臺北高等行政法院 高等庭(含改制前臺北高等行政法院)99年度訴字第1553號

• 裁判案由: 營利事業所得稅
• 案件類型: 行政
• 審判法院: 臺北高等行政法院 高等庭(含改制前臺北高等行政法院)
• 裁判日期: 100 年 01 月 27 日

臺北高等行政法院判決
99年度訴字第1553號100年1月20日辯論終結原 告　蓋曼鴻霖有限公司
代　表　人　甘偉俊（清算人）
訴訟代理人　朱明正　會計師
被 告　財政部臺灣省北區國稅局
代　表　人　吳自心（局長）住同上
訴訟代理人 吳世彬
上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國99年6 月1 日台財訴字第09900040720 號（案號：第09803974號）訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文
原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：
原告民國（下同）94年度營利事業所得稅結算申報，列報出售資產增益新臺幣（下同）0 元及全年所得額87,133元，經被告所屬新竹縣分局分別核定13,721,004元及8,489,850 元，應補稅額2,099,392 元。原告不服，申經復查遭駁回，猶表不服提起訴願，經訴願決定駁回，原告猶未甘服，遂向本院提起本件行政訴訟。
二、原告訴稱：
⑴程序部分：
查租稅行政救濟，程序不合者，多以「復查不受理」或「訴願不受理」予以駁回，必須符合程序時，方予「實體判決」，為行政程序法所明定。而原告對於被告第1 次核定通知書所列「營業收入29,650,286元及財產增益核定0 元」項目，均未提出異議及申請復查，依稅捐稽徵法第34條第3 項第3
款「一、經稅捐稽徵機關核定之案件，納稅義務人未依法申請復查者」應屬「確定」案件，本案該被告機關針對同一事件，計發四次不同處分之核定通知，且第二次、第三次及第四次核定通知，均以「更正」事項處理，將非屬所得稅法第81條所規定「繳納通知文書有記載或計算錯誤之事項」，而以更正事項處理，顯非適法，亦經財政部訴願委員會審議結果，略以：「原處分機關未依規定作為『復查決定書』，逕按更正程序辦理，並以97年5 月2 日此國稅竹縣一字第09
70002638號函復訴願人，程序確有未合……」，本案既然程序不合，所作之實體審理，亦屬違法，依行政程序法第111
條第7 款「其他具有重大明顯之瑕疵者」之規定，此項行政處分無效，另訴願書稱：「惟訴願人於97年7 月16日對上開處分不服申請復查後，原處分機關已依復查程序為實體審理，核無不妥」乙節，查被告機關對於原告94年度營利事業所得稅結算申報案，同一事件，前後四次核定不同之行政處分，原告從第一次核定通知起，因不服被告機關處分不當，均提出復查，亦經財政部訴願委員會審議結果，被告機關程序上處理，確有重大瑕疵，則被告機關第2 至4 次之核定通知。（按第3 次被告機關已自行通知撤回）依行政程序法第111 條第7 款規定，均屬無效，訴願委員會，不應對不合程序之案件作審議，方屬適法，所稱「核無不妥乙節」，顯屬不當。（按：第4 次核定通知，已另案提起行政救濟。）
⑵實體部分：
①本事件被告機關多次調帳查核，第一次所核定94年度01項營業收入29,650,286元及生財器具因未出售，40項出售資產增益核定為0 元，此二科目之核定，原告認為合理，未申請復查，依稅捐稽徵法第34條第3 項規定「所稱確定，係指稅捐稽徵機關核定之案件，納稅義務人未依法申請復查者」，則營業收入29,650,286元及出售資產增益0 元，此二科目所核定之金額，應屬「確定」案件，除適用法律錯誤外不容更改，而所申請復查項目為：06營業毛利、33項營業淨利及53項全年所得額。主要為原處分機關將標準代號3901-13 房屋建築營建，誤以標準代號5801-99 保管貨物之倉租收入核定其淨利率；因二者毛利率相差甚大，前者為9 ％，後者為31％，且此項誤核，亦經被告機關－財政部台灣省北區國稅局97年7 月29日北區國審一字第0971039385號函略以：「蓋曼鴻霖有限公司94年度營利事業所得稅業經本局新竹縣分局於96年5 月21日核定在案，嗣該公司對核定之稅務行業標準代號不服申請復查，經該分局以更正程序於97年4 月22日變更原核定之稅務行業標準代號」。原處分機關自應依正確之標準代號核定方屬適法，而被告機關又不依前函將不符之代號改依正確之代號核定，而將營業收入更正，逕改為出售資產收入，經財政部訴願決定查明程序確有未合，第二次所作之行政處分，應屬無效。
②原告於94年1 月1 日成立，94年度全年度營業收入祇興建一棟廠房（倉庫），於94年12月29日出售台灣先進捷通股份有限公司（以下簡稱台灣先進公司）70,095,238元，（因工程尚未完工，其中40,444,952元為預收貨款），95年度仍支付上項廠房興建之營業成本30,135,861元，且原告資本額50萬元，財產目錄並無房屋及建築之設備，上揭營業收入係原告興建廠房（倉庫），出售收入應屬產品收入，開立銷售廠房收入，列為營業收入，亦符合財政部所頒94年度營利事業各業所得標準，標準代號3901-13 房屋建築營建，包括工廠、車站、旅館、倉庫、加油站、住宅及公寓之營建，各種建築物之泥水工程等定義說明；又原告94年度支付原料進料25,338,675元，95年度支付進料及費用28,814,725元，共計54,153,400元，均經被告機關以進料及費用科目，課徵營業稅之進項稅額5%，計2,707,670
