秘書室掌理下列事項： 一、綜核文稿業務： （一）關於公文之核稿事項。 （二）關於重要文稿之撰擬事項。 （三）關於處務會議與會報之準備及紀錄事項。 （四）關於機要文件之收發、提陳、擬辦及保管事項。 （五）關於主管函電之簽辦、繕譯及保管事項。 （六）關於所在區防護團業務事項。 （七）關於加工出口區新聞發布及記者招待聯繫事項。 （八）關於加工出口區簡報資料之編製事項。 （九）其他交辦事項。 二、法制業務： （一）關於各單位擬訂法規之審核及協辦事項。 （二）關於各單位法律案件與解釋法令之審核及協辦事項。 （三）關於法律事務之簽議事項。 （四）關於本處主管法規之編印事項。 （五）關於本處主管法規動態之登記及報核事項。 （六）各國自由貿易區法令資料之搜集研究事項。 （七）其他有關法規事項。 三、事務業務： （一）關於事務管理規則所規定之出納、財產、物品、車輛、辦公處所、宿舍、集會及工友之管理事項。 （二）關於本處辦公廳舍水電修繕事項。 （三）關於本國來賓參觀接持事項。 （四）關於新聞資料之剪輯事項。 （五）關於加工出口區內產品陳列室及產品零售中心之管理事項。 （六）關於本處簡報室及區政館之管理事項。 （七）關於本處圖書報刊置備及管理事項。 （八）關於加工出口區一般問題之答詢事項。 （九）其他有關總務工作、公共關係及聯絡事項。 四、文書業務：關於事務管理規則所規定之文書處理及檔案管理事項。 五、不屬於其他各組、室之業務事項。
經濟部加工出口區管理處辦事細則第 8 條規定秘書室的職掌包括綜核文稿業務、法制業務、事務業務、文書業務以及其他不屬於其他各組、室之業務事項。 在綜核文稿業務方面，秘書室負責核稿、撰擬重要文稿、準備與會報資料、處理機要文件的收發、提陳、擬辦與保管、簽辦與繕譯主管函電，以及處理區防護團業務、新聞發布與記者聯繫、編製簡報資料等相關事項。 在法制業務方面，秘書室協助各單位審核與協辦法規、法律案件以及解釋法令，負責簽議法律事務、編印主管法規、登記與報核主管法規動態，並進行各國自由貿易區法令資料的搜集研究等工作。 在事務業務方面，秘書室負責事務管理規則所規定的出納、財產、物品、車輛、辦公處所、宿舍、集會及工友管理事項，處理辦公廳舍的水電修繕、本國來賓參觀接待事項，進行新聞資料的剪輯，以及管理加工出口區內的產品陳列室、產品零售中心，簡報室和區政館，並負責圖書報刊的置備與管理，以及回答有關加工出口區的一般問題等。 在文書業務方面，秘書室負責根據事務管理規則處理文書處理與檔案管理。 同時，秘書室也負責處理其他不屬於其他各組、室之業務事項。 以上資訊參考自「加工出口區管理處辦事細則」，可以作為對經濟部加工出口區管理處辦事細則第 8 條的解釋依據。
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