依本辦法申請核發、補發、換發、展延許可證及合格證書，應繳納證書費。 前項費用之費額，由中央主管機關定之，其收取依預算程序辦理。
根據公民營廢棄物清除處理機構管理輔導辦法第 36 條，申請核發、補發、換發、展延許可證及合格證書時，需要繳納證書費。費用金額由中央主管機關定，並按照預算程序辦理。根據參考資料廢棄物清理法第四十一條第一項的規定，公民營廢棄物清除處理機構違反法規可能面臨罰款，在逾期不改善的情況下還可能被按日連續處罰。這顯示了法律對於合格的營業機構需遵守相關規定，否則將處以罰款。
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