遇有天然災害、緊急事故或因主管機關為重大處分致現有事業廢棄物貯存、清除、處理設施能量不足，有污染環境或影響人體健康之虞時，公民營廢棄物清除、處理機構應依中央主管機關指定方式辦理廢棄物之清除處理業務，不受本辦法及許可證或核備文件內容中有關項目、數量、清運機具、跨區營運或其他相關規範事項之限制。
根據公民營廢棄物清除處理機構管理輔導辦法第40-1條，當遇到天然災害、緊急事故或因主管機關作出重大處分導致廢棄物處理設施不足，且可能導致環境污染或影響人體健康的情況時，公民營廢棄物清除處理機構必須按照中央主管機關指定的方式進行廢棄物清除處理業務，且不受本辦法或許可證核備文件內容中相關規範事項的限制。 參考資料：公民營廢棄物清除處理機構管理輔導辦法第40-1條 範例：中央主管機關指定方式包括指定特定的廢棄物處理設施、規定特定的清除方法，例如山洪侵襲某地區造成廢棄物清除設施能量不足，中央主管機關可指定其他清除方法和設施以應對災害情況。
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