本所經費預算由會計室依據年度施政計畫及所長指示編製，決算依據年度收支結果編製之。
款項收支由會計室審核憑證，陳所長核定後製具傳票送主辦出納人員收支後，再送還會計室登帳。
行政院衛生署檢疫總所辦事細則 第五章 財務管理
§ 22–24共 3 條
員工發薪由秘書室主辦，出納人員依據人事室員工異動通知單編造清冊會人事室、會計室核轉後陳所長核定，由出納人員按時發放。
每月收支款項依現行會計制度規定，由會計室編制會計報告陳行政院衛生署核備，收支憑證分送審計部、財政部審核。
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