มาตรา ๓๐ เลขาธิการซึ่งเป็นผู้บังคับบัญชาของส่วนราชการตามมาตรา ๒๘ มีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้
(๑) รับผิดชอบควบคุมราชการประจำในสำนักงาน แปลงนโยบายเป็นแนวทางและแผนปฏิบัติการ กำกับการปฏิบัติงานของส่วนราชการในสำนักงานให้เกิดผลสัมฤทธิ์ รวมทั้งเร่งรัดติดตามและประเมินผลการปฏิบัติราชการของส่วนราชการในสำนักงาน
(๒) เป็นผู้บังคับบัญชาข้าราชการในสำนักงานรองจากรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการและรับผิดชอบในการปฏิบัติราชการของข้าราชการในสำนักงาน ตลอดจนการจัดทำแผนพัฒนาของหน่วยงาน
ให้เลขาธิการสภาการศึกษารับผิดชอบบังคับบัญชาสำนักงานเลขาธิการสภาการศึกษาตามมาตรา ๑๐ (๓)
ให้เลขาธิการคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานซึ่งรับผิดชอบบังคับบัญชาสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานตามมาตรา ๑๐ (๔) เป็นผู้บังคับบัญชาข้าราชการในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาหรือในสถานศึกษาที่อยู่ในสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาด้วย
ให้เลขาธิการคณะกรรมการการอาชีวศึกษาซึ่งรับผิดชอบบังคับบัญชาสำนักงานคณะกรรมการการอาชีวศึกษาตามมาตรา ๑๐ (๕) เป็นผู้บังคับบัญชาข้าราชการในสถานศึกษาของรัฐในสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการอาชีวศึกษาด้วย
ในการปฏิบัติราชการของเลขาธิการตามมาตรานี้ ให้มีรองเลขาธิการเป็นผู้ช่วยสั่งและปฏิบัติราชการ และจะให้มีผู้ช่วยเลขาธิการเป็นผู้ช่วยสั่งและปฏิบัติราชการด้วยก็ได้
ในกรณีที่มีรองเลขาธิการหรือผู้ช่วยเลขาธิการ หรือมีทั้งรองเลขาธิการและผู้ช่วยเลขาธิการ ให้รองเลขาธิการหรือผู้ช่วยเลขาธิการเป็นผู้บังคับบัญชาข้าราชการและรับผิดชอบในการปฏิบัติราชการรองจากเลขาธิการ ให้รองเลขาธิการ ผู้ช่วยเลขาธิการ และผู้ดำรงตำแหน่งที่เรียกชื่ออย่างอื่นในสำนักงานเลขาธิการ มีอำนาจหน้าที่ตามที่เลขาธิการกำหนดหรือมอบหมาย