本署處理事務實施分層負責制度，逐級授權決定，其分層負責明細表另定之。
行政院衛生署辦事細則 第三章 分層負責
§ 20–24共 5 條
以本署名義對外行文，除經署長授權各單位主管代行者外，均須送請署長、副署長決行。
各級主管人員對於已授權之事實，得逕行決定或代行。
各單位處理事務，各科意見不同時，由單位主管決定之；涉及其他單位職掌者，應會商辦理，各單位意見不同時，陳由署長、副署長核定之。
各級人員因事不能執行職務或請假時，應依規定指定或委託適當人員代理，代理人就代理職務負其責任。
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