人事室掌理人事管理事項。分設三科各科之職掌如左： 一、第一科： (一) 關務人事法規之研擬。 (二) 組織編制、預算員額之擬辦。 (三) 考試分發、任免、核薪、遷調案件之擬辦。 (四) 職員銓審、任命案件之擬辦。 (五) 職員名章、職員證、與其他有關證件及證明書之製發、收繳。 (六) 聘僱人員及職員兼職、借調及職務代理人事項之擬辦。 (七) 工作簡化、人力規劃事項之擬辦。 (八) 本總局及所屬機構人事人員之管理。 二、第二科： (一) 勤惰之考核及記錄。 (二) 考績案件之籌辦。 (三) 獎懲案件之核簽、擬辦及優秀人員、各項績優褒舉之遴荐事項。 (四) 訓練、進修之擬辦。 (五) 職員出入境及因公出國相關手續之簽辦及核轉。 (六) 加班、差假之核簽、登記，考查與國父紀念月會等各種集會之籌劃、聯繫及執行。 三、第三科： (一) 待遇、福利各項津貼及各項補助費之審核或擬辦。 (二) 退休、撫卹之擬辦。 (三) 公務人員保險、公務人員眷屬疾病保險、退休人員與其眷屬保險之擬辦。 (四) 自強康樂活動之籌辦。 (五) 人事資料之管理及各項人事報表之編製。
根據財政部關稅總局辦事細則第13條，人事室的職掌包括以下三個科室的工作： 1. 第一科： - 研擬關稅總局的人事法規。 - 訂定組織編制和預算員額。 - 擬辦考試分發、任免、核薪、遷調的案件。 - 擬辦職員的銓審和任命案件。 - 製發、收繳職員的名章、職員證和其他相關證件和證明書。 - 擬辦聘僱人員、職員兼職、借調和職務代理的事項。 - 擬辦工作簡化和人力規劃事項。 - 管理關稅總局及所屬機構的人事人員。 2. 第二科： - 考核和記錄職員的勤勞。 - 籌辦考績案件。 - 核簽、擬辦獎懲案件，以及遴選優秀人員和提名各種優異人員的事項。 - 擬辦職員的訓練和進修。 - 簽辦和轉辦職員出入境和因公出國相關手續。 - 核簽、登記加班和差假，籌劃、聯繫和執行各種集會，如國父紀念月會等。 3. 第三科： - 審核或擬辦待遇、福利津貼和各種補助費用。 - 擬辦退休和撫卹事項。 - 擬辦公務人員保險、公務人員眷屬疾病保險和退休人員與其眷屬保險。 - 籌辦自強康樂活動。 - 管理人事資料和編製各種人事報表。 這些職掌根據財政部關稅總局辦事細則第13條的規定進行，讓人事室能夠有效地管理和運作關稅總局的人事事務。
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