比照財政部74年7 月6 日台財稅第18503 號函釋及財政部76年9 月22日台財稅第7585901 號函釋之規定？鈞院該判決之論理有所矛盾。
綜上，87年度兩稅合一制度施行前，可知免稅之投資收益部分視為成本費用按收益20% 計入所得額課稅，本質上仍屬「課稅所得」，而如今投資收益於營利事業之階段已全數免稅，營利事業間之投資收益完全未具有所得性質之情形下，本案被告援引兩稅合一實施前制定之66年函釋，進而錯誤得出原告因94年度未有虧損而不得以此94年核定虧損數抵減95年度課稅所得額之結論，顯有違誤。
㈩被告若援引66年函釋使虧損扣抵先行減除投資收益，如此將會造成原告免稅之投資收益侵蝕隔年之應稅所得並喪失抵稅權之情形，致隔年依法可扣抵之虧損金額減少，對原告至為不公
⒈查所得稅法第39條所規定虧損可抵減之金額，實係為納稅義務人基於一定條件下可享有之租稅優惠及抵稅之權利。是以，若被告援引66年函釋自行加入「虧損扣抵應先行減除投資收益」之要件，亦即若將原告免計入所得額之投資收益先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額自本年度純益額中扣除，如此一來，將會造成原告免稅之投資收益侵蝕隔年之應稅所得並喪失抵稅權之情形，致原告隔年依法可扣抵之虧損金額減少，在無法律基礎下增加納稅義務人之租稅負擔，顯違反母法所得稅法第39條之明文規定，茲舉例如附表：
假設A 公司於94年度有虧損100 元、免稅之股利所得有30元，全年所得（即包含應稅與免稅之所得）為虧損70元。於95年度時有課稅所得200 元，並無免稅之股利所得，故全年所得為200 元。按原告所主張者，係按所得稅法第39條之規定，以往年度之「虧損」不得列入本年度計算「課稅所得」故毋須包含投資收益，因此94年虧損之金額係100 元，至95年虧損扣抵後應稅之課稅所得即為100 元（200 元-100元）；惟按被告之主張，94年時A 公司之投資收益仍屬「營利事業之所得」，故全年所得亦含當期免稅之投資收益，致95年可供虧損扣抵之金額僅有70元，應稅之課稅所得為130 元（200 元-70 元）。由前例可知，若被告依66年函釋之規定，將會造成A 公司94年免稅之投資收益30元侵蝕95年之應稅所得，並損失抵稅權之情形，致其隔年依法可扣抵之虧損金額減少，並有虛增應稅所得之情事。
⒉次查，所得稅法第24條第1 項規定「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。所得額之計算，涉有應稅所得及免稅所得者，其相關之成本、費用或損失，除可直接合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，應作合理之分攤；其分攤辦法，由財政部定之。」係為收入與成本費用配合原則，由上例可知，所得額應區分「應稅」與「免稅」所得，應稅之課稅所得項下，只能減除應稅之成本費用；因此由反面推論，將所得之性質對應之下「應稅之虧損」則無法加上免稅所得（亦即不計入所得額中課稅者）之項目，否則即有違成本收入配合原則。
⒊綜上，被告之核定方式，使原告等納稅義務人於虧損年度若有投資收益者須將其先行抵減各該期之核定虧損，再以較低之虧損之餘額自本年度純益額中扣除，將造成降低原告實際發生之虧損可用以抵減應稅所得之金額，等同於破壞實施兩稅合一制度後，投資收益已不被視為營利事業所得意旨，致原告喪失應有之抵稅權利，對原告至為不公。被告所稱鈞院90年度訴字第3981號判決與最高行政法院92年度判字第1665號判決，係於87年我國實施兩稅合一制度前針對於86年營利事業所得稅同一案件高等行政法院及最高行政法院所為之判決，惟本案之95年度案件發生於實施兩稅合一制度之後，被告援引不合時宜之66年函釋而自行變更所得稅法明確規定之計算方式，顯非適法：
⒈被告於準備程序庭中所指鈞院90年度訴字第3981號判決（鈞院卷第371 頁附件十七），與本案之爭點相同，該案原告認被告援引財政部66年函釋影響納稅義務人權益甚鉅，不宜繼續延用，惟　鈞院之前以該案行為時所得稅法第42條之規定應於核定虧損項下將免稅投資收益減除，再以其餘額作為扣除之金額，始符課稅公平原則云云駁回該案原告之訴。該案原告不服提起上訴後，最高行政法院以92年度判字第1665號判決（鈞院卷第383 頁附件十八）駁回上訴，屬不利於該案原告之判決。
