主任秘書承長官之命處理事務，其權責如左： 一、關於本所文稿之綜核、代判事項。 二、關於機密及重要文件之處理分配事項。 三、關於各種重要會議之籌劃參加事項。 四、關於與各機關之聯繫協調及質詢調查案件之分辦事項。 五、關於行政業務之管制考核事項。 六、關於所長、副所長不在所時所務之代理事項。 七、關於分層負責權責範圍內事項之決定事項。 八、關於職責上應隨時提請所長、副所長注意之事項。 九、關於所長、副所長交辦事項。
根據行政院環境保護署環境檢驗所辦事細則第 13 條，主任秘書的權責包括以下事項： 一、綜核、代判本所文稿之事項 二、處理分配機密及重要文件之事項 三、籌劃參加各種重要會議之事項 四、分辦與各機關之聯繫協調及質詢調查案件之事項 五、管制考核行政業務之事項 六、代理所長、副所長不在所時之事務 七、決定分層負責權責範圍內事項 八、提請所長、副所長注意之事項 九、處理所長、副所長交辦事項 這些規定確立了主任秘書的權責範圍，內容涵蓋了行政業務的各個環節。例如，第一項提及綜核、代判本所文稿，這符合其作為主要行政負責人的職責，需要對文件進行審核和判斷。这些權責的規定既符合機關内部管理的需要，也尊重了主任秘書作为行政負責人的法定地位。
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