根據《離島建設基金收支保管及運用辦法》第5條，該基金的用途包括以下幾項： 1. 離島開發建設計畫之補助、貸款及投資項目。 2. 為辦理離島建設之需要，修訂縣（市）綜合發展計畫，或訂定離島綜合建設實施方案所需之經費之補助。 3. 離島建設指導委員會所需之經費。 4. 管理及總務支出。 5. 其他有關支出。 其中，根據第2項，第一款的用途應以納入離島綜合建設實施方案中的項目為優先。這意味著如果有離島開發建設計畫需要補助、貸款或投資，首要考慮的是是否符合離島綜合建設實施方案中的項目。 這些資訊來自《離島建設基金收支保管及運用辦法》本身，該法規於民國101年12月21日由行政院公布，並於101年12月31日實施。
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