本辦法自發布日施行。但中華民國一百零九年六月十六日修正發布之第十九條，自一百零九年十二月十五日施行；一百十一年十二月三十日修正發布之第十九條，自一百十二年一月一日施行；一百十五年一月三十日修正發布條文，自一百十五年二月一日施行。
根據參考資料，離島免稅購物商店設置管理辦法第33條規定了本辦法的施行時間。根據最新修正案，第十九條自一百零九年十二月十五日施行，第十九條修正案自一百十二年一月一日施行。這意味著整個辦法自最新修正案的施行日起生效。 參考資料：離島免稅購物商店設置管理辦法
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