出口課掌理出口貨物通關事宜。分設四股：各股之職掌如左： 一、業務股： (一) C2、C3 及未連線報單之收單、分類估價、銷證及放行。 (二) 出口貨物退關、註銷及轉船案件之處理。 (三) 三角貿易案件之處理。 (四) 出口貨物違章及行政救濟案件之處理。 (五) 仿冒商標及偽標產地案件之處理。 (六) 違反保護智慧財產權案件之處理。 二、審核理單股： (一) 出口報單之審核。 (二) 出口報單之整理、歸檔、借調、追蹤及銷毀。 (三) 理單清表之列印。 三、簽證股： (一) 出口報單副本之核發。 (二) 出口報單副本之受理申請補發。 (三) 出口報單副本申報錯誤之更正、加註。 (四) 外銷品因故復運進口案件之處理。 四、報關行管理股： (一) 報關行、運輸業、進出口貨棧、貨櫃集散站之設立登記及管理。 (二) 其他行政事項之辦理。
財政部臺中關稅局辦事細則第 5 條規定了出口課的職掌分為四個股，分別為業務股、審核理單股、簽證股和報關行管理股。根據該規定，各股的職掌如下： 業務股負責收單、分類估價、銷證及放行，而且處理出口貨物退關、註銷和轉船案件。此外，負責處理三角貿易案件、出口貨物違章以及行政救濟案件。同時也處理仿冒商標和偽標產地案件，以及違反保護智慧財產權的案件。 審核理單股負責審核出口報單，並進行報單的整理、歸檔、借調、追蹤和銷毀。此外，也負責列印理單清表。 簽證股的職掌包括核發出口報單副本，處理出口報單副本的受理申請補發，以及處理出口報單副本申報錯誤的更改和新增註記。同時也負責處理因故復運而進口的外銷品案件。 報關行管理股負責報關行、運輸業、進出口貨棧和貨櫃集散站的設立登記和管理。同時也負責其他行政事項的辦理。 以上職掌的內容根據財政部臺中關稅局辦事細則第 5 條分別列出，並提供了各種案件的具體處理事項。這些規定是根據相關法條和相應的行政需求制定的。
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