⒉觀諸該針對86年營利事業所得稅案件所為之判決，其事實發生時點係於87年我國兩稅合一制度實施以前，而當時之法令背景下，所得稅法第42條之規定為營利事業投資收益之80% 免予計入所得額中課稅，係因股利收入全額應稅，故認定股利收入之80% 為其相關成本費用，而將投資收益之20% 列入營利事業應稅所得，是以，被告將同為課稅性質之虧損扣抵數與投資收益相加，其理至明。惟本案發生於實施兩稅合一制度之後，若再將未具課稅性質之投資收益，與可扣減應納稅額之虧損扣抵數相加計算後，即無其合理之基礎，投資收益本不應與於未來年度使用虧損扣抵，故被告援引不合時宜之66年函釋而自行變更所得稅法明確規定之計算方式，已屬不當，其另所援引之判決於本案亦不具參酌之價值，謹請鈞院詳予審酌。
目前最高行政法院並未就系爭「核定虧損是否應先行減除當年度免計入所得之投資收益後，再適用行為時所得稅法第39條之爭議」表示見解，被告所陳並非正確：
如前所陳，與本案系爭項目相同之鈞院95年度訴字第518 號判決，鈞院當時因為該案原告對於所得稅法第42條之陳述上有其不完備之處，未以法律體系之角度詳予推論系爭爭點，即未就實施兩稅合一後可否適用66年函釋表示意見，該判決亦有諸多謬誤之處，且經查該案原告並未上訴，故最高行政法院於我國實施兩稅合一後，就系爭「核定之虧損是否應先行減除當年度免計入所得之投資收益，再適用所得稅法第39條規定」之爭議，並未表示見解，從而被告所指最高行政法院業已作出不利於原告之判決並非正確。
被告認所得稅法第39條規定之虧損係指「營業之虧損」，自應以營業收入減除營業費用及營業成本等加以調整計算，被告之論理顯有違所得稅法第39條之規定及其立法意旨；又該營業虧損應按同法第24條第1 項之規定計算，惟實務上確有認為計算虧損時不須考慮免稅收入者，被告之見解顯非正確：
⒈被告於補充答辯狀第二點（四）中所稱：「…核定通知書所載核定所得或虧損，係依稅法規定核定之計稅基礎，其核定虧損數究與所得稅法第39條規定『營業之虧損』有別，故不得逕以核定通知書所載核定虧損數，適用所得稅法第39條規定減除。…」，　查行為時所得稅法第39條之規定：「以往年度之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，……得將經該管稽徵機關核定之前五年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」依法條文義，既以往年度之「虧損」不得列入計算「課稅所得」，即可知但書中所謂「核定之前五年內各期虧損」之「虧損」，係指稅法規定按稽徵機關核定之各期虧損，絕不可能指財務會計所載之虧損，其理至明；由此即可對應出該條文前段所指之「以往年度之虧損」亦係指「稅法規定之虧損」；惟被告所述，該條文之「虧損」係指「營業之虧損」，應以營業收入減除營業費用及營業成本加以調整計算，又援引商業會計處理準則第37條與商業會計法第58條規定，認為本期純益或純損之計算應以同一會計年度內所發生之「全部收益」減除同期之成本、費用及損失後之差額為該期稅前純益或純損，其解釋非但非其文義所能涵攝，亦直接成為「本文」與「但書」指涉為不同內涵，荒謬且不可能之解釋方式，更違反所得稅法第39條之規定及其立法意旨。
⒉此外，被告亦於補充答辯狀第二點（四）中認所得稅法第39條規定所稱之「虧損」，應依所得稅法第24條第1 項之規定以本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐計算，而收入總額應包括免稅及應稅收入在內。惟投資收益於營利事業之階段已全數免稅，且實務上確有二函釋認為計算虧損時不須考慮調整加回免稅收入，一為停徵證券交易所得稅之證券交易損益不須列入盈虧互抵之範圍（財政部74年函釋），以及免納所得稅之土地交易所得，亦可免先予抵減各期之核定虧損（財政部76年函釋）。若按被告所稱所得稅法第39條本文之「虧損」係屬「營業上之虧損」而必須先加回屬免稅所得之投資收益；反之，原告免稅交易結果屬「虧損」，即各期之核定虧損亦須加上免稅虧損，如此一來，於免稅損失情況下，使用前五年虧損扣抵金額，將遠大於目前依法申報之各期核定虧損，致使營利事業之課稅所得變小，顯與現行稽徵實務不合。由上論辯可知被告之見解完全矛盾，　鈞院應就此詳予審酌，判定66年函釋於兩稅合一制度施行後即不應再予適用。
退萬步言之，依財政部96年發布之營利事業所得相關成本費用損失辦法，其已將投資收益納入免稅成本分攤，可知財政部亦已承認投資收益實與免稅所得無異：
依財政部於96年4 月26日所發布之營利事業免稅所得相關成本費用損失分攤辦法第2 條第1 項之規定：「下列免納或停止課徵所得稅或不計入所得額課稅之免稅所得，應依本辦法規定分攤其相關之成本、費用或損失：一、依本法（即所得稅法）第四條第一項第十六款規定免納所得稅之土地交易所得。（免稅所得）二、依本法第四條之一規定停止課徵所得稅之證券交易所得。（免稅所得）三、依本法第四條之二規定停止課徵所得稅之期貨交易所得。（免稅所得）四、依本法第四十二條第一項規定不計入所得額課稅之股利淨額或盈餘淨額。（不計入課稅所得）」（鈞院卷第147 頁證物12），已將股利此種不計入所得課稅之所得額納入該辦法中。而按該辦法規定係將相關成本、費用以及損失皆做作為投資收益之減項，與屬於免稅所得之土地、證券以及期貨交易所得相同。由該辦法之規定可再次印證被告將不計入所得者擬制為所得之不合理之處，故被告不應援引顯不合理之66年函釋規定，亦不應將本年度之核定虧損先行扣除投資收益，方能符所得稅法第39條之本旨。
