要旨
查司法院釋字第四二七號解釋意旨：「營利事業所得之計算，係以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額，以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算，所得稅法第二十四條第一項及第三十九條前段定有明文。同法第三十九條但書旨在建立誠實申報納稅制度，其扣除虧損只適用於可扣抵期間內未發生公司合併之情形，若公司合併者，則應以合併基準時為準，更始計算合併後公司之盈虧，不得追溯扣抵合併前各該公司之虧損。財政部中華民國六十六年九月六日台財稅字第三五九九五號函與上開法條規定意旨相符，與憲法並無牴觸。至公司合併應否給予租稅優惠，則屬立法問題。」上開解釋乃係針對所得稅法第三十九條所為之解釋，亦即營利事業以往年度之虧損原則上不得列入本年度計算，至於該條但書之適用則限於可扣抵期間內未發生公司合併之情形。蓋公司合併後，其公司體質已有變更，其營業項目亦多經調整，與合併前存續公司或消滅公司均有不同，則不論係合併前存續公司或消滅公司之虧損，自均不能扣抵。上訴人係依所得稅法第三十九條否准被上訴人扣抵合併前公司之虧損，其援引司法院釋字第四二七號解釋，僅在補充其處分之理由而已，所得稅法第三十九條條文並未變更，無法律不溯及既往之問題。至司法院釋字第四二七號解釋，則係闡釋所得稅法第三十九條之原意，應自法規生效日起有其適用。 (裁判要旨內容由法源資訊整理)
案由
最高行政法院判決 九十一年度判字第一二四三號上 訴 人 財政部臺灣省南區國稅局 代 表 人 許○○ 被 上訴 人 ○○○○股份有限公司 代 表 人 孟○○ 右當事人間因營利事業所得稅事件，上訴人對於中華民國九十年四月十七日高雄高等行政法院八十九年度訴字第二五四號判決，提起上訴。本院判決如左：
主文
原判決廢棄，發回高雄高等行政法院。
理由
被上訴人主張：其與○○企業股份有限公司（以下簡稱○○公司）業經經濟部投資審議委員會核准於八十三年十二月一日合併有案，合併後○○公司為消滅公司，其為存續公司，並更名為現名稱。其自七十九年至八十三年度合併前之營利事業所得稅結算申報，均經會計師查核簽證並如期完成申報，經核定虧損計三六七、七一七、三七二元，符合所得稅法第三十九條規定，得將前五年內之虧損，自本年度純益中扣除之。其合併案係基於信賴稅捐稽徵機關自六十六年九月六日財政部台財稅字第三五九九五號函釋起，對同類案件均准予公司合併後存續公司扣除以前年度核定虧損之行政先例，上訴人竟援用八十六年五月九日始發布之司法院釋字第四二七號解釋，否准被上訴人認列前五年虧損額一六六、九二二、八七六元，與信賴保護原則有違。且司法院釋字第四二七號解釋其解釋文及解釋理由書均無對該號解釋之生效時期為特別規定，則參酌司法院釋字第一八八號解釋意旨，應自公布日始生效。本件合併案發生在八十三年十二月一日，租稅優惠要件事實完成係在該釋字第四二七號解釋公布之前，基於法律不溯及既往之原則，於被上訴人應不能適用；且該函釋係就台灣飛利浦建元電子股份有限公司之相關法律所為之個案聲請解釋，應僅限於存續公司不得扣除合併後消滅公司之虧損，上訴人執意依前述司法院解釋，而否准被上訴人扣除前五年虧損之權益，顯有違誤，請求判決撤銷原處分及一再訴願決定等語。 上訴人則以：被上訴人辦理八十五年度營利事業所得稅結算申報，主張適用所得稅法第三十九條規定，申報前五年核定虧損未扣除額一六六、九二二、八七六元；但查被上訴人與○○公司係於八十三年十二月一日合併，依財政部六十六年九月六日台財稅字第三五九九五號函釋及司法院釋字第四二七號解釋之意旨，其扣除虧損只適用於可扣抵期間內未發生合併之情形，若公司合併者，則應以合併基準時為準，更始計算合併後公司之盈虧，不得追溯扣抵合併前各該公司之虧損，被上訴人申報前五年核定虧損扣除額一六六、九二二、八七六元，均係八十三年以前之虧損，依前揭財政部函釋及司法院解釋之意旨依法應不予扣除。