資訊室掌理資料處理事項。分設三股，各股之職掌如左： 一、第一股： (一) 貨物通關自動化相關作業事項之推動與執行。 (二) 海空運進、出口、轉運 (口) 貨物通關系統電腦作業之輔導與執行。 (三) 貨櫃追蹤查核系統電腦作業之輔導與執行。 (四) 其他有關本局電腦作業之輔導。 (五) 一般行政及庶務管理事項。 二、第二股： (一) 局區性作業系統計畫方案之擬訂。 (二) 系統設計與程式撰寫。 (三) 作業系統之檔案更新與維護。 (四) 其他有關自行開發系統交辦事項。 三、第三股： (一) 電腦及其相關設備之操作、管制及運用。 (二) 各系統檔案之運用與管制。 (三) 電腦機房環境與機器設備之管理維護。 (四) 電腦作業材料之管制。 (五) 電腦機器時效及檔案狀態之報告。 (六) 端末機及印表機等設備之調配管制。 (七) 電腦相關設備租購事宜。 (八) 電腦資料之輸入、印表。 (九) 其他有關電腦網路系統及其相關設備之規劃與管理事項。
財政部高雄關稅局辦事細則第 13 條是關於資訊室的職掌分配。根據該條，資訊室分為三個股，每個股的職掌如下： 第一股： 1. 推動和執行貨物通關自動化相關作業事項。 2. 輔導和執行海空運進出口轉運貨物通關系統的電腦作業。 3. 輔導和執行貨櫃追蹤查核系統的電腦作業。 4. 其他與本局電腦作業相關的輔導工作。 5. 一般行政和庶務管理事項。 第二股： 1. 擬訂局區性作業系統計畫方案。 2. 系統設計和程式撰寫。 3. 檔案更新和維護作業系統。 4. 其他與自行開發系統交辦事項相關的工作。 第三股： 1. 操作、管制和運用電腦及其相關設備。 2. 運用和管制各系統檔案。 3. 管理和維護電腦機房環境和設備。 4. 管制電腦作業材料。 5. 報告電腦機器的時效和檔案狀態。 6. 調配和管制端末機和印表機等設備。 7. 處理電腦相關設備的租賃事宜。 8. 輸入和列印電腦資料。 9. 其他與電腦網路系統及其相關設備的規劃和管理相關的事項。 以上資訊是基於財政部高雄關稅局辦事細則第 13 條的內容，該條提供了各個股的職掌範圍。
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