主任秘書承長官之命，處理事務，其權責如下：
一、本署文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理及分配。
三、各種重要會議之籌劃及參加。
四、署長、副署長不在署時署務之代理。
五、分層負責權責範圍內事項之決定。
六、職務上應隨時提請署長、副署長注意之事項。
七、署長、副署長交辦事項。
行政院農業委員會漁業署辦事細則 第三章 權責
§ 15–20共 6 條
組長、主任承長官之命，處理事務，其權責如下：
一、主管業務之籌劃及執行。
二、工作之分配、領導及監督。
三、文稿之審核或代判。
四、主管業務報告之編擬。
五、各科工作及權責問題之協調及解決。
六、所屬人員之派免、考核、獎懲之擬議及核轉。
七、年度工作計畫及預算之編擬。
八、關於職責上應隨時提請長官注意之事項。
九、其他交辦事項。
本署處理事務，實施分層負責，逐級授權決定，其分層負責明細表另定之。
各級主管人員對於已授權之事項，得逕行決定或代行。
各科處理事務，意見不同時，由組、室、中心主管決定之；涉及其他組、室、中心職掌者，應會商辦理，各組、室、中心意見不同時，陳由署長、副署長核定之。
各級人員因事不能執行職務或請假時，應依規定指定或委託適當人員代理其職務，代理人就代理職務負其責任。
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