綜上，由所得稅法第39條之立法目的及文義解釋觀之，被告援引財政部66年函釋，無異自行增訂營利事業之投資收益需自本年度核定虧損中應先行扣除再計算虧損扣抵之規定，增加法無明文之限制，亦與兩稅合一之意旨不符而顯失公平。三、被告則以：
㈠訴之聲明：
⒈駁回原告之訴。
⒉訴訟費用由原告負擔。
㈡按「營利事業繳納屬87年度或以後年度之營利事業所得稅，除本法另有規定外，得於盈餘分配時，由其股東、社員、合夥人或資本主將獲配股利總額或盈餘總額所含之稅額，自當年度綜合所得稅結算申報應納稅額中扣抵。」、「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」、「以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第77 條 所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前5 年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」、「公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，應依第66條之3規 定，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額。」、「營利事業左列各款金額，應計入當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額：……二、因投資於中華民國境內其他營利事業，獲配屬87 年 度或以後年度股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額。……」、「納稅義務人應於每年5
月1 日起至5 月31日止，填具結算申報書，向該管稽徵機關，申報其上一年度內構成綜合所得總額或營利事業收入總額之項目及數額，以及有關減免、扣除之事實，並應依其全年應納稅額減除暫繳稅額、尚未抵繳之扣繳稅額及可扣抵稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納。但短期票券利息所得之扣繳稅款及營利事業獲配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額，不得減除。……前二項所稱可扣抵稅額，係指股利憑單所載之可扣抵稅額及獨資資本主、合夥組織合夥人所經營事業繳納之營利事業所得稅額。」為行為時所得稅法第3 條之1 、第24條第1 項、第39條、第42條第1 項、第66條之3 第1 項及第71條所規定。次按「商業在同一會計年度內所發生之全部收益，減除同期之成本、費用及損失後之差額為該期稅前純益或純損」、「營業外收益及費損，指本期內非因經常營業活動所發生之收入及費用；利息收入及利息費用應分別列示，……採用權益法認列之投資收益，……得以其淨額列示。」、「本期純利或純損，指本期之盈餘或虧損。」分別為商業會計法第58條及商業會計處理準則第32條第1 項、37條所規定。再按「投資收益：……三、前二款投資收益，如屬公司投資於國內其他營利事業者，其自87年1 月1 日起所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額，但應計入當年度未分配盈餘；……」為營利事業所得稅查核準則第30條第3 款所規定。又「××電信公司75年度之核
定全年所得額，既未發生虧損，應無所得稅法第39條規定之適用。」、「公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前3 年﹝78年12 月30 日公佈修正為5 年﹞各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。」為財政部80年9 月17日台財稅第800732824 號函及66年3 月9 日台財稅字第31580 號函所明釋。