元在案，上項行為為營業行為，亦為被告機關主辦單位所認定（營業稅課），而被告機關第二次核定（主辦單位為營利事業稅課）時，將營業收入擅改列為出售財產，而謂非營業收入；依營業稅法規定，購置固定資產因非經常性營業行為，不需繳納營業稅，則原告94及95年度共計繳納之營業稅2,707,670 元，依規定應予退稅，而被告機關又不認定為購買固定資產免徵營業稅，而未同時查明退還，本案因被告機關二單位（營業稅課及營利事業稅課）認知不同，若依營利事業稅課之看法，將此項營業收入，改列為出售資產收入，則被告機關於原告興建倉庫期間所支付之材料及工程費等所課徵之營業稅2,707,670 元，亦應退還，方屬適法。
③查財政部訴願決定列核定之出售資產增益13,721,004元，係按申報年度銷售金額及出售成本（按42.3% ），推算而得，而非依所得稅法規定以94、95二年度實際營業收入及營業成本、營業費用等帳載資料查核認定；經查被告機關核定出售資產成本37,657,876元係推算而得，其計算式為：94年度進料取具裕祥公司發票21,909,885元＋94年度營業費用租金支出轉入1,374,822 元＋95年度取具裕祥公司發票9,523,810 元＋95年度進料金額4,849,359 元。其中第2 項＋94年度營業費用中租金支出，係屬出售資產成本1,374,822 元，被告機關轉列為出售資產成本，尚屬合宜；惟同理，營業費用其他費用中，支付興建該項倉庫工程所支付國強建築師設計監造費3,400,000 元，應屬興建資產之成本，亦應轉列為出售資產成本，方屬公允，該被告機關則漏列；亦為被告機關所不爭執之事實。另第3 項＋95年度取具裕祥公司進料發票4,849,359 元，唯查本工程包括主結構工程及附屬工程，所有95年度主結構體成本4,849,359 元，該被告機關全數認列，而附屬工程之成本25,286,502元，則全數漏列「出售資產之成本」（或應屬營業成本科目）中，又95年度之營業收入，已全數轉列為94年度出售資產收入，則原告95年度興建倉庫期間所支付之營業費用5,248,003 元及結算時出售生財器具（車輛）之損失1,616,917 元，亦應併入核算出售資產損益，方屬合理。以上二項錯誤均為原處分機關所不爭執之事實。則其核定之出售資產增益金額（按：本科目名稱仍屬錯誤），顯屬錯誤。
④「復查」等行政救濟事項，依改制前行政法院62年判字第298 號判例「依行政救濟之法理，除原處分適用法律錯誤外，申請復查之結果，不得為更不利行政救濟之決定」，本案本稅部分第二次核定全年所得額8,489,850 元，核定應納稅額2,112,246 元，經聲請復查後，第三次以更正事項改核定全年所得額27,206,208元，核定應納稅額6,791,552 元後，再通知撤回上項通知，再以第四次通知核定全年所得額27,206,208元，應納稅額仍為6,791,552 元外，另加計罰鍰6,778,483 元，除加計罰鍰部分，經財政部99年6 月14日台財訴字第09913005400 號訴願決定書決定「原處分（復查決定）關於罰鍰部分撤銷，由原處分機關另為處分，其餘訴願駁回」。查同一案件，因訴願人提出行政救濟，一再加重不利行政救濟人之處分，顯有違稅捐稽徵法第35條不得為更不利行政救濟人之決定。
⑤原告出售興建中廠房，其營業收入究應列入94年或95年收入，其裁量權徵納雙方均有所爭執。被告機關營利事業所得結算申報案第一次及第二次核定，裁量為94年度營業收入29,650,286元及預收款40,444,952元，因核定行業標準代號雙方見解不同，經復查後，被告機關為加重行政救濟人之處分，將行政救濟案件第二、第三、第四次等核定通知，更正事項改列為「出售資產損益」。另於第四次核定通知時將95年度繼續施工之預收款40,444,952元，更正改列為94年度收入外，另以：「另行以發現應徵之稅捐漏報出售資產增益」云云，補徵稅款4,679,090 元，及計處罰鍰6,791,552 元，有違財政部74年12月4 日台財稅第25805 號函釋，所謂「另發現應徵之稅捐」，只須其事實不在行政救濟（即復查、訴願、行政訴訟，但不包括原核定）裁量範圍內，均屬「另發現應徵之稅捐。」此觀諸改制前行政法院58年判字第31號判例意旨，凡為行政救濟之事實者及裁量年度歸屬之範圍者，均非「另發現應繳之稅捐」範圍，否則有失行政救濟之立法旨意。
⑥設某公司94年度委託營造廠興建倉庫出售，出售價格70,095,238元（含95年度仍需施工之預收款40,444,952元），稽徵機關查核營利事業所得時，採取不配合方式，故意不提供帳簿文據等資料，而稽徵機關則依據營利事業所得稅查核準則第6條之 規定，稽徵機關核定其全年所得額之計算式為：
⒈出售財產收入70,095,238元×12％（不動產買賣標準代
號6611-13 同業利潤率）＝營業淨利8,411,428 元（暫依國稅局認定方式將95年度預收款列為94年度收入），營業淨利8,411,428 元＋利息收入16,849元＝全年所得額8,428,277 元（需繳稅2,097,069 元）
⒉純益率為8,428,277 元÷（70,095,238元＋16,849元）
＝12.02 ％
⒊而原告全力配合稽徵機關之查核，因申請復查，引起稽徵機關之不滿，為加重行政救濟人之處分，為各種不合理及違法處置，最後核定全年所得額27,206,208元，純益率83.83 ％，需繳稅6,791,552 元，明顯違反營利事業所得稅查核準則（以下簡稱查核準則）第6 條之規定。
