มาตรา ๓๕ การบัญชีของสถาบัน ให้จัดทำตามหลักสากล ตามแบบและหลักเกณฑ์ที่คณะกรรมการกำหนด และต้องจัดให้มีการตรวจสอบภายในเกี่ยวกับการเงิน การบัญชี และการพัสดุของสถาบัน ตลอดจนรายงานผลการตรวจสอบให้คณะกรรมการทราบอย่างน้อยปีละครั้ง ในการตรวจสอบภายใน
ให้มีผู้ปฏิบัติงานของสถาบันทำหน้าที่เป็นผู้ตรวจสอบภายในโดยเฉพาะและให้รับผิดชอบขึ้นตรงต่อคณะกรรมการตามระเบียบหรือข้อบังคับที่คณะกรรมการกำหนด
มาตรา ๓๖ ให้สถาบันจัดทำงบดุล งบการเงิน และบัญชีทำการส่งผู้สอบบัญชีภายในหนึ่งร้อยยี่สิบวันนับแต่วันสิ้นปีบัญชีทุกปี ในทุกรอบปี ให้สำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินหรือบุคคลภายนอกตามที่คณะกรรมการแต่งตั้งโดยความเห็นชอบของสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินเป็นผู้สอบบัญชีและประเมินผลการใช้จ่ายเงินและทรัพย์สินของสถาบัน
โดยให้แสดงความคิดเห็นเป็นข้อวิเคราะห์ว่าการใช้จ่ายดังกล่าวเป็นไปตามวัตถุประสงค์ ประหยัด และได้ผลตามเป้าหมายเพียงใด แล้วทำบันทึกรายงานผลการสอบบัญชีเสนอต่อคณะกรรมการ เพื่อการนี้ ให้ผู้สอบบัญชีมีอำนาจตรวจสอบสรรพสมุดบัญชีและเอกสารหลักฐานต่าง ๆ ของสถาบัน สอบถามผู้อำนวยการ ผู้ตรวจสอบภายใน
เจ้าหน้าที่และลูกจ้าง หรือบุคคลอื่น และเรียกให้ส่งสรรพสมุดบัญชีและเอกสารหลักฐานต่าง ๆ ของสถาบันเป็นการเพิ่มเติมได้ตามความจำเป็น
มาตรา ๓๗ ให้สถาบันทำรายงานประจำปีเสนอรัฐมนตรีทุกสิ้นปีงบประมาณ รายงานนี้ให้กล่าวถึงผลงานของสถาบันในปีที่ล่วงมาแล้ว บัญชีทำการ พร้อมทั้งรายงานของผู้สอบบัญชีรวมทั้งคำชี้แจงเกี่ยวกับนโยบายของคณะกรรมการ โครงการ และแผนงานที่จะจัดทำในภายหน้า
มาตรา ๓๘ เพื่อประโยชน์ในการพัฒนาและปรับปรุงระบบการปฏิบัติงานของสถาบันให้มีประสิทธิภาพ เกิดผลสัมฤทธิ์ สร้างความรับผิดชอบและความเชื่อถือแก่สาธารณชนในกิจการของสถาบัน ตลอดจนการติดตามความก้าวหน้าและการตรวจสอบการดำเนินงานของสถาบันให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์ โครงการ และแผนงานที่ได้จัดทำไว้
ให้สถาบันจัดให้มีการประเมินผลการดำเนินงานตามระยะเวลาที่คณะกรรมการกำหนด แต่ต้องไม่นานกว่าสามปี การประเมินผลการดำเนินงานตามวรรคหนึ่ง ให้จัดทำโดยสถาบัน หน่วยงาน องค์กรหรือคณะบุคคลที่เป็นกลางและมีความเชี่ยวชาญในด้านการประเมินผลการดำเนินงาน โดยมีการคัดเลือกหรือแต่งตั้งตามวิธีการที่คณะกรรมการกำหนด
การประเมินผลการดำเนินงานของสถาบันจะต้องแสดงข้อเท็จจริงให้ปรากฏทั้งในด้านประสิทธิผล ในด้านคุณภาพการให้บริการ ในด้านประสิทธิภาพการปฏิบัติงาน ในด้านการพัฒนาองค์กรและในรายละเอียดอื่นตามที่คณะกรรมการจะได้กำหนดเพิ่มเติมขึ้น ในกรณีที่มีเหตุผลจำเป็นเป็นการเฉพาะกาล
คณะกรรมการจะจัดให้มีการประเมินผลการดำเนินงานเป็นครั้งคราวตามมาตรานี้ด้วยก็ได้ ให้สถาบันรายงานผลการประเมินผลการดำเนินงานต่อรัฐมนตรีและคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการด้วย