㈢查企業以繼續經營為原則，然營利事業所得之核課，係將繼續經營之時間長流切割分段以年度為期限，惟各年度之經營有盈有虧，若僅對盈餘之年度課稅，虧損年度未予考量，就企業繼續經營而言，有「虛盈實虧」課稅之疑慮，是有盈虧互抵之規定。惟依前揭所得稅法第39條規定，以往年度虧損扣除之條件，係以往年度有營業之虧損，方有得適用，所稱之「虧損」，依同法第24條第1 項規定，應以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐計算。所稱「收入總額」應包括免稅收入及應稅收入在內；另商業會計處理準則第37條規定：「本期純利或純損，指本期之盈餘或虧損」，而本期純益或純損之計算，依商業會計法第58條規定，應以同一會計年度內所發生之「全部收益」，減除同期之全部成本、費用及損失後之差額為該期稅前純益或純損，而所稱之全部收益，係指營業收入及非營業收入在內，而所謂非營業收入，依商業會計處理準則第32條規定，為非因經常營業活動所發生之收入，包括投資收益在內。原告95年度營利事業所得稅列報前5 年核定虧損本年度扣除額10,446,944元係屬94年度營利事業所得稅申報虧損數，有原告會計師簽證報告可稽（詳審查報告書第53頁）。原告94年度營利事業所得稅經被告核定全年所得額為虧損8,474,529 元（詳審查報告書第188 頁），經扣除停徵之證券、期貨交易所得1,972,415 元後，核定課稅所得額虧損10,446, 944 元，惟其另有不計入所得課稅之投資收益323,626,124 元（詳審查報告書第189
頁及第269 頁至第274 頁），故原告94年度並未實際發生虧損，依財政部66年函釋規定，自無虧損數可供95年度扣除，被告原核定否准核認，核定前5 年核定虧損本年度扣除額0
元並無不合。
㈣次按所得稅法第42條之立法意旨，在於避免轉投資收益有重複課稅之虞，但投資收益按同法第8 條第1 款規定仍屬營利事業之所得，故投資公司於計算虧損時，為正確計算營利事業以往年度之虧損，自應在核定虧損項下將免稅投資收益減除，再以其餘額作為扣除之金額，始符課稅公平原則。被告據以抵減之系爭投資收益323,626,124 元既為原告94年度之所得，然因獲實質免稅之優惠，已不計入當年度所得課稅，如於嗣後年度計算前5 年核定虧損可扣除金額時，未將該投資收益加回，則可扣除虧損金額勢將虛增，並造成投資收益取得年度與虧損扣除年度雙重獲益之情形，即有違課稅公平原則。又行為時所得稅法第39條所稱之「虧損」，係指「營業之虧損」，惟因投資收益免稅部分不計入所得額課稅，則營利事業所得稅結算申報核定通知書上之各期核定虧損數並未包含當期投資收益免稅部分，故所謂核定之虧損並非實際營業上之虧損，於適用所得稅法第39條但書規定時，自須先減除投資收益免稅部分，始為「營業之虧損」，財政部66年函釋核與前開法律規定尚無牴觸，難謂係以行政函令限縮人民權利，被告據為處分，亦無違反所得稅法第39條規定及租稅法定原則可言，原告主張無可採。有鈞院92年度訴字第273 號判決及最高行政法院95年度判字第584 號判決可資參採。（詳審查報告書第256 頁至第267 頁）
㈤茲就所得稅法第42條立法理由及原告主張「本件因投資收益被另行就投資收益之額度部分否准以虧損扣抵應納稅額，形同再補一次營利事業所得稅，造成投資收益在投資公司階段重複課稅。」乙節，說明如下：
⒈所得稅法第42條於兩稅合一新制實施前，曾有兩次修正；其52年之原條文為：「公司組織之營利事業，投資於國內其他非受免徵營利事業所得稅待遇之股份有限公司組織者，其投資收益免予計入所得額課稅。」嗣於69年12月30日修改為「公司組織之營利事業，投資於國內其他非受免徵營利事業所得稅待遇之股份有限公司組織者，其投資收益之百分之八十，免予計入所得額課稅。」其修正理由則為：「本條規定，目的原在避免投資之重複課稅，惟此種轉投資收益既已免計入所得額課稅，則有關投資之利息支出及管理費用，暨因該項投資收益所繳納之營業稅及印花稅費用，即不應在計算營利事業所得稅時減除，方屬合理，惟為計算簡便計，參照其他國家辦法，將免計入所得之投資收益改為80﹪，其餘投資收益20﹪則計入所得額課稅。此後轉投資有關之各項費用，則悉數准予列支，以簡化所得稅之核計方法。」後因實施兩稅合一制，所得稅法第42條第1 項乃於86年12 月30 日又修正為：「公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，應依第66條之3 規定，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額。」而其修正理由則為：「在兩稅合一之設算扣抵制下，營利事業取自轉投資事業之投資收益，不計入投資事業之所得額課稅，無論營利事業轉投資層次之多寡，該投資收益僅在最終被投資事業階段課徵一次營利事業所得稅。由於營利事業之轉投資收益不計入所得額課稅，該收益之可扣抵稅額自應計入投資事業股東可扣抵稅額帳戶餘額，俟其盈餘分配予個人股東時，由個人股東將該營利所得併計其綜合所得總額課稅並予以扣抵，而非用以扣抵投資事業當年度營利事業所得稅結算申報應納稅額。又獨立課稅制下為減輕轉投資收益重複課稅所採行之80﹪免稅之規定，已無存在必要，爰予修正第1 項。」。
