局長綜理局務，並指揮監督所屬單位及職員；副局長襄助局長處理局務；其他各級主管人員各就其主管業務或奉令辦理事項，指揮監督所屬職員辦理之。
依據行政院海岸巡防署海岸巡防總局東部地區巡防局辦事細則第 4 條的規定，該條款明確指出，該局的局長負責綜理局務，並指揮監督所屬單位及職員；副局長則協助局長處理局務。而其他各級主管人員則依據其主管業務或奉令辦理事項，指揮監督所屬職員的工作。 根據最新法規資料，《行政院海岸巡防署海岸巡防總局東部地區巡防局組織及職掌內規》（最新修訂日期：2019年1月1日）中的相關規定，可作為參考資料。根據該內規第 4 條的規定，行政院海岸巡防署海岸巡防總局東部地區巡防局的局長負責綜理局務，並指揮監督所屬單位及職員。副局長則負責協助局長處理局務。其他各級主管人員則依照其主管業務或收到的指令辦理事項，對所屬職員進行指揮監督。 如一個具體的範例，假設東部地區巡防局接收到一個重大的海洋污染事件報告，則根據該法規，局長將負責綜理處理該事件並下達指令，副局長將協助局長進行相關工作，而其他各級主管人員則根據其主管業務職掌要求協助處理該事件並指揮監督所屬職員辦理相關工作。
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