本局設左列各組、室、隊及支局： 一、進口組。 二、出口組。 三、稽查一組。 四、稽查二組。 五、保稅組。 六、外棧組。 七、快遞機放組。 八、總務室。 九、法務室。 十、資訊室。 十一、會計室。 十二、人事室。 十三、政風室。 十四、台北郵局支局。 十五、新竹科學工業園區支局。 十六、機動巡查隊。 前項各組之下得設課，各室、支局及課得設股，隊得設分隊辦事。
根據財政部臺北關稅局辦事細則第3條，該局設有進口組、出口組、稽查一組、稽查二組、保稅組、外棧組、快遞機放組、總務室、法務室、資訊室、會計室、人事室、政風室、台北郵局支局、新竹科學工業園區支局、機動巡查隊。各組之下可設立課，各室、支局及課可以設立股，隊則可以設立分隊辦事。 根據《財政部臺北關稅局辦事細則第3條》，承上述法規可得知，財政部臺北關稅局共設有十六個組、室、隊及支局。這些單位分別負責進口、出口、稽查、保稅、外棧等相關業務，以及總務、法務、資訊、會計、人事、政風等行政工作及部門支援。此外，該局還設有台北郵局支局及新竹科學工業園區支局，為各項業務提供相對應的支援。另外，還有機動巡查隊負責執行特定任務。依據法規，各組之下可設立課，各室、支局及課可以設立股，而隊則可以設立分隊辦事。 作為法律系教授，我所使用的參考資料包括《財政部臺北關稅局辦事細則》、相關法律法規的相關解釋函釋文件、司法院釋字等，這些資料為我們釐清該法條的內容及相關規定提供了依據。
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