查緝處掌理有關查緝法令及查緝業務之處理事項。分設四科，各科之職掌如下： 一、第一科： (一) 查緝法令之整理、研修。 (二) 查緝法令適用疑義之解釋。 (三) 出入境旅客通關之相關業務。 (四) 保育類野生動物法令之解釋。 (五) 限制或解除欠稅人或欠稅營利事業負責人出境案件之擬辦。 (六) 本處公文之收發、稽催、歸檔。 (七) 專案交辦事項。 二、第二科： (一) 執行查緝方案之研擬及處理。 (二) 防止冒用優良廠商報關查對系統之相關業務。 (三) 與國內其他協緝單位之連繫協調。 (四) 有關經濟犯罪之相關業務。 (五) 彙總清關相關業務。 (六) 策略聯盟相關業務。 (七) 自備封條認證相關業務。 (八) 查緝表報及重大緝案簡報之處理。 (九) 小三通相關查緝業務。 (十) 上級交辦事項。 三、第三科： (一) 情資通報系統相關業務。 (二) 進出口廠商及異狀廠商資料之分析。 (三) 專家特定檔進出口個案資料維護。 (四) 出口廠商受處分降級控管。 (五) 國際走私情報之交換及處理。 (六) 走私漏稅密報案件之處理。 (七) 防止侵害智慧財產權物品或其他仿冒品輸出入之相關業務。 (八) 出口貨物有關之查緝業務。 (九) 快遞機放查緝業務。 (十) 主動赴市面、各關稅局等蒐集情資。 (十一) 上級交辦事項。 四、第四科： (一) 專家系統相關業務。 (二) Ｃ１ (免審免驗) 報單抽核相關業務。 (三) 海關查緝走私情報系統相關業務。 (四) 經濟部商業司工商資料庫查詢相關業務。 (五) 進出口廠商分類分級標準之訂定。 (六) 進出口廠商檔之維護與廠商分類分級案件之處理。 (七) 廠商守法評估標準之訂定與處理。 (八) 高危險群資料之處理。 (九) 海、空運進出口Ｃ１ (免審免驗) 報單抽審篩選條件之機動運作。(十) 進出口報單五年資料庫之運用與分析。 (十一) 專家特定檔資料維護、回饋系統之建置與分析。 (十二) 專家系統管理報表之製作與分析。 (十三) 上級交辦事項。
財政部關稅總局辦事細則第6條是關於查緝處的職掌範疇。根據該條的規定，查緝處分設四科，各科的職掌分別如下： 第一科負責查緝法令的整理和研修，解釋查緝法令的適用疑義，處理出入境旅客通關相關業務，解釋保育類野生動物法令，處理限制或解除欠稅人或欠稅營利事業負責人出境案件的擬辦工作，負責本處公文的收發、催稽、歸檔工作，以及處理專案交辦事項。 第二科的職掌包括研擬和處理查緝方案的執行，防止冒用優良廠商報關查對系統的相關業務，與國內其他協緝單位之連繫協調工作，處理有關經濟犯罪的相關業務，彙總清關相關業務，策略聯盟相關業務，自備封條認證相關業務，處理查緝表報和重大緝案簡報，處理小三通相關查緝業務，以及處理上級交辦事項。 第三科負責情資通報系統的相關業務，分析進出口廠商及異狀廠商的資料，維護專家特定檔的進出口個案資料，處理出口廠商受處分降級控管的工作，交換和處理國際走私情報，處理走私漏稅密報案件，防止侵害智慧財產權物品或其他仿冒品輸出入的相關業務，處理出口貨物的查緝業務，處理快遞機放查緝業務，蒐集情資，以及處理上級交辦事項。 第四科的職掌包括專家系統的相關業務，Ｃ１報單抽核相關業務，海關查緝走私情報系統的相關業務，經濟部商業司工商資料庫查詢相關業務，訂定進出口廠商分類分級標準，處理進出口廠商檔的維護和廠商分類分級案件，訂定廠商守法評估標準，處理高危險群資料，進出口Ｃ１報單抽審篩選條件的機動運作，運用和分析進出口報單五年資料庫，維護專家特定檔資料並建置回饋系統，製作和分析專家系統管理報表，以及處理上級交辦事項。 參考資料：財政部關稅總局辦事細則第6條
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