มาตรา ๓๙ การบัญชีของสถาบัน ให้จัดทำตามหลักเกณฑ์ที่คณะกรรมการกำหนดซึ่งต้องเป็นไปตามมาตรฐานการบัญชีภาครัฐและนโยบายการบัญชีภาครัฐ และต้องจัดให้มีการตรวจสอบภายในเกี่ยวกับการเงิน การบัญชี และการพัสดุของสถาบัน ตลอดจนรายงานผลการตรวจสอบให้คณะกรรมการทราบอย่างน้อยปีละครั้ง ในการตรวจสอบภายใน
ให้มีเจ้าหน้าที่หรือผู้ปฏิบัติงานของสถาบันทำหน้าที่เป็นผู้ตรวจสอบภายในโดยเฉพาะและให้รับผิดชอบขึ้นตรงต่อคณะกรรมการตรวจสอบและคณะกรรมการตามระเบียบที่คณะกรรมการกำหนด ในการแต่งตั้ง โยกย้าย เลื่อนเงินเดือน เลื่อนตำแหน่ง และลงโทษทางวินัยของผู้ตรวจสอบภายใน
ให้ผู้อำนวยการและคณะกรรมการตรวจสอบพิจารณาร่วมกันแล้วเสนอให้คณะกรรมการให้ความเห็นชอบก่อนจึงดำเนินการได้
มาตรา ๔๐ ให้สถาบันจัดทำรายงานการเงินประจำปีส่งผู้สอบบัญชีภายในเก้าสิบวันนับแต่วันที่สิ้นปีบัญชีทุกปี ในทุกรอบปี ให้สำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินหรือบุคคลภายนอกตามที่คณะกรรมการแต่งตั้งด้วยความเห็นชอบของสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินเป็นผู้สอบบัญชีและประเมินผลการใช้จ่ายเงินและทรัพย์สินของสถาบัน
โดยให้แสดงความคิดเห็นเป็นข้อวิเคราะห์ว่าการใช้จ่ายดังกล่าวเป็นไปตามวัตถุประสงค์ ประหยัด และได้ผลตามเป้าหมายเพียงใด แล้วบันทึกรายงานผลการสอบบัญชีเสนอต่อคณะกรรมการ ผู้สอบบัญชีมีอำนาจตรวจสอบสรรพสมุดบัญชีและเอกสารหลักฐานต่าง ๆ ของสถาบัน สอบถามผู้อำนวยการ ผู้ตรวจสอบภายใน เจ้าหน้าที่และผู้ปฏิบัติงาน
หรือบุคคลอื่น และเรียกให้ส่งสรรพสมุดบัญชี และเอกสารหลักฐานต่าง ๆ ของสถาบันเป็นการเพิ่มเติมได้ตามความจำเป็น
มาตรา ๔๑ ให้สถาบันทำรายงานประจำปีเสนอรัฐมนตรีทุกสิ้นปีงบประมาณ รายงานนี้ให้กล่าวถึงผลงานของสถาบันในปีที่ล่วงมาแล้ว รายงานการเงิน พร้อมทั้งรายงานของผู้สอบบัญชี รวมทั้งคำชี้แจงเกี่ยวกับนโยบายของคณะกรรมการ แผนงาน และโครงการที่จะจัดทำในภายหน้า
มาตรา ๔๒ การประเมินผลงานของสถาบันให้เป็นไปตามกฎหมายว่าด้วยองค์การมหาชน