又行政法規之適用雖應以行為時之法規為準，並不得溯及既往，惟該不得溯及既往，係指行政法規之適用，然司法院釋字第四二七號解釋，係闡釋法規之含義，其效力係附屬於法規，故應自法規生效時起予以適用，是上訴人適用釋字第四二七號，否准被上訴人適用所得稅法第三十九條但書扣除合併前之虧損，並不違反法律不溯及既往之原則。又前揭財政部函釋係指公司如因被合併而消滅，合併後存續公司不得扣除合併而消滅公司前三年內虧損，並無合併後存續公司得扣除合併前存續公司前三年核定虧損之解釋，被上訴人主張合併後存續公司得扣除合併前三年內虧損，係其單方之法律見解，並無值得信賴之基礎行為，不符合信賴保護原則等語，資為抗辯。 原審駁回上訴人在第一審之訴，係以：查被上訴人與○○公司合併，業經經濟部投資審議委員會核准於八十三年十二月合併在案，合併其為存續公司，並更名為現名稱，其自七十九年至八十三年合併前之營利事業所得稅結算申報，均經會計師查核簽證，並如期申報，經核定虧損三六七、七一七、三七二元，此為兩造所不爭執，復有被上訴人提出之經濟部投資審議委員會八十三年十一月四日經投審（八三）一字第○八九七○號函附卷足佐，足堪信實。按所得稅法第三十九條規定「以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第七十七條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前五年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」，其但書規定得於本年純益額扣除之要件，僅為「公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第七十七條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者」為其要件，並未以「未經合併之公司」為其要件。而財政部六十六年九月六日台財稅字第三五九九五號函釋：「．．．公司如因被合併而消滅，合併後存續之公司與合併而消滅之公司並非同一公司，自不得扣除因合併而消滅之公司前三年內經該管機關查帳核定之虧損。」等語，亦僅就被合併後存續之公司不得扣除消滅公司之虧損而為函釋，依行為時之所得稅法文義及相關函釋，均無禁止合併後之存續公司不得扣除虧損之法令。本件被上訴人係於八十六年二、三月間辦理八十五年營利事業所得稅結算申報，申報全年所得額一六六、九二二、八七六元，前五年核定虧損為扣除額一六六、九二二、八七六元，被上訴人於八十六年辦理八十五年營利事業所得稅結算申報時，在無禁止之明文及函釋下，已該當得扣除虧損之租稅優惠要件，自不待言。司法院釋字第四二七號解釋意旨，除認前揭財政部六十六年之函釋，關於公司合併後不得扣抵消滅公司之虧損，與憲法並不牴觸外，併認公司合併情形「不得追溯扣抵合併前各該公司之虧損」，亦即無論存續或消滅公司之虧損均不得扣抵之，顯已擴大不得扣抵範圍，而加諸所得稅法原無之限制要件，則自該解釋後，顯有不利於合併後之存續公司情形。按大法官會議對憲法所作之抽象解釋，其效力與憲法條文本身相同，其對法令所為之統一解釋「自有拘束全國各機關及人民之效力，各機關處理有關事項應依解釋意旨為之」，此經司法院釋字第一八五號解釋在案，故大法官會議之解釋依其性質具有與憲法、法律或命令同等之法源地位。