⒋另依訴願決定書所稱：按課稅處分係確認性之行政處分，其功能僅在確認人民依法本年應負擔之稅捐債務……本案無論程序及實體及稽徵機關核定之所得額，均屬不合，亦為原處分機關所不爭執之事實，另稅捐機關查核時，若採不配合方式不提供帳載，稅捐機關核定之純益率為12.02%；採配合方式提供帳載供核者，核定純益率為83.83%，反需繳稅677 萬元。此項加重行政救濟之處分，實難令人信服。
⑶綜上，被告機關之查核方式及財政部駁回仍應補徵稅額部分，均係違法或不當之行政處分。因而聲明：「訴願決定及原處分（含復查決定）均撤銷，訴訟費用由被告負擔」。
三、被告抗辯：
⑴按行為時所得稅法第24條第1 項規定：「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」次按商業會計處理準則第31條、第34條前段及第60條第1 項規定：「營業收入指本期內因經常營業活動而銷售商品或提供勞務等所獲得之收入。」「營業外收入及費用指本期內非因經常營業活動所發生之收入及費用。」「營業成本及費用，應與所由獲得之營業收入相配合，同期認列。」又按查核準則第24條之2 前段規定：「營利事業出售不動產，其所得歸屬年度之認定，應以所有權移轉登記日期為準，但所有權未移轉登記予買受人以前，已實際交付者，應以實際交付日期為準。」再按改制前行政法院58
年度判字第31號判例：「納稅義務人依所得稅法規定辦理結算申報而經該管稅捐稽徵機關調查核定之案件，如經過法定期間而納稅義務人未申請復查或行政爭訟，其查定處分，固具有形式上之確定力，惟稽徵機關如發見原處分確有錯誤短徵，為維持課稅公平之原則，基於公益上之理由，要非不可自行變更原查定處分，而補徵其應繳之稅額。」末按財政部60年3 月31日台財稅字第32331 號函釋：「查營利事業在建廠期間雖未對外營業，惟如有財務收入或其他收入，仍應依所得稅法第71條規定申報其當年度所得額，依法核課。」
⑵原告申報經營其他倉庫經營業，94年度列報營業收入淨額29,650,286元、營業成本23,984,287元、營業淨利70,284元、非營業收入總額16,849元及全年所得額87,133元，被告所屬新竹縣分局（以下簡稱被告初查）以其94年度僅開立1 筆銷售予台灣先進公司廠房（含土地承租權）之統一發票70,095,238元，該筆收入非屬主要營業項目收入，乃將列報之營業收入淨額29,650,286元轉列非營業收入之出售資產收入，營業成本23,984,287元轉列非營業收入之出售資產成本，核定營業收入淨額及營業成本均為0 元，營業淨利虧損5,248,003 元，加計非營業收入之利息收入16,849元及出售資產增益13,721,004元（出售資產收入29,650,286元－調整後出售資產成本15,929,2 82 元），核定全年所得額8,489,850 元。⑶關於程序部分爭議事項：
1.原告94年度營利事業所得稅結算申報，列報營業收入淨額29,650,286元、營業成本23,984,287元、營業淨利70,284元、非營業收入總額16,849元及全年所得額87,133元，被告初查依其出具願依同業利潤標準毛利率核定營業成本之承諾書，按其申報之「其他倉庫經營業」（行業標準代號：5801-99 ）同業利潤標準毛利率63% 核算營業毛利18,679,680元，減除核定營業費用及損失總額5,595,715 元，核算營業淨利13,083,965元，較按同業利潤標準淨利率31% 核算營業淨利9,191,588 元為高，依查核準則第6 條第1 項前段規定，核定營業淨利9,191,588 元，加計核定非營業收入總額16,849元，減除核定非營業費用及損失總額0 元，核定全年所得額9,208,437 元。
2.嗣原告於96年6 月11日第1 次申請更正，主張其申報經營「其他倉庫經營業」（行業標準代號：5801 -99）有誤，應更正為「房屋建築營建」（行業標準代號：3901-13 ），請予重新查核等語，經被告初查96年9 月27日通知原告補充說明土地承租權之內容及補正交易合約等資料，惟原告未能補充說明及提示，遂以96年10月18日北區國稅竹縣一字第0960007164號函否准原告之申請，原告仍執前詞於96年12月12日第2 次申請更正，復經被告初查函覆原告，其對同一事由一再申請，依行政程序法第173 條第1 項第2 款規定，不予處理，並轉知其如對核定內容不服，請依稅捐稽徵法第35條規定申請復查，原告遂於97年1 月23日申請復查，案經被告初查以97年2 月25日北區國稅竹縣一字第0970001259號函回復原告，其申請復查案改以更正方式重行審理，被告初查遂按原告提示之帳簿憑證等相關資料查核，重行核定全年所得額8,489,850 元，原告不服，於97年7 月16日申請復查。
3.綜上，原告對被告初查第1 次核定其94年度營業收入淨額29,650,286元、出售資產增益0 元及全年所得額9,208,437 元認有錯誤，分別於96年6 月11日及96年12月12日申請更正，原告主張其對上開核定結果未提出異議乙節，核與事實不符；又被告初查否准原告申請更正案，原告不服，於97年1 月23日申請復查，被告初查於97年2 月25日通知原告，將該復查案改以更正方式重行審理，原告對該通知函之內容並無異議，嗣被告初查按原告提示之帳簿文據及查得之資料，重行核定全年所得額8,489,850 元，其稽徵程序核符首揭改制前行政法院58年度判字第31號著有判例意旨，原告對該重行核定之行政處分不服，申請復查，經被告依法審理後作成98年10月26日北區國稅法一字第0980008626號復查決定，對原告之行政救濟權益並無影響，是本件被告於原核定及復查階段所為稽徵程序，於法並無不合。
