所長綜理所務，並指揮、監督所屬人員。
交通部運輸研究所辦事細則 第三章 權責
§ 13–19共 7 條
副所長襄理所務，並督導相關研究工作之推動及協調事項。
主任秘書襄助所長處理所務，其權責如下：
一、施政計畫及工作報告之編撰事項。
二、各組室業務執行之協調及管考事項。
三、公文核閱及文稿核判事項。
四、所長授權處理事項。
五、其他所長交辦事項。
各組室主管權責如下：
一、主管業務之籌劃、執行、監督及考核事項。
二、主管業務之核定或核轉事項。
三、授權範圍內主管業務文稿之判行事項。
四、所屬人員任免、考核、獎懲之建議及核轉事項。
五、其他上級交辦事項。
各單位應就主管業務，詳列分層負責明細表，由秘書室陳報所長核定施行。
所長對於前條授權事項，如發現違失或逾越權限時，應隨時糾正或變更授權範圍。
本所各單位執行職務，有互相關聯者，應會商辦理；其意見不同時應陳明所長裁決，必要時得由所長或主任秘書協商處理之。
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