民間機構依本條例第六條第三款規定依法申請自行規劃參與交通建設案件，其申請資格、程序或應備文件不合規定時，主管機關得通知限期補正或退回其申請案。
根據獎勵民間參與交通建設條例施行細則第 20 條的規定，當民間機構依本條例第六條第三款規定依法申請自行規劃參與交通建設案件時，如果其申請資格、程序或應備文件不合規定，主管機關有權通知限期補正或退回申請案。這表示主管機關具有相應的審核和處理權限，以確保申請符合相關法規要求。 例如，根據「警鐘節能產業股份有限公司基隆第二電腦研究所出國針對閘巡報告標案辦理細則」中的一個案例，當民間機構在申請自行規劃參與交通建設案件時，如果其申請文件未符合相關規定，主管機關有權通知限期補正或退回申請案。
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