司法院釋字第四二七號解釋乃係針對所得稅法第三十九條所為之解釋，依前揭司法院釋字第一八五號解釋，自具有與法律同等之法源地位，與行政釋示係行政機關就行政法規所為之釋示性質有所不同，自不能認僅係闡明法規之原意，而主張應自法規生效之日起有其適用。司法院釋字第四二七號解釋既具有與法律同等之法源地位，且合併後存續公司又因該解釋而有不利情形，自亦有法規不溯及既往原則之適用，始符法治。此參酌司法院釋字第一八八號解釋，亦明示除解釋文內另有明定者外，應自公布當日起發生效力，應不得溯及既往。查上開釋字第四二七號解釋係於八十六年五月九日公布，且其解釋文及解釋理由書均無對該號解釋之生效時期為特別規定，則該第四二七號解釋應自公布日生效應屬明確。本件合併案發生在八十三年十二月一日，租稅優惠要件事實完成係在該釋字四二七號解釋公布之前，則基於法律不溯及既往之原則，對於被上訴人不能適用，實為當然之理。從而，上訴人主張依前揭司法院釋字第四二七號解釋，不准被上訴人就其營利事業所得稅結算申報扣除前五年虧損之處分，於法顯有未合。一再訴願決定未予糾正，亦有未洽，乃將再訴願決定、訴願決定及原處分均予撤銷。惟查司法院釋字第四二七號解釋意旨：「營利事業所得之計算，係以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額，以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算，所得稅法第二十四條第一項及第三十九條前段定有明文。同法第三十九條但書旨在建立誠實申報納稅制度，其扣除虧損只適用於可扣抵期間內未發生公司合併之情形，若公司合併者，則應以合併基準時為準，更始計算合併後公司之盈虧，不得追溯扣抵合併前各該公司之虧損。財政部中華民國六十六年九月六日台財稅字第三五九九五號函與上開法條規定意旨相符，與憲法並無牴觸。至公司合併應否給予租稅優惠，則屬立法問題。」上開解釋乃係針對所得稅法第三十九條所為之解釋，亦即營利事業以往年度之虧損原則上不得列入本年度計算，至於該條但書之適用則限於可扣抵期間內未發生公司合併之情形。蓋公司合併後，其公司體質已有變更，其營業項目亦多經調整，與合併前存續公司或消滅公司均有不同，則不論係合併前存續公司或消滅公司之虧損，自均不能扣抵。上訴人係依所得稅法第三十九條否准被上訴人扣抵合併前公司之虧損，其援引司法院釋字第四二七號解釋，僅在補充其處分之理由而已，所得稅法第三十九條條文並未變更，無法律不溯及既往之問題。至司法院釋字第四二七號解釋，則係闡釋所得稅法第三十九條之原意，應自法規生效日起有其適用。原判決以本件合併案發生在八十三年十二月一日，基於法律不溯及既往之原則，該釋字四二七號解釋對於被上訴人不能適用，而為上訴人敗訴之判決，自有可議，上訴論旨，指摘原判決為違背法令，非無理由。惟被上訴人主張在民國八十六年釋字第四二七號解釋以前，對於存續公司就其合併前所生之虧損，財政部及其所屬之稽徵機關均依財政部民國六十六年九月六日台財稅字第三五九九五號函釋，准予自營利所得扣除，伊因信賴該行政先例，而於八十三年十二月一日完成兩家公司之合併，應有信賴保護原則之適用云云，是否屬實，此關事實之認定，應由原審調查審認，本院無從判斷。爰將原判決廢棄，發回原法院。 據上論結，本件上訴為有理由，依行政訴訟法第二百五十六條第一項、第二百六十條第一項，判決如主文。 中 華 民 國 九十一 年 七 月 十八 日最 高 行 政 法 院 第 五 庭 審 判 長 法 官 徐 樹 海 法 官 廖 宏 明 法 官 鄭 淑 貞 法 官 劉 鑫 楨 法 官 林 家 惠 右 正 本 證 明 與 原 本 無 異 法院書記官 阮 桂 芬 中 華 民 國 九十一 年 七 月 十九 日