⒉由前述所得稅法第42條修正之沿革及理由觀之，可知52年之原條文，其規定全部之投資收益均免計入所得額課稅，目的即在於避免營利事業所得稅重複課徵，故以「投資於國內其他非受免徵營利事業所得稅待遇」為免予計入所得額課稅之要件，然該項轉投資收益亦當分擔有關之各項費用，而於免計入所得額項下減除，不得列為該公司應稅收入之費用，故嗣後方有「為分擔費用計算簡便計」，而於69年修正為投資收益80﹪免計入所得額，其餘投資收益20﹪則計入所得額課稅，而轉投資有關之各項費用，則悉數准予列支。
⒊另有關公司間轉投資收益之課稅規定，我國在參考其他國家採行之兩稅合一方法中，有股利所得免稅法及設算扣抵法兩種。若採前者，當投資公司如無其他課稅所得額甚或虧損時，則該投資公司所獲轉投資收益中所含之可扣抵稅額即可成為退稅款。為避免公司間利用空頭控股公司規劃轉投資收益或扣抵稅額之退稅，所得稅法第42條第1 項所定公司之國內轉投資收入不計入所得額課稅，且其可扣抵稅額，計入股東可扣抵稅額帳戶餘額，除符合租稅公平原則外，並可保持我國綜合所得稅制的完整性、避免所得分配的惡化及有利於國際租稅調和。至轉投資收益所含可扣抵稅額，依所得稅法第66條之3規 定，必須計入其股東可扣抵稅額帳戶，於分配股東股利時併同分配可扣抵稅額，由股東申報綜合所得稅時予以扣抵其個人之應納稅額，惟在投資公司方面，其投資收益既然不計入所得額課稅，依所得稅法第71條規定亦不能扣抵其應納公司稅額。
⒋查我國自44年修正所得稅法後，係採「獨立課稅」制，即「法人實在說」理論，認為公司是具有獨立納稅能力之課稅個體，對獨資、合夥及公司等營利事業課徵營利事業所得稅後，再對獨資資本主、合夥事業合夥人及公司股東的營利所得課徵綜合所得稅。嗣為落實「營利所得」只課徵一次稅捐之原則，87年1 月1 日實施兩稅合一制，將所得稅法第42條修正為投資收益全額不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，依同法第66條之3 規定，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額，同時配合修正所得稅法第3 條之1 及第71條，明定營利事業於計算應納結算稅額時，不得申報減除該項可扣抵稅額。準此，在兩稅合一制度下，無論營利事業轉投資層次之多寡，系爭之公司轉投資收益既不計入原告之課稅所得額課稅，其被投資事業所繳納之營利事業所得稅則由前揭設算扣抵方式，抵繳其股東個人之綜合所得稅，並無原告主張於投資公司階段造成重複課稅情事。
⒌按投資收益既已不計入所得額課稅，營利事業所得稅結算申報核定通知書（以下稱核定通知書）上之各期核定虧損數並未包含當期投資收益部分，是核定通知書所載核定所得或虧損，係依稅法規定核定之計稅基礎，其核定虧損數究與所得稅法第39條規定「營業之虧損」有別，故不得逕以核定通知書所載核定虧損數，適用所得稅法第39條規定減除。且依前揭所得稅法第39條規定，以往年度虧損扣除之條件，係以往年度有營業之虧損，方有得適用，惟所稱之「虧損」，依同法第24條第1 項規定，應以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐計算。所稱「收入總額」應包括免稅收入及應稅收入在內；另商業會計處理準則第37條規定：「本期純利或純損，指本期之盈餘或虧損。」，而本期純益或純損之計算，依商業會計法第58條規定，應以同一會計年度內所發生之「全部收益」，減除同期之成本、費用及損失後之差額為該期稅前純益或純損，而所稱之全部收益，係指營業收入及非營業收入在內，而所謂非營業收入，依商業會計處理準則第32條第1 項規定，為非因經常營業活動所發生之收入，包括投資收益在內。再按「涉及租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之。」業經司法院釋字第420 號解釋在案。又行為時所得稅法施行細則第48條之10第2 項第2 款及所得稅法第42條第1 項規定，並未限定股利之種類，股利之發放應包含現金及股票，均屬投資所獲得之收益，況於經濟實質而言，無論係現金股利或股票股利俱屬營利事業投資所獲配之收益，是上開法條所謂不計入所得額課稅之股利淨額，自包括現金及股票股利在內，始符合上開司法院解釋。原告94年度營利事業所得稅結算申報並未列計投資收益323,626,124 元，故當期營利事業所得稅結算申報核定通知書上之所得額虧損10,446,944元，並未包含當期投資收益，該核定通知書上之虧損並非確實之虧損，依所得稅法第39條規定之立法意旨，仍須先減除投資收益部分，再行適用所得稅法第39條但書之規定，故前揭財政部於66年函釋與所得稅法第24條及第39條規定並無牴觸。原告94年度取得投資收益323,626, 124元，依行為時所得稅法第42條規定不計入所得額課稅，就該投資收益而言，於94年度為其所得，因已獲實質免稅之優惠，不計入當年度所得課稅，如於以後年度計算前10年核定虧損可扣除金額時，未將該投資收益加回，將使得可扣除虧損金額虛增，形成投資收益取得年度與虧損扣除年度雙重獲益之情事，有違課稅公平之原則。
