本局設下列各科、室： 一、綜合規劃科。 二、服務科。 三、審查一科。 四、審查二科。 五、審查三科。 六、審查四科。 七、徵收科。 八、法務一科。 九、法務二科。 十、稅務資訊科。 十一、監察室。 十二、秘書室。 十三、人事室。 十四、政風室。 十五、會計室。 前項各科、室為應業務需要，得分股辦事。
根據財政部臺灣省南區國稅局辦事細則第3條的規定，該局設有綜合規劃科、服務科、審查一科、審查二科、審查三科、審查四科、徵收科、法務一科、法務二科、稅務資訊科、監察室、秘書室、人事室、政風室以及會計室。這些科室和室是根據業務需要設置的。其中的各科室和室可以進一步細分為不同的股辦事。具體的運作方式和職責可以參考財政部相關的規定和文件，有關其組織架構和業務職掌的範例可以進一步查閱財政部的相關公告和決定。
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