企劃處分設三科，各科掌理事項如下： 一、綜合規劃及民族自治科： （一）原住民族政策、制度與法規之綜合擬訂及研議事項。 （二）本會施政方針、施政計畫及業務（工作）報告之彙整編擬事項。 （三）本會委員會議之召開事項。 （四）原住民族事務之綜合規劃及協調事項。 （五）原住民身分與原住民族之認定及族群關係處理事項。 （六）傳統部落組織之輔導事項。 （七）原住民族自治之規劃及推動事項。 （八）原住民族自治行政之輔導、協調及監督事項。 （九）原住民族自治人員之訓練、考核及獎懲事項。 （十）其他有關原住民族事務之研究及企劃事項。 二、管制考核及資訊管理科： （一）原住民相關資料之調查、蒐集及年鑑出版事項。 （二）本會委託研究、出國報告之管制及出版品管理事項。 （三）重要施政計畫、長官交辦案件之追蹤、管制及考核事項。 （四）本會全面提昇服務品質方案之彙辦、管制與公文之列管、稽催及績效檢討統計、分析事項。 （五）特種考試原住民行政及技術人員考試之研議事項。 （六）立法委員質詢及監察委員巡迴監察等相關問題之彙復及模擬問答資料之彙整事項。 （七）本會資訊系統與電腦化業務之規劃、協調、推動、管理、維設及員工教育訓練事項。 （八）原住民行政資訊系統之規劃、協調、推動及配合國家基礎建設網路事項。 （九）原住民族地區災害防救之協調、管制及考核事項。 （十）不屬本處其他科及統籌性質之綜合事項。 三、國際事務科： （一）原住民族國際交流及合作之規劃及推動事項。 （二）原住民族國際事務人才培育之規劃及推動事項。 （三）各國原住民族政策、制度及法規資料之蒐集、分析、研究及編譯事項。 （四）本會來訪外賓之接待、傳譯及資料建檔事項。 （五）本會外文文件及出版品之翻譯及編印事項。 （六）其他有關原住民族國際事務之規劃及推動事項。
根據行政院原住民族委員會辦事細則第4條的規定，企劃處分設有三個科，分別是綜合規劃及民族自治科、管制考核及資訊管理科、以及國際事務科。這三個科的職掌包括了以下事項： 1. 綜合規劃及民族自治科 - 原住民族政策、制度與法規之綜合擬訂及研議事項 - 本會施政方針、施政計畫及業務報告之彙整編擬事項 - 本會委員會議之召開事項 - 原住民族事務之綜合規劃及協調事項 - 原住民身分與原住民族之認定及族群關係處理事項 - 傳統部落組織之輔導事項 - 原住民族自治之規劃及推動事項 - 原住民族自治行政之輔導、協調及監督事項 - 原住民族自治人員之訓練、考核及獎懲事項 - 其他有關原住民族事務之研究及企劃事項 2. 管制考核及資訊管理科 - 原住民相關資料之調查、蒐集及年鑑出版事項 - 本會委託研究、出國報告之管制及出版品管理事項 - 重要施政計畫、長官交辦案件之追蹤、管制及考核事項 - 本會全面提昇服務品質方案之彙辦、管制與公文之列管、稽催及績效檢討統計、分析事項 - 特種考試原住民行政及技術人員考試之研議事項 - 立法委員質詢及監察委員巡迴監察等相關問題之彙復及模擬問答資料之彙整事項 - 本會資訊系統與電腦化業務之規劃、協調、推動、管理、維設及員工教育訓練事項 - 原住民行政資訊系統之規劃、協調、推動及配合國家基礎建設網路事項 - 原住民族地區災害防救之協調、管制及考核事項 - 不屬本處其他科及統籌性質之綜合事項 3. 國際事務科 - 原住民族國際交流及合作之規劃及推動事項 - 原住民族國際事務人才培育之規劃及推動事項 - 各國原住民族政策、制度及法規資料之蒐集、分析、研究及編譯事項 - 本會來訪外賓之接待、傳譯及資料建檔事項 - 本會外文文件及出版品之翻譯及編印事項 - 其他有關原住民族國際事務之規劃及推動事項 這些科的職掌範圍根據行政院原住民族委員會辦事細則第4條的規範所制定，該條規定了這些科的職掌範圍，並且根據每一項、款的規定進行工作。
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