⒍綜上，依所得稅法第39條之立法意旨，所能盈虧互抵者，既屬營業上之核定虧損，自應包括不計入所得課稅之轉投資收益，可知「經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損」為一須經計算得出之數值，現行營利事業所得稅結算申報核定通知書並無此一欄位，故核定之全年所得額並未包括該轉投資收益，以至於當核定之全年所得額為虧損，又以之適用所得稅法第39條規定於以後10年內扣抵時，就會產生雙層免稅情形，要非所得稅法第42 條 規定轉投資收益「當年度」免稅之立法意旨，亦非所得稅法第39條「有虧損才可互抵」之立法精神。
㈥至於所得稅法第4 條第1 項第16款規定，個人及營利事業出售土地之交易所得，免納所得稅，且依所得稅法施行細則第8 條之4 及所得稅法第4 條之1 規定可知，出售土地之所得係屬免稅所得，而證券交易所得係屬停徵所得稅之所得，既然有所得不課稅，其損失自亦不得減除。投資收益依所得稅法第42條規定係屬不計入所得額課稅之所得，且按營利事業所得稅查核準則第99條規定，已實現之投資損失應予認定，是投資收益與出售土地之免稅所得及停徵之證券交易所得，本質上即有不同。
㈦又查短期票券利息所得依所得稅法第24條第2 項規定係「不計入營利事業所得額」，故營利事業如有短期票券利息所得，於計算營利事業所得額時，自可不予列入計算；而投資收益部分，依所得稅法第42條規定為「不計入所得額課稅」，故營利事業如有投資收益，於計算營利事業全年所得額時依法仍應計入，嗣於計算「課稅」所得時再予減除，故所得稅法第39條所稱「以往年度營業之虧損」，依同法第24條之規定仍應包含投資收益在內。原告84年度取得投資收益2,475,000 元，依行為時所得稅法第42條規定，其百分之80 不 計入所得額課稅，該投資收益80﹪免稅部分仍應計入所得額列報，應再於計算課稅所得時減除，惟原告於94年度營利事業所得稅結算申報時，並未列計免稅投資收益323,626,124 元，故當期全年所得額已有虛減情事，該免稅投資收益於計算當期營利事業所得稅之應納稅額時並未計入，已獲實質免稅之優惠，亦已符所得稅法第42條避免重複課稅之目的，嗣原告95年度列報減除前5 年（即94年度）虧損未扣除金額時，如未將該投資收益計入，將使得可扣除虧損金額虛增，形成投資收益取得年度實質免稅與虧損扣除年度，以虛增之虧損金額減除之雙重獲益情事，有違課稅公平之原則，原告所稱就該投資收益有重複課稅之虞，顯係誤解。
㈧至原告主張系爭投資收益之免稅所得性質與土地交易所得及證券交易所得相同，應適用財政部76年9 月22日台財稅第0000000 號及74年7 月6 日台財稅第18503 號函釋，可免先予抵減各該年度核定虧損乙節，經查土地交易所得係依據所得稅法第4 條第1 項第16款免納所得稅，證券交易所得係依所得稅法第4 條之1 停止課徵所得稅，而系爭投資收益則係依據所得稅法第42條規定不計入所得額課稅之所得，三者據以免納所得稅之法令規定均不相同，是系爭投資收益，尚難比附援引財政部76年、74年函釋。有鈞院90年度訴字第3981
號判決及最高行政法院92年度判字第1665號判決可資參採。是以，被告以原告94年度營利事業所得稅核定課稅所得額，加回不計入所得課稅之投資收益後，並未發生虧損，否准原告認列系爭前5 年核定虧損95年度年度扣除額10,446, 944
元，揆諸首揭規定，尚無不合。原告所訴，委無足採，本件原處分請予維持。
四、經查：
