行政院海岸巡防署海洋巡防總局（以下簡稱本總局）掌理下列事項： 一、關於海域犯罪之偵防事項。 二、關於海上、非通商口岸之查緝走私事項。 三、關於依法執行下列事項︰ （一）海上交通秩序之管制及維護事項。 （二）海上船舶碰撞及其他糾紛之蒐證、處理事項。 （三）海難船舶與人員之搜索、救助及緊急醫療救護事項。 （四）海洋災害之救護事項。 （五）漁業巡護及漁業資源之維護事項。 （六）海洋環境保護及保育事項。 （七）其他依法執行事項。 四、關於海上涉外事務之協調、調查及處理事項。 五、關於海上巡防勤務、業務之規劃、督導及考核事項。 六、關於船舶、航空器之規劃、設計、建造、維修等事項。 七、關於風紀維護之規劃、督導、考核及違紀案件之查處事項。 八、關於訓練之策劃、執行及考核等事項。 九、關於各項法令疑義之解釋及簿冊之規劃設計事項。 十、其他依法應規劃、執行事項。
根據上述法規的逐條釋義如下： 行政院海岸巡防署海洋巡防總局掌理以下事項： 1. 關於海域犯罪之偵防事項。 2. 關於海上、非通商口岸之查緝走私事項。 3. 依法執行以下事項： (1) 海上交通秩序之管制及維護事項。 (2) 海上船舶碰撞及其他糾紛之蒐證、處理事項。 (3) 海難船舶與人員之搜索、救助及緊急醫療救護事項。 (4) 海洋災害之救護事項。 (5) 漁業巡護及漁業資源之維護事項。 (6) 海洋環境保護及保育事項。 (7) 其他依法執行事項。 4. 關於海上涉外事務之協調、調查及處理事項。 5. 關於海上巡防勤務、業務之規劃、督導及考核事項。 6. 關於船舶、航空器之規劃、設計、建造、維修等事項。 7. 關於風紀維護之規劃、督導、考核及違紀案件之查處事項。 8. 關於訓練之策劃、執行及考核等事項。 9. 關於各項法令疑義之解釋及簿冊之規劃設計事項。 10. 其他依法應規劃、執行事項。 根據以上解釋，行政院海岸巡防署海洋巡防總局的職掌涵蓋了對海域犯罪的偵防、海上走私的查緝、海上交通秩序的管制和維護、海難船舶和人員的救助、漁業資源的保護、海洋環境的保護、涉外事務的協調和調查等等。
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