⑷關於實體部分爭議事項：
①查原告於93年10月11日召開公司發起會議，計畫籌措自有資金120,000,000 元及國內貸款80,000,000元，以投資興建倉儲廠房設立於屏東加工出口區，預定資金用途包括建築費用100,000,000 元、機器設備、運費及安裝費12,500,000元、人事及營業支出7,500,000 元，向經濟部加工出口區管理處屏東分處申請投資設立，案經該處區內事業申請設立審查小組第455 次會議決議，同意原告於區內經營倉儲業、國際貿易業、其他運輸輔助業及其他顧問服務業等營業項目，原告於93年12月1 日向管理處屏東分○○○區○○○市○○○段1348之6 地號土地，於94年6 月21日申請於該地興建廠房（該分處於94年6 月29日核發建造執照，建築工程開工報告記載開工日期94年9 月23日）。
1.嗣因業務計畫變更，原告於94年6 月27日召開股東會決議，將上開投資興建物流用倉庫轉讓予台灣先進公司並辦理撤資事宜，遂於94年11月2 日與台灣先進公司簽訂買賣合約書，雙方同意以73,600,000元（含稅）之價金，由原告將上開土地承租權及興建中廠房轉讓予台灣先進公司，並於94年11月22日向管理處申請撤銷設立投資案，經管理處94年11月24日同意備查，復於95年1 月6
日申請變更起造人，經管理處95年1 月10日准予備查；又台灣先進公司於94年11月21日檢附原告94年11月10日出具轉讓前揭土地上廠房建造權利之權利讓渡書，向管理處申請遷入屏東園區營運，經管理處94年12月1 日函准辦理，復於94年12月29日匯款73,600,000元轉入原告土地銀行湖口分行帳戶，並於95年2 月27日取得管理處核發之建物使用執照。
2.依管理處屏東分處98年4 月7 日函稱，依據加工出口區設置管理條例施行細則第16條規定，所稱「設立完成」係指區內事業已辦妥公司登記，已能全部或部分產製經核准之產品或提供勞務，並取得開工或開業許可者而言，原告歷經投資申請、承租土地、申請建照、申報開工興建廠房、變更起造人及撤銷投資等步驟，尚未達到該條例所稱「設立完成」階段等語。準此，本件原告係在廠房興建完成並開始營運之前，即因申請撤銷投資，而未符合加工出口區設置管理條例施行細則第16條規定之設立完成要件，且依原告94年6 月27日股東會議事錄（節錄）及94年11月22日撤銷投資申請書記載，原告撤銷投資之原因，係原計畫投資興建加工出口區物流用倉庫承攬台灣先進公司業務之計畫變更，遂經股東會同意將興建中廠房轉讓予台灣先進公司承接，是原告將土地承租權及興建中廠房出售予台灣先進公司，與一般房屋建築營造業純以投資興建各種建築物獲取利益之經營方式尚屬有別，況查本件經被告初查更正核定全年所得額8,489,850 元，係按原告提示之帳簿文據及查得之資料核實認剔，與是否適用「不動產投資興建業」同業利潤標準核定所得額無涉，原告對本件應適用何種業別之行業代號一再爭執，核無必要。
②本件被告初查按原告提示之帳簿憑證等資料及首揭財政部高雄市國稅局查復之相關資料，更正核定全年所得額8,489,850 元，其調整科目及核定內容如下：
⒈營業收入淨額：列報29,650,286元，全額轉入「出售資產收入」。
⒉營業成本：列報23,984,287元，其中本期進料404,790
元、直接人工392,700 元、製造費用─旅費138,872 元及製造費用─伙食費19,800元，分別轉入本期營業費用─其他費用、薪資、旅費及伙食費項下，另剔除富峰木業有限公司（負責人甘偉俊即原告之原負責人）開立94年11、12月份統一發票（品名：木材，94年12月4 日入帳）金額3,024,000 元（入帳3,051,700 元），並將列報裕祥營造工程款成本21,909,885元（10月20日7,447,531 元＋12月30日14,462,354元）轉入「出售資產成本」，核定營業成本0 元。
⒊營業費用及損失總額：列報5,595,715 元，加計營業成本─本期進料、直接人工及製造費用轉正金額合計956,162 元及轉回之預付保險費70,948元，減除轉入「出售資產成本」之租金支出1,374,822 元，核定5,248,003
元。
⒋出售資產增益：
A.更一核出售資產收入：29,650,286元（自申報94年度營業收入淨額轉入）。
B.更一核出售資產成本15,929,282元【核定出售資產成本37,657,876×（更一核出售資產收入29,650,286÷
更一核及二核全部出售資產收入70,095,238）】。
C.更一核出售資產增益：更一核出售資產收入29,650,286－更一核出售資產成本15,929,282＝13,721,004元。
⒌更一核全年所得額：營業淨利虧損5,248,003 ＋非營業收入總額13,737,853－非營業損失及費用總額0 ＝8,489,850 元。
③原告主張其列報94年度營業費用及損失─其他費用中，屬支付興建廠房所支付之建築師設計監造費3,400,000 元，及95年度附屬工程成本25,286,502元，應屬興建廠房之成本，被告初查更一核核定漏未轉列出售資產成本；又其95年度營業收入經被告初查全數轉列為94年度出售資產收入，則原告95年度興建倉庫期間所支付之營業費用5,248,003 元及出售資產損失1,616,917 元，亦應併入核算出售資產損益，方屬合理等語，經查：
⒈系爭建築師設計監造費3,400,000 元部分，核屬興建廠房之成本性質，應自被告初查更一核核定營業費用─其他費用中，予以調整轉列出售資產成本。