㈠按行為時所得稅法第4 條之1 ：「自中華民國79年1 月1 日起，證券交易所得停止課徵所得稅，證券交易損失亦不得自所得額中減除。」；第24條第1 項：「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。……」；第39條：「以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前5 年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」；第42條第1 項：「公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，應依第66條之3 規定，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額。」。又按財政部66年3 月9 日台財稅字第31580 號函釋：「公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前3 年﹝78年12月30日修正為5 年﹞各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。」。
㈡企業以繼續經營為原則，然營利事業所得之核課，係將繼續經營之時間長流切割分段以年度為期限，惟各年度之經營有盈有虧，若僅對盈餘之年度課稅，虧損年度未予考量，就企業繼續經營而言，有「虛盈實虧」課稅之疑慮，是有盈虧互抵之規定。本件原告95年度營利事業所得稅所列報前5 年核定虧損本年度扣除額10,446,944 元 ，係屬94年度營利事業所得稅申報虧損數，有原告會計師簽證報告可稽。原告94年度營利事業所得稅經被告核定全年所得額為虧損8,474,529
元，扣除停徵之證券、期貨交易所得1,972,415 元後，核定課稅所得額為虧損10,446,944元，惟其另有不計入所得課稅之投資收益323,626,124 元，此為兩造所不爭執，故原告94年度營業並未實際發生虧損。被告參照前揭財政部66年函釋意旨，以原告並無虧損數可供95年度扣除，否准核認，核定前5 年核定虧損本年度扣除額0 元，應無不合。
㈢原告主張：行為時所得稅法第39條明文規定，係採「核定之前五年內各期虧損」之基礎計算，定義明確；又依同法第24條之規定可知，第39條所稱之「得將經該管稽徵機關核定之前5 年內各期虧損，自本年『純益額』中扣除」，此純益係指稅上所得額，故系爭之投資收益323,626,124 元亦無由加入純益額中計算。被告作成核定所依據之財政部前揭66年函釋，指經核定之虧損要先減除投資收益，顯然於法無授權下任意以行政函釋擴大稅基，且係作成於同法第42條第1 項兩稅合一制實施之前，適用結果顯然違反兩稅合一制；此外，嗣後財政部74年函釋指證券交易所得、76年函釋指土地交易所得均毋庸抵減各該年度之核定虧損，另有財政部98年5 月27日台財稅第00000000000 號函釋指明投資收益如有股票股利者，應依一般公認會計原則註記股數增加，並按收到股票股利後之總股數重新計算每股成本或每股帳面價值，即指股票股利非屬投資收益，相對以觀，益見前揭66年函釋之不當。
㈣惟按行為時所得稅法第39條所稱之「虧損」，係指「營業之虧損」；因同法第42條第1 項規定投資收益不計入所得額課稅，故經稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書上各期核定虧損數，即未包含當期投資收益免稅部分，故在核定通知書上所列之核定數（虧或盈），並非實際營業上之虧損，於適用所得稅法第39條但書規定時，自不能徒以之前年度之核定通知書所載之核定結果為據（最高行政法院92年度判字第1665號判決意旨參照）。本件原告於94年度另有不計入所得課稅之投資收益323,626,124 元，亦屬其營利事業之所得，於計算其94年度營業之虧或損時，自應將此收益計入判斷，始符「營業之虧損」之意義。是以，財政部前揭66年函釋是建立於所得稅法第39條所稱之「虧損」係指「營業之虧損」，所為之函釋，自無違反前開法律規定。再者，前揭財政部66年函釋，指明「應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除」，非指應將投資收益加入當年度純益額，故並無違同法第42條投資收益不計入所得額課稅之立法設計。
㈤又有關所得稅法第42條之沿革，於採行現制「兩稅合一」之前，曾有兩次修正；52年之原條文為：「公司組織之營利事業，投資於國內其他非受免徵營利事業所得稅待遇之股份有限公司組織者，其投資收益免予計入所得額課稅。」，嗣於69年12月30日修改為「公司組織之營利事業，投資於國內其他非受免徵營利事業所得稅待遇之股份有限公司組織者，其投資收益之百分之八十，免予計入所得額課稅。」，修正理由載明：「本條規定，目的原在避免投資之重複課稅，惟此種轉投資收益既已免計入所得額課稅，則有關投資之利息支出及管理費用，暨因該項投資收益所繳納之營業稅及印花稅費用，即不應在計算營利事業所得稅時減除，方屬合理，惟為計算簡便計，參照其他國家辦法，將免計入所得之投資收益改為80﹪，其餘投資收益20﹪則計入所得額課稅。此後轉投資有關之各項費用，則悉數准予列支，以簡化所得稅之核計方法。」（見本院卷第235 頁立法理由）。