保育研究課之職掌如下： 一、關於本區域內自然資源之保育、研究、監督事項。 二、關於本區域內人文史蹟資料之蒐集、研究及管理事項。 三、關於本區域內各種標本之採集、製作、標示研究及保管事項。 四、關於本區域內瀕臨滅絕及稀有之野生動物、植物復育計畫執行事項。五、關於本區域內生態環境之經營、管理事項與其保育計畫之研擬及實施事項。 六、關於本區域內違法盜採、盜獵、盜伐等危害毀損自然資源與人文資源行為之處理復舊及監督事項。 七、關於保育研究實施計畫之研擬、執行及推廣事項。 八、其他有關保育研究事項。
根據內政部營建署金門國家公園管理處辦事細則第7條，保育研究課的職掌包括以下內容： 1. 關於本區域內自然資源的保育、研究和監督事項。 2. 關於本區域內人文史蹟資料的蒐集、研究和管理事項。 3. 關於本區域內各種標本的採集、製作、標示研究和保管事項。 4. 關於本區域內瀕臨滅絕和稀有的野生動物、植物復育計畫的執行事項。 5. 關於本區域內生態環境的經營、管理事項，以及相關保育計畫的研擬和實施事項。 6. 關於本區域內違法盜採、盜獵、盜伐等危害毀損自然資源和人文資源行為的處理復舊和監督事項。 7. 關於保育研究實施計畫的研擬、執行和推廣事項。 8. 其他相關的保育研究事項。 這些職掌範圍涵蓋了金門國家公園管理處保育研究課的工作內容，包括自然資源保育、文化資產研究、動植物標本的處理與保管、野生動植物復育、生態環境管理、違法行為的追蹤與處理以及相關計畫的研擬、執行和推廣等。
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