⒉系爭95年度附屬工程成本25,286,502元部分，原告列報95年度營業成本30,135,861元，與其帳載營業成本包括原料進料26,939,069元、直接人工723,900 元、直接人工─退休金12,600元、製造費用─旅費324,792 元、製造費用─伙食費43,200元及製造費用─其他費用186,300 元合計28,229,861元不合，應以帳載數為準，查依原告與台灣先進公司於94年11月2 日簽訂之買賣契約書第4 條載明，原告之義務，僅包括於收訖買賣款項後向管理處屏東分處申請轉讓土地承租權及變更廠房起造人名義予台灣先進公司、協助台灣先進公司就廠房未完成部分與裕祥公司簽署建造承攬契約（承攬總價76,994,620元）、擔保裕祥公司按確認圖說施工、廠房最遲於95年2 月28日前取得主管機關核發使用執照及與裕祥公司就廠房相關結構、設施提供1 年保固負連帶責任等，並未約定原告仍需繼續施工及支付工程款；又原告與裕祥公司雙方於94年12月30日簽訂契約終止協議，協議終止興建系爭廠房之原工程契約，是前揭原告95年度帳載營業成本28,229,861元中，除帳列直接人工723,900 元、直接人工─退休金12,600元、製造費用─旅費324,792 元、製造費用─伙食費43,200元及製造費用─其他費用186,300 元合計1,290,792 元屬營業費用性質應予轉正外，其餘帳列進料成本26,939,069元〔含取具政鴻營造有限公司（負責人甘偉俊為原告之原負責人）開立95年度5 至9 月份統一發票（品名：廠房整修）銷售額10,750,000元、取具小規模營利事業開立普通收據（品名：五金）1,815,900 元、取具裕祥公司開立統一發票金額9,523,810 元及其他進料成本4,849,359 元〕，其交易事項係在系爭土地承租權、興建中廠房轉讓後及原工程契約協議終止後所發生，原核定將其中取具裕祥公司開立統一發票金額9,523,810 元之進料成本及其他進料成本4,849,359 元合計14,373,169元，列入出售資產成本，核屬對原告有利之核定，原告主張其餘帳列進料成本12,565,900元（26,939,069－14,373,169）應予轉列出售資產成本乙節，核不足採。
⒊又原告95年度列報出售資產損失1,616,917 元部分，係原告95年10 月1日出售其於94年12月19日取得小客車（車號：3368-HN ，取得原價2,800,000 元）之損失，查該小客車並非原告與台灣先進公司於94年11月2 日簽訂之買賣契約書內約定之出售標的物，其損失核屬原告出售年度之非營業損失，與本件系爭出售資產損失無涉，原告主張核不足採。
綜上，被告更一核認列系爭建築師設計監造費3,400,000
元屬營業費用─其他費用項下，應予調整轉列為出售資產成本，重行核算全年所得額10,451,651元，基於行政救濟不得更不利於原告之決定，原更一核核定全年所得額8,489,850 元請予維持。
④另查依原告94年12月至95年10月營業人銷售額與稅額申報書，原告列報固定資產進項金額及得扣抵進項稅額均為0
元，其主張94及95年度支付原料進料課徵之進項稅額2,707,670 元，被告應予退還乙節，核與本件系爭出售資產損益無關，應由原告檢具相關證明文件，另案向被告申請更正，併予陳明。
⑸綜上，被告按原告提示帳簿憑證等資料查核，核定全年所得額8,489,850 元並無違誤，而聲明：「原告之訴駁回，訴訟費用由原告負擔」。
四、得心證之理由：
⑴程序上說明（本院按各項事件發生之先後次序，逐一釐清兩造程序上之爭執，並藉此敘明本件訴爭之範圍）：
①原告94年度營利事業所得稅結算申報，列報營業收入淨額29,650,286元、營業成本23,984,287元、營業淨利70,284元、非營業收入總額16,849元及全年所得額87,133元，被告初查依其出具願依同業利潤標準毛利率核定營業成本之承諾書，按其申報之「其他倉庫經營業」（行業標準代號：5801-99 ）同業利潤標準毛利率63% 核算營業毛利18,679,680元，減除核定營業費用及損失總額5,595,715 元，核算營業淨利13,083,965元，較按同業利潤標準淨利率31% 核算營業淨利9,191,588 元為高，依查核準則第6 條第1 項前段規定，核定營業淨利9,191,588 元，加計核定非營業收入總額16,849元，減除核定非營業費用及損失總額0 元，核定全年所得額9,208,437 元。
1.這是兩造一開始，均無爭執之第一次核定（參見原處分卷一p-45）。
2.原告對於被告第一次核定通知書所列「營業收入29,650,286元及財產增益核定0 元」項目，均未提出異議及申請復查。
3.本件的【第一個爭執點】，原告訴稱：依稅捐稽徵法第34條第3 項第3 款應屬確定案件，被告針對同一事件，計發四次不同處分之核定通知，且各次核定通知，均以「更正」事項處理，將非屬所得稅法第81條所規定「繳納通知文書有記載或計算錯誤之事項」，而以更正事項處理，顯非適法云云。
4.經查，行政處分即使已經確定，原處分機關是否仍得職權糾正（或更正）其內容，參照行政程序法第117 條本文「違法行政處分於法定救濟期間經過後，原處分機關得依職權為全部或一部之撤銷；其上級機關，亦得為之」，對照於改制前行政法院58年判字第185 號判例「原告主張原核定所引用之同業利潤率錯誤，請求更正營利事業所得額，顯係對於查核結果有實體上之爭執，並非謂通知書之記載或計算有何錯誤，自應依所得稅法第82條第1 項第1 款規定，申請復查，不得適用同法第81條第2 項之規定請求更正。又原課稅處分有所失誤，原處分官署或其上級官署不妨依職權自行糾正，但原告要無請求變更原確定處分之權利」，足見即使已經確定，原處分官署或其上級官署仍得依職權自行糾正。就此，原告所稱顯非適法云云，自無足憑。