後因實施兩稅合一制，所得稅法第42條第1 項乃於86年12月30日又修正為：「公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，應依第66條之3 規定，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額。」，而其修正理由則為：「在兩稅合一之設算扣抵制下，營利事業取自轉投資事業之投資收益，不計入投資事業之所得額課稅，無論營利事業轉投資層次之多寡，該投資收益僅在最終被投資事業階段課徵一次營利事業所得稅。由於營利事業之轉投資收益不計入所得額課稅，該收益之可扣抵稅額自應計入投資事業股東可扣抵稅額帳戶餘額，俟其盈餘分配予個人股東時，由個人股東將該營利所得併計其綜合所得總額課稅並予以扣抵，而非用以扣抵投資事業當年度營利事業所得稅結算申報應納稅額。又獨立課稅制下為減輕轉投資收益重複課稅所採行之80﹪免稅之規定，已無存在必要，爰予修正第1 項。」（見同上頁數），此已經被告辯明在卷。可知所得稅法第42條於52年之規定意旨，即在避免營利事業所得稅重複課徵，然該項轉投資收益亦當分擔有關之各項費用，而於免計入所得額項下減除，不得列為該公司應稅收入之費用，故嗣後方於69年修正為投資收益80﹪免計入所得額，其餘投資收益20﹪則計入所得額課稅，係為「分擔費用計算簡便計」，相對轉投資有關之各項費用，則悉數准予列支。故所得稅法第42條始終建立在避免公司轉投資收益重複課稅之意旨上，原告主張財政部66年函釋於兩稅合一制實施後，應不予適用，尚有誤會。
㈥至原告主張系爭投資收益之免稅所得性質與土地交易所得及證券交易所得相同，財政部76年9 月22日台財稅第0000000
號及74年7 月6 日台財稅第18503 號函釋，先後指明可免先予抵減各該年度核定虧損云云。經查，財政部74年7 月6 日台財稅第18503 號函釋：「公司組織之營利事業依所得稅法第三十九條規定將經稽徵機關核定之前三年內各期虧損自本年度純益額中扣除時，各該虧損年度如有暫停課徵營利事業所得稅之證券交易所得，無須先予抵減各該年度之核定虧損，但停徵期間所發生之損失，亦不得併入前三年核定虧損額，自本年度純益額中扣除。」、76年9 月22日台財稅第7585901 號函釋：「公司組織之營利事業適用所得稅法第三十九條規定，自本年度純益額中扣除前三年各期核定虧損者，各該虧損年度如有依同法第四條第十六款規定免納所得稅之土地交易所得，可免先予抵減各該期之核定虧損，但出售土地之損失，亦不得併入前三年核定虧損額，自本年度純益額中扣除。」，係財政部分別對證券交易所得及出售土地所得應否扣抵虧損表示意見，惟土地交易所得係依據所得稅法第4
條第1 項第16款免納所得稅，證券交易所得係依同法第4 條之1 停止課徵所得稅，而系爭投資收益則係依據所得稅法第42條規定不計入所得額課稅之所得，三者據以免納所得稅之法令規定均不相同，並各有其立法目的，是系爭投資收益，尚難比附援用其他關於土地交易所得、證券交易所得之函釋。另財政部98年5 月27日台財稅字第09800041000 號函釋：「公司組織之營利事業投資國內其他營利事業，於94年度或以後年度獲配之股票股利，應依一般公認會計原則註記股數增加，並按收到股票股利後之總股數，重新計算每股成本或每股帳面價值，嗣該類股票出售，於計算所得稅法第4 條之1 規定之證券交易損益時，其成本應依前開每股成本或每股帳面價值認定；營利事業依所得基本稅額條例第7 條第1項
第1 款及第2 項規定計算證券交易所得或損失時，亦同。」，係因95年修正所得稅法第66條之9 未分配盈餘加徵稅改依商業會計法計算稅後純益，新法實施後關於股票股利出售時之損益如何計算之解釋，與本件係關於行為時所得稅法第39條所稱經核定之虧損如何解釋之爭點無涉。
五、綜上，被告以原告94年度營利事業所得稅核定課稅所得額，加回不計入所得課稅之投資收益後，並未發生虧損，否准原告認列系爭前5 年核定虧損95年度扣除額10,446,944元，並無不合。訴願決定予以維持，亦無不當。原告訴請撤銷，為無理由，應予駁回。
六、本件事證已明，兩造其餘攻擊防禦方法均於本件判斷不生影響，爰不一一贅述，併此敘明。
據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第1
項前段，判決如主文。
中　　華　　民　　國　　99 　 年　 4　 月　 1 日臺北高等行政法院第四庭
審判長法 官　黃 本 仁
法 官　陳　秀 媖
法 官　李　玉　卿
上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中　　華　　民　　國　　99 　 年　 4　 月　 1 日書記官 陳 又 慈