มาตรา ๓๙ การบัญชีขององค์การมหาชน ให้จัดทํา ตามหลักเกณฑ์ที่คณะกรรมการกําหนดซึ่งต้องเป็นไปตามมาตรฐานการบัญชี และต้องจัดให้มีการตรวจสอบภายในเกี่ยวกับการเงิน การบัญชีและการพัสดุขององค์การมหาชน ตลอดจนรายงานผลการตรวจสอบให้คณะกรรมการทราบอย่างน้อยปีละครั้ง
ในการตรวจสอบภายใน ให้มีผู้ปฏิบัติงานขององค์การมหาชนทําหน้าที่เป็นผู้ตรวจสอบภายในโดยเฉพาะ และให้รับผิดชอบขึ้นตรงต่อคณะกรรมการตรวจสอบและคณะกรรมการตามระเบียบที่คณะกรรมการกําหนด
ในการแต่งตั้ง โยกย้าย เลื่อนเงินเดือน เลื่อนตําแหน่ง และลงโทษทางวินัยของผู้ตรวจสอบภายใน ให้ผู้อํานวยการและคณะกรรมการตรวจสอบพิจารณาร่วมกันแล้วเสนอให้คณะกรรมการให้ความเห็นชอบก่อนจึงดําเนินการได้
มาตรา ๔๐ ให้องค์การมหาชนจัดทํางบดุล งบการเงิน และบัญชีทําการส่งผู้สอบบัญชีภายในหนึ่งร้อยยี่สิบวันนับแต่วันสิ้นปีบัญชีทุกปี
ในทุกรอบปี ให้สํานักงานตรวจเงินแผ่นดินหรือบุคคลภายนอกตามที่คณะกรรมการแต่งตั้งด้วยความเห็นชอบของสํานักงานตรวจเงินแผ่นดิน เป็นผู้สอบบัญชีและประเมินผลการใช้จ่ายเงินและทรัพย์สินขององค์การมหาชน โดยให้แสดงความคิดเห็นเป็นข้อวิเคราะห์ว่าการใช้จ่ายดังกล่าวเป็นไปตามวัตถุประสงค์ ประหยัด และได้ผลตามเป้าหมายเพียงใด แล้วทําบันทึกรายงานผลการสอบบัญชีต่อคณะกรรมการ
มาตรา ๔๑ ให้องค์การมหาชนทํารายงานปีละครั้งเสนอรัฐมนตรีผู้รักษาการตามพระราชกฤษฎีกาจัดตั้ง รายงานนี้ให้กล่าวถึงผลงานขององค์การมหาชนในปีที่ล่วงมาแล้ว และคําชี้แจงเกี่ยวกับนโยบายของคณะกรรมการ โครงการ และแผนงานที่จะจัดทําในภายหน้า
มาตรา ๔๒ เพื่อประโยชน์ในการส่งเสริมประสิทธิภาพการดําเนินงานขององค์การมหาชนและเพื่อให้องค์การมหาชนมีความเป็นอิสระในการดําเนินกิจการตามความเหมาะสมภายใต้การกํากับดูแลโดยมีเป้าหมายที่แน่ชัด ให้องค์การมหาชนอยู่ภายใต้ระบบการประเมินผลขององค์การมหาชนตามที่ กพม. กําหนด