②嗣原告於96年6 月11日第1 次申請更正，主張其申報經營「其他倉庫經營業」（行業標準代號：5801 -99）有誤，應更正為「房屋建築營建」（行業標準代號：3901-13 ），請予重新查核等語（參見原處分卷一p-65）。
1.經被告初查96年9 月27日通知原告補充說明土地承租權之內容及補正交易合約等資料（參見原處分卷一p-66），但原告未能補充說明及提示，被告遂以96年10月18日北區國稅竹縣一字第0960007164號函否准原告之申請（參見原處分卷一p-67）。
2.原告仍執前詞於96年12月12日第2 次申請更正（參見原處分卷一p-68），復經被告函覆原告，其對同一事由一再申請，依行政程序法第173 條第1 項第2 款規定，不予處理（參見原處分卷一p-69），並轉知其如對核定內容不服，請依稅捐稽徵法第35條規定申請復查。
3.原告遂於97年1 月23日申請復查（參見原處分卷一p-75），被告以97年2 月25日北區國稅竹縣一字第0970001259號函回復原告，其申請復查案改以更正方式重行審理（參見原處分卷一p-76）。
4.被告遂按原告提示之帳簿憑證等相關資料查核，重行核定（97年5 月2 日北區國稅竹縣一字第0970002638號函，參見原處分卷一p-87），針對原告列報出售資產增益0 元及全年所得額87,133元，經分別核定13,721,004元及8,489,850 元，應補稅額2,099,392 元（參見原處分卷一p-90）。
5.這是【第二個爭點】，原告稱：「被告97年4 月22日就第一次核定後之更正核定，原告在97年7月16日提出復
查申請；被告之復查決定在98年10月26日以北區國稅法一字第0980008626號復查決定書核定，原告並就此復查決定提起訴願，該案件已提起行政訴訟，由大院99年度訴字第1552號審理中（參本院卷p-86）」，這是完全的錯誤：
A.原告稱被告97年4 月22日就第一次核定後之更正核定，這個用語不夠周延，嚴格而言，被告重行核定（97年5 月2 日北區國稅竹縣一字第0970002638號函，參見原處分卷一p-87）是本件之原處分（即被告所稱之更一核處分），所檢送之更正核定通知書（參見原處分卷一p-90）製表日期為97年5 月2 日，而核定日期就是97年4 月22日，所以是本件之原處分，應無疑義。
B.原告不服原處分，於97年7 月16日申請復查（參見原處分卷一p161），主要之爭執在於原告就申報書40出售資產增益第一次核定（如本判決四⑴①1.所示，內容參見原處分卷一p-45）為0 ，但更正後核定（如本判決四⑴②4.所示，內容參見原處分卷一p-90）為13,721,004元。
C.被告之復查決定為98年10月26日以北區國稅法一字第0980008626號復查決定書，就是針對原告列報出售資產增益0 元及全年所得額87,133元，經分別核定13,721,004元及8,489,850 元，應補稅額2,099,392 元（參見原處分卷一p369）而為之。而本件訴願決定（財政部99年6 月1 日台財訴字第09900040720 號），亦針對此部份之爭執而為之，故本案之原處分、復查決定、訴願決定應如上所述，而無疑義，原告稱此部份是本院另案99年度訴字第1552號自屬違誤。
D.此部份，經闡明後原告已為更正陳述（參本院卷p-95），故本案審理範圍，應無疑義。原告所謂第二次核定之用語就是「被告重行核定（97年5 月2 日北區國稅竹縣一字第0970002638號函，參見原處分卷一p-87），及其所檢送之更正核定通知書（參見原處分卷一p-90）製表日期為97年5 月2 日，而核定日期就是97年4 月22日」亦即本件之原處分，就此敘明。
6.因此，原告稱「被告對於原告94年度營利事業所得稅結算申報案，同一事件，前後四次核定不同之行政處分，就被告第2 至4 次之核定通知（第3 次被告機關已自行通知撤回）依行政程序法第111 條第7 款規定，均屬無效，訴願委員會不應對不合程序之案件作審議，方屬適法，其稱核無不妥乙節，顯屬不當（第4 次核定通知，已另案提起行政救濟）」云云，僅所謂之第二次核定（參見原處分卷一p-87、90）為本案訟爭範圍，其餘應屬本院另案99年度訴字第1552號審理範圍（即97年6 月16日之核定，參原處分卷P-96，另核定出售資產增益為32,437,362元，是因發現新事證就再以另一核定再開稅單，該部分原告另行訴爭），本院自無需針對原告所稱第3、4 次之核定通知予以審究，附此敘明，。
⑵實體爭執（即原告列報出售資產增益0 元及全年所得額87,133元，經分別核定13,7 21,004 元及8,489,850 元，應補稅額2,099,392 元）：兩造之爭點在於：
①原告主張應以標準代號3901-13 房屋建築營建為準，但被告以標準代號5801-9 9保管貨物之倉租收入核定其淨利率。
②原告主張94年度全年度營業收入祇興建一棟廠房（倉庫）出售台灣先進公司，該出售收入為產品收入，開立銷售廠房收入列為營業收入應屬有據，而被告將營業收入擅改列為出售財產，而謂非營業收入。
③被告核定之出售資產增益13,721,004元，係按申報年度銷售金額及出售成本（按42.3% ），推算而得，而非依所得稅法規定以94、95二年度實際營業收入及營業成本、營業費用等帳載資料查核認定。原告主張：
