花蓮分局掌理轄區進出口貨物之通關、查緝等事宜。分設三課、巡緝艇，各課及巡緝艇之職掌如左： 一、總務課： (一) 退押案件之處理。 (二) 進出口貨棧、報關行、運輸業之設立登記及管理。 (三) 一般行政管理事項。 二、業務課： (一) 進出口通關業務。 (二) 進出口報單及檔案之管理。 三、稽查課： (一) 進出口船舶通關之管理。 (二) 轄區巡緝業務之執行。 (三) 進出口貨棧之監管。 (四) 進出口貨物之查驗。 (五) 出、入境旅客及船員行李之檢查。 (六) 巡緝艇及關艇之指揮管理。 四、巡緝艇： (一) 勤務規劃。 (二) 船體艙面設備及航海儀器之保養與維護。 (三) 通商口岸 (包括港區、錨地及其臨近水域) 巡緝及港區工作船臨檢等事項。 (四) 輪機設備之保養與維護。
根據財政部基隆關稅局辦事細則第20條，花蓮分局的職掌包括轄區進出口貨物的通關、查緝等事宜，並分為三個課及巡緝艇，各課及巡緝艇的職掌如下： 一、總務課： 1. 處理退押案件。 2. 處理進出口貨棧、報關行、運輸業的設立登記及管理。 3. 處理一般行政管理事項。 二、業務課： 1. 處理進出口通關業務。 2. 管理進出口報單及檔案。 三、稽查課： 1. 管理進出口船舶通關事宜。 2. 執行轄區巡緝業務。 3. 監管進出口貨棧。 4. 查驗進出口貨物。 5. 檢查出、入境旅客及船員的行李。 6. 指揮管理巡緝艇及關艇。 四、巡緝艇： 1. 負責勤務規劃。 2. 負責船體艙面設備及航海儀器的保養與維護。 3. 負責通商口岸（包括港區、錨地及其臨近水域）的巡緝與港區工作船臨檢等事項。 4. 負責輪機設備的保養與維護。 根據以上規定，財政部基隆關稅局花蓮分局的職掌主要涵蓋了進出口貨物的通關、查緝、報關行、貨棧、報單管理等業務，以及船舶通關、巡緝艇勤務規劃和船舶設備維護等事項。
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