มาตรา ๔๓ การบัญชีของสถาบัน ให้จัดทำตามหลักเกณฑ์ที่คณะกรรมการบริหารสถาบันกำหนดซึ่งต้องเป็นไปตามมาตรฐานการบัญชี
และต้องจัดให้มีการตรวจสอบภายในเกี่ยวกับการเงิน การบัญชีและการพัสดุของสถาบัน ตลอดจนรายงานผลการตรวจสอบให้คณะกรรมการบริหารสถาบันทราบอย่างน้อยปีละครั้ง
ในการตรวจสอบภายใน
ให้มีผู้ปฏิบัติงานของสถาบันทำหน้าที่เป็นผู้ตรวจสอบภายในโดยเฉพาะและให้รับผิดชอบขึ้นตรงต่อคณะกรรมการตรวจสอบและคณะกรรมการบริหารสถาบันตามระเบียบที่คณะกรรมการบริหารสถาบันกำหนด
ในการแต่งตั้ง
โยกย้าย เลื่อนเงินเดือน เลื่อนตำแหน่ง และลงโทษทางวินัยของผู้ตรวจสอบภายในให้ผู้อำนวยการและคณะกรรมการตรวจสอบพิจารณาร่วมกันแล้วเสนอให้คณะกรรมการบริหารสถาบันให้ความเห็นชอบก่อนจึงดำเนินการได้
มาตรา ๔๔ ให้สถาบันจัดทำงบดุล งบการเงิน และบัญชีทำการส่งผู้สอบบัญชีภายในเก้าสิบวันนับแต่วันสิ้นปีบัญชีทุกปี
ในทุกรอบปี
ให้สำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินหรือบุคคลภายนอกตามที่คณะกรรมการบริหารสถาบันแต่งตั้งโดยความเห็นชอบของสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินเป็นผู้สอบบัญชีและประเมินผลการใช้จ่ายเงินและทรัพย์สินของสถาบัน
โดยให้แสดงความคิดเห็นเป็นข้อวิเคราะห์ว่าการใช้จ่ายดังกล่าวเป็นไปตามวัตถุประสงค์
ประหยัด และได้ผลตามเป้าหมายเพียงใด แล้วทำบันทึกรายงานผลการสอบบัญชีเสนอต่อคณะกรรมการบริหารสถาบัน
เพื่อการนี้ ให้ผู้สอบบัญชีมีอำนาจตรวจสอบสรรพสมุดบัญชีและเอกสารหลักฐานต่าง
ๆ
ของสถาบัน สอบถามผู้อำนวยการ รองผู้อำนวยการ ผู้ช่วยผู้อำนวยการ ผู้ตรวจสอบภายใน เจ้าหน้าที่และลูกจ้างหรือบุคคลอื่น
และเรียกให้ส่งสรรพสมุดบัญชีและเอกสารหลักฐานต่าง ๆ ของสถาบันเป็นการเพิ่มเติมได้ตามความจำเป็น
มาตรา ๔๕ ให้สถาบันทำรายงานประจำปีเสนอรัฐมนตรีทุกสิ้นปีงบประมาณ
รายงานนี้ให้กล่าวถึงผลงานของสถาบันในปีที่ล่วงมาแล้ว บัญชีทำการ พร้อมทั้งรายงานของผู้สอบบัญชี
รวมทั้งคำชี้แจงเกี่ยวกับนโยบายของคณะกรรมการบริหารสถาบัน โครงการ และแผนงานที่จะจัดทำในภายหน้า
มาตรา ๔๖ เพื่อประโยชน์ในการพัฒนาและปรับปรุงระบบการปฏิบัติงานของสถาบันให้มีประสิทธิภาพ
เกิดผลสัมฤทธิ์ สร้างความรับผิดชอบ และความเชื่อถือแก่สาธารณชนในกิจการของสถาบันตลอดจนการติดตามความก้าวหน้าและการตรวจสอบการดำเนินการของสถาบันให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์
โครงการ และแผนงานที่ได้จัดทำไว้ ให้สถาบันจัดให้มีการประเมินผลการดำเนินการตามระยะเวลาที่คณะกรรมการบริหารสถาบันกำหนด
แต่ต้องไม่นานกว่าสามปี
การประเมินผลการดำเนินการตามวรรคหนึ่ง
ให้จัดทำโดยสถาบัน หน่วยงาน องค์กร หรือคณะบุคคลที่เป็นกลางและมีความเชี่ยวชาญในด้านการประเมินผลการดำเนินการ
โดยมีการคัดเลือกหรือแต่งตั้งตามวิธีการที่คณะกรรมการบริหารสถาบันกำหนด
การประเมินผลการดำเนินการของสถาบันจะต้องแสดงข้อเท็จจริงให้ปรากฏในด้านประสิทธิผลในด้านประสิทธิภาพ
ในด้านการพัฒนาองค์กร และในรายละเอียดอื่นตามที่คณะกรรมการบริหารสถาบันจะได้กำหนดเพิ่มเติมขึ้น
ในกรณีที่มีเหตุผลและความจำเป็น
คณะกรรมการบริหารสถาบันจะจัดให้มีการประเมินผลการดำเนินการเป็นครั้งคราวด้วยก็ได้
ให้สถาบันรายงานผลการประเมินผลการดำเนินการต่อรัฐมนตรี
คณะกรรมการ และ
คณะกรรมการพัฒนาระบบราชการด้วย
การกำกับดูแล