1.被告核定出售資產成本37,657,876元係推算而得，其計算式為：【a.94年度進料取具裕祥公司發票21,909,885元】＋【b.94年度營業費用租金支出轉入1,374,822 元】＋【c.95年度取具裕祥公司發票9,523,810 元】＋【d.95年度進料金額4,84 9,359元】。
2.其中【b.】94年度營業費用中租金支出：係屬出售資產成本1,374,822 元，被告列為出售資產成本，尚屬合宜；惟同理，營業費用其他費用中，支付興建該項倉庫工程所支付國強建築師設計監造費3,400,000 元，應屬興建資產之成本，亦應轉列為出售資產成本，方屬公允，被告漏列亦為被告所不爭執。
3.其中【c.】95年度取具裕祥公司進料發票4,849,359 元：本工程包括主結構工程及附屬工程，所有95年度主結構體成本4,849,359 元，該被告機關全數認列，而附屬工程之成本25,286,502元，則全數漏列「出售資產之成本」（或應屬營業成本科目）中；又95年度之營業收入，已全數轉列為94年度出售資產收入，則原告95年度興建倉庫期間所支付之營業費用5,248,003 元及結算時出售生財器具（車輛）之損失1,616,917 元，亦應併入核算出售資產損益，方屬合理。
⑶就核定其淨利率之同業標準，及其出售廠房究竟是營業收入或出售資產部分：
①原告認為其資本額僅50萬元，財產目錄並無房屋及建築之設備，該營業收入係原告興建廠房（倉庫），出售收入應屬產品收入，開立銷售廠房收入，列為營業收入，亦符合財政部所頒94年度營利事業各業所得標準，標準代號3901-13 房屋建築營建，包括工廠、車站、旅館、倉庫、加油站、住宅及公寓之營建，各種建築物之泥水工程等定義說明云云。
②依原告所稱之「94年度全年度營業收入祇興建一棟廠房（倉庫）出售台灣先進公司」，然查，原告於93年10月11日召開公司發起會議，計畫籌措自有資金120,000,000 元及國內貸款80,000,000元，以投資興建倉儲廠房設立於屏東加工出口區，預定資金用途包括建築費用100,000,000 元、機器設備、運費及安裝費12,500,000元、人事及營業支出7,500,000 元，向經濟部加工出口區管理處屏東分處申請投資設立，案經該處區內事業申請設立審查小組第455
次會議決議，同意原告於區內經營倉儲業、國際貿易業、其他運輸輔助業及其他顧問服務業等營業項目，原告於93年12月1 日向管理處屏東分○○○區○○○市○○○段1348之6 地號土地，於94年6 月21日申請於該地興建廠房（該分處於94年6 月29日核發建造執照，建築工程開工報告記載開工日期94年9 月23日）。足見原告不是興建一棟廠房（倉庫）出售，而是籌措資金投資興建倉儲廠房設立於屏東加工出口區。
③而後，撤銷投資之原因，係原計畫投資興建加工出口區物流用倉庫承攬台灣先進公司業務之計畫變更，遂經股東會同意將興建中廠房轉讓予台灣先進公司承接，是原告將土地承租權及興建中廠房出售予台灣先進公司，是原告將投資興建倉儲廠房（自己之產業）出售，當屬出售資產無疑，本案情節與一般房屋建築營造業純以投資興建各種建築物獲取利益之經營方式不同，原告所稱自無足憑。
④進而是否需要認定同業類型，是因為有核定其淨利率之必要，而本案被告更正核定全年所得額8,489,850 元（參見本判決四之⑷），係按原告提示之帳簿文據及查得之資料核實認剔，無涉於推估（參見本判決書四之⑷之⑥），當無涉於是否適用「不動產投資興建業」同業利潤標準核定所得額，原告自無爭執應適用何種業別之行業代號之必要，亦此敘明。
⑷被告更正核定全年所得額8,489,850 元（是依據相關帳簿憑證等資料而來，詳細數據原處分卷一p-88、89）：
①營業收入淨額：列報29,650,286元，全額轉入「出售資產收入」。因為依原告所稱「94年度全年度營業收入祇興建一棟廠房（倉庫）出售台灣先進公司」，實際上是原告將投資興建倉儲廠房（自己之產業）出售，當屬出售資產，被告予以全額轉列，自屬有據。
②營業成本：列報23,984,287元，其中本期進料404,790 元、直接人工392,700 元、製造費用─旅費138,872 元及製造費用─伙食費19,800元，分別轉入本期營業費用─其他費用、薪資、旅費及伙食費項下，是因為沒有營業收入，就不再有營業成本，而應該是當期營業費用，因此被告就本部份之轉列亦屬有理。
③就營業成本中，原告另列的富峰木業有限公司（負責人甘偉俊即原告之原負責人）開立94年11、12月份統一發票（品名：木材，94年12月4 日入帳）金額3,024,000 元（入帳3,051,700 元），經核對原告與裕祥營造之間的承攬合約書（原處分卷一p-86）契約金額是包括工料及機器設備在內，既是包工包料，原告另行採購木料列為營業成本自屬無稽，該部分被告予以剔除，自屬有據。而同一承攬契約可見實際之工程為裕祥營造所承擔，被告將原告列報裕祥營造工程款成本21,909,885元（10月20日7,447,531 元＋12月30日14,462,354元）轉入「出售資產成本」當屬合理。就此被告核定原告之營業成本0 元，應屬無誤（必要費用已經改列當期營業費用，對於形成資產之投入，也已經列入出售資產成本，對原告之保護應無疑義）。
