ข้อ ๓๙ ผู้อุทธรณ์อาจคัดค้านกรรมการวินิจฉัยอุทธรณ์ได้ ถ้ากรรมการวินิจฉัยอุทธรณ์ผู้นั้นมีกรณีดังต่อไปนี้
(๑) รู้เห็นเหตุการณ์ในการกระทำผิดวินัยที่ผู้อุทธรณ์ถูกลงโทษหรือการกระทำที่ผู้อุทธรณ์ถูกสั่งให้ออกจากราชการ
(๒) มีส่วนได้เสียในการกระทำผิดวินัยที่ผู้อุทธรณ์ถูกลงโทษหรือการกระทำที่ผู้อุทธรณ์ถูกสั่งให้ออกจากราชการ
(๓) มีสาเหตุโกรธเคืองกับผู้อุทธรณ์
(๔) เป็นผู้กล่าวหา หรือเป็นหรือเคยเป็นผู้บังคับบัญชาผู้สั่งลงโทษ หรือสั่งให้ออกจากราชการ
(๕) เป็นผู้มีส่วนเกี่ยวข้องกับการดำเนินการทางวินัยหรือการสั่งให้ออกจากราชการที่ผู้อุทธรณ์ถูกลงโทษหรือถูกสั่งให้ออกจากราชการ
(๖) มีความเกี่ยวพันทางเครือญาติหรือทางการสมรสกับบุคคลตาม (๑) (๒) (๓) หรือ (๔) อันอาจก่อให้เกิดความไม่เป็นธรรมแก่ผู้อุทธรณ์
คำคัดค้านผู้ได้รับการตั้งเป็นกรรมการวินิจฉัยอุทธรณ์ ต้องทำเป็นหนังสือยื่นต่อประธาน ก.พ.ค. ภายในเจ็ดวันนับแต่วันรับทราบคำสั่งตั้งคณะกรรมการวินิจฉัยอุทธรณ์ โดยต้องแสดงข้อเท็จจริงที่เป็นเหตุแห่งการคัดค้านไว้ในคำคัดค้านด้วยว่า จะทำให้การพิจารณาอุทธรณ์ไม่ได้ความจริงและความยุติธรรมอย่างไร ก่อนที่จะมีการพิจารณาอุทธรณ์ แต่อาจให้กรรมการวินิจฉัยอุทธรณ์ผู้ที่ถูกคัดค้านทำคำชี้แจงประกอบการการพิจารณาของประธาน ก.พ.ค. ได้
ข้อ ๔๐ เมื่อมีการยื่นคำคัดค้านกรรมการวินิจฉัยอุทธรณ์คนใด ให้กรรมการวินิจฉัยอุทธรณ์ผู้ที่ถูกคัดค้านงดการปฏิบัติหน้าที่ไว้จนกว่าประธาน ก.พ.ค. จะได้มีการชี้ขาดในเรื่องการคัดค้านนั้นแล้ว
หากประธาน ก.พ.ค. เห็นว่ามิได้เป็นไปตามคำคัดค้านและมีเหตุผลสมควรที่จะให้ผู้ที่ถูกคัดค้านปฏิบัติหน้าที่ต่อไป ให้ประธาน ก.พ.ค. นำเรื่องเสนอที่ประชุมคณะกรรมการ ก.พ.ค. เพื่อพิจารณามีมติให้กรรมการวินิจฉัยอุทธรณ์ปฏิบัติหน้าที่ต่อไป ถ้าที่ประชุมมีมติด้วยคะแนนเสียงไม่น้อยกว่าสองในสามของกรรมการที่ไม่ถูกคัดค้าน ก็ให้กรรมการผู้นั้นปฏิบัติหน้าที่ต่อไปได้ มติดังกล่าวให้กระทำโดยวิธีลงคะแนนลับแล้วให้เป็นที่สุด
ในกรณีที่ประธาน ก.พ.ค. เห็นว่าคำคัดค้านฟังขึ้น หรือมีเหตุผลเพียงพอที่จะฟังได้ว่าหากให้ผู้ที่ถูกคัดค้านปฏิบัติหน้าที่ต่อไปอาจทำให้การพิจารณาไม่ได้ความจริงและความยุติธรรม ให้มีคำสั่งให้ผู้ที่ถูกคัดค้านพ้นจากการเป็นกรรมการวินิจฉัยอุทธรณ์ในเรื่องนั้น แล้วแจ้งให้ผู้คัดค้านทราบ
ในกรณีที่ประธาน ก.พ.ค. สั่งให้กรรมการวินิจฉัยอุทธรณ์ผู้ที่ถูกคัดค้านถอนตัวจากการพิจารณา ให้ประธาน ก.พ.ค. แต่งตั้งกรรมการวินิจฉัยอุทธรณ์จากคณะหนึ่งคณะใดหรือตนเองปฏิบัติหน้าที่แทนตามความจำเป็น
ข้อ ๔๑ กรรมการวินิจฉัยอุทธรณ์ผู้ใดเห็นว่าตนมีกรณีอันอาจถูกคัดค้านได้ตามข้อ ๓๙ หรือเห็นว่ามีเหตุอื่นที่อาจจะมีการกล่าวอ้างในภายหลังได้ว่าตนไม่อยู่ในฐานะที่จะปฏิบัติหน้าที่โดยเที่ยงธรรม ให้แจ้งต่อประธาน ก.พ.ค. และถอนตัวจากการพิจารณาวินิจฉัยอุทธรณ์ ให้ประธาน ก.พ.ค. แต่งตั้งกรรมการวินิจฉัยอุทธรณ์จากคณะหนึ่งคณะใดหรือตนเองปฏิบัติหน้าที่แทนตามความจำเป็น
ในกรณีที่ประธาน ก.พ.ค. เห็นว่าควรให้กรรมการวินิจฉัยอุทธรณ์ผู้ที่ขอถอนตัวปฏิบัติหน้าที่ต่อไป ให้นำเรื่องเสนอที่ประชุมคณะกรรมการ ก.พ.ค. เพื่อพิจารณามีมติให้กรรมการวินิจฉัยอุทธรณ์ปฏิบัติหน้าที่ต่อไป ถ้าที่ประชุมมีมติด้วยคะแนนเสียงไม่น้อยกว่าสองในสามของกรรมการที่ไม่ถูกคัดค้าน ก็ให้กรรมการผู้นั้นปฏิบัติหน้าที่ต่อไปได้ มติดังกล่าวให้กระทำโดยวิธีลงคะแนนลับแล้วให้เป็นที่สุด
ข้อ ๔๒ การที่กรรมการวินิจฉัยอุทธรณ์ผู้ที่ถูกสั่งให้งดการปฏิบัติหน้าที่หรือกรรมการวินิจฉัยอุทธรณ์ผู้ที่ขอถอนตัวเพราะมีกรณีอันอาจถูกคัดค้านนั้น ย่อมไม่กระทบถึงการกระทำใด ๆ ที่ได้กระทำไปแล้ว แม้ว่าจะได้ดำเนินการหลังจากที่ได้มีการยื่นคำคัดค้านนั้น
การจ่ายสำนวนและการสั่งรับหรือไม่รับอุทธรณ์ไว้พิจารณา