事業內部稽核單位應依風險評估結果擬訂年度稽核計畫。 前項年度稽核計畫至少應包括將基金之操作、申購、買回、出借或借入有價證券、會計及全權委託投資資產之操作等控制作業列為每月應稽核之項目，年度稽核計畫並應確實執行，據以檢查事業內部控制制度，並檢附工作底稿及相關資料等作成稽核報告。 事業至少應將取得或處分資產及關係人交易之管理等重大財務業務行為之控制作業、充分瞭解客戶、短線交易防制、洗錢防制、利害關係公司資料之管理、個人交易申報之管理、董事會議事運作之管理及資通安全檢查等列為每年年度稽核計畫之稽核項目。 事業年度稽核計畫應經董事會通過；修正時，亦同。 事業已設置獨立董事者，依前項規定將年度稽核計畫提報董事會討論時，應充分考量各獨立董事之意見，獨立董事如有反對意見或保留意見，應於董事會議事錄載明。 第二項之稽核報告、工作底稿及相關資料應至少保存五年。
根據證券投資信託事業及經營接受客戶全權委託投資業務之證券投資顧問事業建立內部控制制度處理準則第 13 條，經營證券投資顧問事業者應按照風險評估結果來制定年度稽核計畫。該稽核計畫至少應包含每月應稽核的項目，如基金操作、申購、買回、出借或借入有價證券、會計及全權委託投資資產操作等控制作業。該年度稽核計畫必須被確實執行，以檢查事業的內部控制制度，並編製稽核報告，附上工作底稿和相關資料等。 此外，經營證券投資顧問事業的公司至少應將每年的稽核計畫中包括以下內容：管理重大財務業務行為的控制作業，包括取得或處分資產和關係人交易的管理；對客戶進行充分了解的作業；短線交易防制；洗錢防制；利害關係公司資料管理；個人交易申報管理；董事會議事運作管理；資通安全檢查等。 這些年度稽核計畫需要經董事會通過，並且在修正時也需要董事會的同意。如果公司已經設置了獨立董事，當提報年度稽核計畫進行董事會討論時，應該充分考慮各獨立董事的意見，如果獨立董事有反對或保留意見，應在董事會議事錄中記錄下來。 稽核報告、工作底稿和相關資料至少要保存五年。
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