④就營業費用及損失總額：原告列報5,595,715 元，加計營業成本─本期進料、直接人工及製造費用轉正金額合計956,162 元及轉回之預付保險費70,948元，減除轉入「出售資產成本」之租金支出1,374,822 元，核定5,248,003 元（5,595,715 元+956,162+70,948 元-1,374,822元=5,248, 003 元）。其中956,162 元就是上開四之⑷之②本期進料404,790 元、直接人工392,700 元、製造費用─旅費138,872 元及製造費用─伙食費19,800元之合計。而保險費中之預付費用，只是轉回營業費用；而營業費用所列之租金，是付給加工出口區之租金，是形成資產之投入，自應轉列出售資產成本，故此部份也無損於原告之權益。⑤出售資產增益部分：
1.由上開四之⑷之①先將29,650,286元（自原告申報94年度營業收入淨額轉入出售資產收入）。
2.被告核定出售資產成本37,657,876元係累加而來：
a.94年度進料取具裕祥公司發票21,909,885元。
b.94年度營業費用租金支出轉入1,374,822 元。
c.95年度取具裕祥公司發票9,523,810 元。
d.95年度進料金額4,849,359元。
3.而全部出售資產收入70,095,238元，是原告所申報94年度營業收入29,650,286元（轉入當期出售資產增益）及預收款40,444,952元（即95年度仍需施工之預收款
40,444 ,952 元）合計而來。而上開成本之分擔而言，就是轉入當期出售資產增益所佔全部出售資產收入之比例應為15 ,929,282 元【即37,657,876×（29,650,286
÷70,095,2 38 】。
4.因此當期之出售資產收入為29,650,286元，而當期應分擔之出售資產成本為15,929,282元，故當期出售資產增益被告核定為13,721,004元（29,650,286元-15,929,282 元= 13,721,004元）當屬有據。
⑥因此，當期全年所得額：營業淨利虧損5,248,003 元（本判決書四之⑷之④）＋非營業收入總額13,737,853元（本判決書四之⑷之⑤之4.；另計原告申報之利息收入16,849元）－非營業損失及費用總額0 ＝8,489,850 元，當無疑義，此數額係經帳冊計算而來，無關於推估，原告所稱同業利潤標準之選取，自無必要，並此回應。
⑸至於，原告主張其列報94年度營業費用及損失─其他費用中，屬支付興建廠房所支付之建築師設計監造費3,400,000 元，及95年度附屬工程成本25,286,502元，應屬興建廠房之成本等。經查：
①建築師設計監造費3,400,000 元部分，核屬興建廠房之成本性質，應自營業費用─其他費用中，予以調整轉列出售資產成本。若將系爭建築師設計監造費3,400,000 元屬營業費用─其他費用項下，應予調整轉列為出售資產成本，重行核算全年所得額10,451,651元，基於行政救濟不得更不利於原告之決定，原更一核核定全年所得額8,489,850
元，自應予維持。此部份原告並未爭執，參見本院卷p154，原告所列之第二次核定（即本件原處分），經提起行政訴訟後再重行核實（針對第二次改為）全年所得額
10,451, 651 元。
②95年度附屬工程成本25,286,502元部分，原告列報95年度營業成本30,135,861元，與其帳載營業成本包括原料進料26,939,069元、直接人工723,900 元、直接人工─退休金12,600元、製造費用─旅費324,792 元、製造費用─伙食費43,200元及製造費用─其他費用186,300 元合計28,229,861元不合，應以帳載數為準。
1.原告95年度帳載營業成本28,229,861元中，除帳列直接人工723,900 元、直接人工─退休金12,600元、製造費用─旅費324,792 元、製造費用─伙食費43,200元及製造費用─其他費用18 6,300元合計1,290,792 元屬營業費用性質應予轉正。
2.其餘帳列進料成本26,939,069元，其中原核定將其中取具裕祥公司開立統一發票金額9,523,810 元之進料成本及其他進料成本4,849,359 元合計14,373,169元，列入出售資產成本（參見本判決書四之⑷之⑤之2.），所剩12,565,900元（26,939,069元-14,373,169 元=12,565,900 元），包含：取具政鴻營造有限公司（負責人甘偉俊為原告之原負責人）開立95年度5 至9 月份統一發票（品名：廠房整修）銷售額10,750,000元，及取具小規模營利事業開立普通收據（品名：五金）1,815,900 元等，其交易事項係在系爭土地承租權、興建中廠房轉讓後及原工程契約協議終止後所發生，當予扣除。
所以，95年度附屬工程成本25,286,502元部分，被告不是不認而是將其中不該認列之12,565,900元予以扣除，原告所稱，自無理由。
五、綜上所述，被告所之處分（含復查決定），並無不法，訴願決定予以維持，亦無不合。原告徒執前詞，訴請撤銷，為無理由，應予駁回。而原告所稱車輛出售之之損失，此與原告與臺灣先進公司間交易無關，自與本案系爭資產出售之損失無關，原告主張要併入核算出售資產損益，自屬無稽；又本案事證已臻明確，兩造其餘攻擊防禦方法均與本件判決結果不生影響，故不逐一論述，併此敘明。
六、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1 項前段，判決如主文。
中　　華　　民　　國　100 　　年　　1 　　月　　27　　日臺北高等行政法院第七庭
審判長法　官　陳秀媖
法　官　畢乃俊
法　官 陳心弘
上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。

中　　華　　民　　國　　100　 年　　1　　 月　　27　　日書記官 鄭聚恩