檢查管制科掌理事項如下： 一、關於港口安全檢查施政計劃之擬訂、督（指）導暨管制執行事項。 二、關於通商口岸（商港）、工業專用港、遊艇港、漁港安檢勤務之指導、考核，及出入人員、物品與運輸工具安全檢查規定之擬訂事項。 三、關於商、客、貨輪進出商港（工業港）及漁船筏（民）進出漁港，涉嫌走私、偷渡（非法入出國）及相關犯罪案件之處理事項。 四、關於商港、工業專用港、遊艇港、漁港安檢所之增設或裁撤事項。 五、關於安檢裝備需求、研發及養護之指導事項。 六、關於查核進出港船舶載運械彈。 七、關於商港、漁港安檢法令之彙編、研修、釋疑、測驗、講習及商檢工作重大案例編撰事項。 八、關於商港、漁港安檢工作各項資料之統計、分析及運用事項。 九、關於配合主政機關辦理商港、工業專用港、遊艇港、漁港港安演習之策劃、指導相關事項。 十、關於人民、機關、團體及學校申請進出港事項。 十一、關於協助大陸船員岸置事務之督（指）導事項。 十二、關於協助傳染性疫病防處之勤務督（指）導事項。 十三、關於安檢單位年節慰問金及個案慰問之簽處事項。 十四、有關商港、漁港安檢勤務與緝私專案相關工作之處理及執行事項。
根據行政院海岸巡防署海岸巡防總局東部地區巡防局辦事細則第9條之規定，該條規定了檢查管制科的職掌事項，包括以下內容： 1. 制定並監督執行有關港口安全檢查計劃的事項。 2. 指導、考核通商口岸、工業專用港、遊艇港、漁港的安檢工作，並制定進出人員、物品與運輸工具的安全檢查規定。 3. 處理商船、客船、貨船及漁船筏等進出商港、漁港的涉嫌走私、偷渡和相關犯罪案件。 4. 承辦商港、工業專用港、遊艇港、漁港安檢所的增設或撤銷事項。 5. 指導安檢裝備的需求、研發和維護工作。 6. 查核進出港船舶載運械彈的事項。 7. 編撰商港、漁港安檢法令資料，進行研修、解疑、測驗、講習及商檢工作重大案例的編纂。 8. 統計、分析和運用商港、漁港安檢工作的相關資料。 9. 協助主政機關舉辦商港、工業專用港、遊艇港、漁港的港安演習的策劃和指導。 10. 管理人民、機關、團體和學校的進出港申請事項。 11. 協助大陸船員在岸置事務的督導。 12. 協助防範傳染性疾病的督導。 13. 處理安檢單位年節慰問金及個案慰問的簽處事項。 14. 處理商港、漁港安檢勤務與緝私專案相關工作的執行事項。 這些事項使得檢查管制科負責確保港口的安全，並協助防範犯罪活動和重大災害事件。例如，該科負責制定安檢規定，監督安檢工作，並進行相關訓練和教育，以確保港口人員和貨物的安全。同時，他們也負責處理涉及走私、偷渡和其他相關犯罪案件的調查和執行工作。 參考資料： 內政部海岸巡防署官方網站：https://www.cgd.gov.tw/ 行政院海岸巡防署海岸巡防總局東部地區巡防局辦事細則（最新版本）
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