適用所得稅協定案件之調查、審核，應依中華民國與其他國家或領域所簽訂之所得稅協定規定辦理；其未規定者，依納稅者權利保護法、稅捐稽徵法、所得稅法、所得基本稅額條例、本準則及相關法令規定辦理。但所得稅法或其他所得稅減免法律規定較所得稅協定規定更有利者，適用最有利之法律。
根據所得稅協定查核準則第2條規定，適用所得稅協定案件的調查、審核應根據中華民國與其他國家或領域所簽訂的所得稅協定來進行。如果所得稅協定未規定相關事項，則應依照納稅者權利保護法、稅捐稽徵法、所得稅法、所得基本稅額條例、該查核準則以及其他相關法令的規定辦理。但是如果所得稅法或其他減免法律的規定比所得稅協定更有利的話，則應適用最有利的法律。 舉例：如果中華民國與某國簽訂的所得稅協定中規定某項收入的稅率為20%，而根據中華民國國內的所得稅法規定，該收入的稅率為15%，那麼適用最有利的法律原則，納稅人可以選擇以15%的稅率來計算並支付稅款。
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