保稅組掌理保稅工廠、保稅倉庫之設立、管理、保稅物品之通關及稅捐記帳等事宜。分設二課、六股，各課、股之職掌如左： 一、業務課掌理保稅工廠、保稅倉庫及外銷品進口原料稅捐記帳廠商進口案件之處理等事項。分設三股辦事： (一) 業務一股： 1 保稅工廠及保稅倉庫之設立登記與管理。 2 保稅倉庫保稅貨物進出倉業務之處理。 3 一般行政管理事項。 (二) 業務二股： 1 外銷廠商申請辦理自行具結記帳之核辦。 2 授信機構擔保記帳原料進口案件之處理。 3 廠商自行具結記帳原料進口案件之處理。 4 退稅與繳稅分離申請緩繳案件之處理。 5 核發貨物稅證照。 6 稅捐記帳口報單之放行。 7 進口報單副本之核發、補發、更正及勾稽。 8 視同進出口報單副本之核發、補發、更正及勾稽。 9 保稅業務費之徵收。 (三) 業務三股： 1 保稅工廠、保稅倉庫進口報單、視同進出口報單之收單、分類估價、放行及稅捐記帳進口報單之收單、分類估價。 2 各項稅費之代徵。 3 輸入了可證及其他證件之核銷。 4 短裝、短卸、破損、規格不符，品質不良等案件之處理。 5 來貨申報不符及無證案件之處理。 6 異議案件之處理。 7 保稅工廠原料進口及產品內銷案件之處理。 8 本地補稅案件之審理。 二、查核課掌理保稅工廠及保稅物品之管理等事項。分設三股，各股之職掌如左： (一) 保稅工廠設立之勘查、輔導及接管。 (二) 產品單位用料清表及接管盤存統計表之審核。 (三) 保稅工廠帳冊及有關單證之查核。 (四) 抽查保稅工廠之庫存數量及辦理年度盤存。 (五) 審核及抽核盤存統計表及保稅原料結算報告表。 (六) 辦理保稅工廠之撤銷盤存及結算。 (七) 保稅工廠帳冊表報及出廠放行單之驗印。 (八) 保稅工廠廠外加工案件之核准、銷案及查核。 (九) 視同進出口保稅原料、物品之工廠驗放。 (十) 撤銷保稅工廠保稅物品之監管。 (十一) 保稅工廠區內發貨中心保稅倉庫之勘查及監管。 (十二) 保稅工廠存倉或在製之保稅物品災變案件之審核及處理。 (十三) 保稅工廠申請租用廠外倉庫案件之受理及勘查。 (十四) 供試驗、展列用製品申請出廠案件之審核及處理。 (十五) 公文函件之收發、登記及歸檔，查核用報單副本之收受、整理及歸檔。
根據財政部高雄關稅局辦事細則第9條的規定，保稅組負責保稅工廠、保稅倉庫的設立、管理、保稅物品的通關和稅捐記帳等事項。該條細則分為業務課和查核課兩個部分。 業務課負責處理保稅工廠、保稅倉庫以及外銷品進口原料稅捐記帳廠商進口案件等事項。其中，業務一股的職掌包括保稅工廠和保稅倉庫的設立登記與管理、保稅倉庫保稅貨物進出倉業務等；業務二股的職掌則包括外銷廠商自行具結記帳核辦、授信機構擔保記帳原料進口案件處理、退稅與繳稅分離申請緩繳案件處理等；業務三股的職掌則包括保稅工廠、保稅倉庫進口報單、視同進出口報單的收單、分類估價、放行及稅捐記帳進口報單的收單、分類估價等。 查核課負責保稅工廠和保稅物品的管理等事項。其中，保稅工廠設立之勘查、輔導及接管、產品單位用料清表及接管盤存統計表之審核、保稅工廠帳冊及有關單證之查核、抽查保稅工廠之庫存數量及辦理年度盤存、審核及抽核盤存統計表及保稅原料結算報告表、辦理保稅工廠之撤銷盤存及結算等為其職掌。 上述資料來自《財政部高雄關稅局辦事細則第9條》，最新修訂日期為XXX年XX月XX日。該資料提供了針對保稅組各課、股的職掌說明，以及各項業務的具體內容。
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