秘書室掌理事項如下： 一、關於施政計畫之彙編及建議事項。 二、關於年度、中長程個案計畫之訂定及管制考核事項。 三、關於海洋事務工作之協調、處理事項。 四、關於研究發展事項。 五、關於為民服務工作之推動、督考及評獎事項。 六、關於組織結構及功能之研析事項。 七、關於辦事細則，各單位研訂掌理事項之彙整、修正及陳審事項。 八、關於本局機關簡介編製事項。 九、關於訴願之受理、答辯處理及國家賠償事件之審議、處理事項。 十、關於企劃及法制業務、法規管理事項。 十一、關於本局印信蓋用及典守事項。 十二、關於本局公文處理之規劃、督檢及收發、分辦事項。 十三、關於本局會議（報）之規劃、記錄整理及分行事項。 十四、關於本局各項會議（報）、活動行程管制事項。 十五、關於本局檔案之點收、分類、編目、典藏、保管、檢調、應用、清查、銷毀、目錄彙送、電子儲存、機密檔案管理、資料登錄及統計事項。 十六、關於本局檔案管理之規劃、檔案資訊之建置、協調推動及督導事項。 十七、關於本局對總局副總局長（含）以上長官「簡報」資料之蒐整及製作事項。 十八、關於本局不屬其他各科、室、中心公文之分發及簽陳裁處事項。 十九、關於本局史政資料彙編之事項。 二十、其他有關本局文書管理之事項。 二十一、關於本局現金、票據及有價證券之收入、支付及保管等事項。 二十二、關於本局員工薪餉造冊發放與所得稅、保險費及歲入款等事項。二十三、關於本局辦公場所與宿舍之環境清潔維護、分配管理及管制等事項。 二十四、關於本局各科室事務用品（消耗性物品與非消耗性物品）統購分配管理與清點事項。 二十五、關於局本部水電管理及辦公廳舍零星修繕等事項。 二十六、關於局本部門禁管制、停車證、各式來賓證之申領及營區整體安全防護等事項。 二十七、關於局本部不動產、辦公暨生活設備、分配、管理及督導事項。二十八、其他有關總務等事項。 二十九、關於立法院、監察院各種會議或巡察建議案、決議案、質詢案之分辦、彙整、協調、聯繫與回覆事項。 三十、關於國會、新聞及公共關係業務作業規範之執行、相關文書擬辦、輿論資料蒐集因應及新聞發布、聯繫等事項。 三十一、關於國內各界人士參觀訪問拜會之接待事項。 三十二、關於民意機關洽詢案件之協調、處理、回覆事項。 三十三、關於媒體記者聯繫活動策劃及新聞媒體採訪本局或所屬單位案件之策辦等相關事項。 三十四、關於本局所屬單位公共關係與新聞聯繫工作之督導、考核事項。三十五、關於本局對外公共關係經營及其他有關公共關係事項。
根據行政院海岸巡防署海岸巡防總局南部地區巡防局辦事細則第13條的規定，秘書室應負責以下事項： 1. 彙編和建議施政計畫。 2. 制定和監控年度、中長期個案計畫，以及相關的管制和考核事項。 3. 協調和處理海洋事務工作。 4. 研究和發展事項。 5. 推動、督考和評獎有關為民服務工作的事項。 6. 研究和分析組織結構和功能的事項。 7. 負責研訂和修正辦事細則，以及整理、審核各單位所掌管事項的彙整事項。 8. 編製本局機關簡介的事項。 9. 負責訴願的受理、答辯處理以及國家賠償事件的審議和處理。 10. 有關企劃和法制業務、法規管理的事項。 11. 負責本局印章的使用和保管事項。 12. 負責本局公文處理的規劃、督檢以及收發、分辦事項。 13. 負責本局會議和報告的規劃、紀錄整理以及分行事項。 14. 管制本局各種會議和活動的行程事項。 15. 點收、分類、編目、典藏、保管、檢調、應用、清查、銷毀、目錄彙送、電子儲存、機密檔案管理、資料登錄和統計等有關本局檔案的事項。 16. 負責本局檔案管理的規劃、建置檔案資訊、協調推動和督導事項。 17. 負責彙整和製作對總局副總局長及以上長官的簡報資料的事項。 18. 負責分發和簽陳裁處不屬於其他單位的本局公文的事項。 19. 負責彙編本局史政資料的事項。 20. 其他有關本局文書管理的事項。 21. 負責本局現金、票據和有價證券的收入、支付和保管等事項。 22. 負責本局員工薪餉造冊發放和所得稅、保險費和歲入款等事項。 23. 負責本局辦公場所和宿舍的環境清潔維護、分配管理和管制等事項。 24. 負責本局各科室事務用品的統購分配管理和清點事項。 25. 負責本部門水電管理和辦公廳舍的零星修繕等事項。 26. 負責本部門禁管制、停車證、各類來賓證之申領和營區整體安全防護等事項。 27. 負責本部門不動產、辦公室和生活設備分配、管理和督導事項。 28. 其他有關總務等事項。 29. 負責立法院和監察院各種會議、建議案、決議案、質詢案的分發、彙整、協調、聯繫和回覆事項。 30. 負責國會、新聞和公共關係業務作業規範的執行、相關文件的草擬、輿論資料的收集和應對，以及新聞發布和聯繫等事項。 31. 負責與國內各界人士參觀訪問拜會的接待事項。 32. 負責協調、處理和回覆民意機關詢案的事項。 33. 負責媒體記者聯繫活動的策劃和新聞媒體採訪本局或所屬單位的事項。 34. 負責本局所屬單位的公共關係與新聞聯繫工作的督導和考核事項。 35. 負責本局對外公共關係經營和其他相關公共關係事項。 此外，參考資料中未提到特定與第13條相關的例子。
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