本辦法依國家機密保護法（以下簡稱本法）第二十四條第二項規定訂定之。
依據軍法機關辦理涉及國家機密案件保密作業辦法第1條所規定，該辦法是根據國家機密保護法第二十四條第二項制定的。根據參考資料，國家機密保護法第二十四條第二項規定： 「憲法所稱之情報機關、國防機關以及其他與國家安全、國防、外交、經濟等事務有關應保守秘密之機關和實施機關，應有組織及運作辦法，並受組織及運作辦法、機密保護作業辦法之限制，依法辦理機密事務。」 根據該法規定，涉及國家機密案件的保密作業辦法是軍法機關根據國家機密保護法的相關規定制定的作業辦法，以確保對相關案件的保密措施。具體的辦法內容需要參考軍法機關辦理涉及國家機密案件保密作業辦法的文件。
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