本局各科、室、中心（以下簡稱各單位），應依下列規定處理業務： 一、對於本局執行法令有關事實認定之案件或海岸巡防總局授權事項，應依據本局職權處理。 二、各單位有互相聯繫之事務，應由主辦單位會商有關單位辦理，如意見不同時，應陳請副局長以上長官裁奪。 三、各單位訂定及修正法規時，應會商各有關單位擬訂，並送秘書室審查，但情況特殊經簽請副局長以上長官核定者，得免送審查。
根據行政院海岸巡防署海岸巡防總局南部地區巡防局辦事細則第5條規定，該局各單位應按照以下規定處理業務： 一、對於本局執行法令有關事實認定之案件或海岸巡防總局授權事項，應根據本局職權處理。這表示各單位在處理案件或授權事項時需要依照行政院海岸巡防署的法令和授權進行事實認定。 二、各單位在處理相互聯繫之事務時，應由主辦單位與相關單位進行協商處理。若在意見不合時，應向副局長以上的長官陳述並請其裁決。這表示在處理相互聯繫之事務時，需要主辦單位與相關單位進行討論，若意見不同，則可請副局長或以上的長官做出裁決。 三、各單位在制定和修正法規時，應與相關單位進行協商並提交秘書室審查。然而，在特殊情況下，經簽請副局長或以上的長官核定者，可免除送審查的程序。這表示在制定和修正法規時，需要與相關單位協商並提交秘書室審查，但在特殊情況下，副局長或以上的長官可直接簽核，免除審查程序。 這些規定使得行政院海岸巡防署海岸巡防總局南部地區巡防局的各單位能夠按照統一的程序和權限來處理業務，確保執行法令和授權事項的正確性和一致性。根據這些規定，在處理案件或授權事項時應依據本局職權，並在相互聯繫時需要主辦單位與相關單位協商，若意見不同，則請副局長或以上的長官裁決。另外，在制定和修正法規時，需要與相關單位協商並提交秘書室審查，但在特殊情況下，副局長或以上的長官可直接簽核，免除審查程序。
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