信用合作社應設立隸屬理事會之內部稽核單位，以獨立超然之精神，執行稽核業務，並應至少每半年向理事會及監事 (會) 報告。 信用合作社應建立總稽核制，綜理稽核業務。總稽核應具備領導及有效督導稽核工作之能力，其資格應符合信用合作社社員代表理監事及經理人應具備資格條件及選聘辦法之規定，職位應相當於副總經理。 總稽核不得兼任下列人員以外其他職務： 一、稽核單位主管。 二、遵守法令主管。 三、防制洗錢專責人員。 總稽核之聘任、解聘或調職，應經理事會全體理事三分之二以上之同意，並報請中央主管機關核准後為之。內部稽核單位之人事任用、免職、升遷、獎懲、輪調及考核等，應由總稽核簽報，經理事會通過，並徵得監事會同意後辦理。但涉及其他管理、營業單位人事者，應事先洽商人事單位轉報總經理同意後，再行簽報理事主席核定。
根據信用合作社內部控制及稽核制度實施辦法第15條，信用合作社應設立隸屬理事會的內部稽核單位，執行稽核業務，並每半年向理事會及監事會報告。另外，該條還要求信用合作社建立總稽核制度，由總稽核負責綜理稽核業務。 根據財政部網站的「信用合作社內部控制及稽核制度實施辦法」對第15條的解釋，總稽核應該具備領導和有效督導稽核工作的能力，並且需要符合信用合作社社員代表理監事及經理人的資格條件和選聘辦法，其職位應相當於副總經理。此外，總稽核不得兼任稽核單位主管、遵守法令主管和防制洗錢專責人員以外的其他職務。 在人事任用方面，總稽核的聘任、解聘或調職應經理事會三分之二以上的同意，並報請中央主管機關核准。內部稽核單位的人事任用、免職、升遷、獎懲、輪調和考核等事項應由總稽核簽報，經理事會通過，並徵得監事會同意後辦理。但如果涉及其他管理、營業單位的人事事項，則應先與人事單位洽商、轉報總經理同意，然後再經理事主席核定。 參考資料： 信用合作社內部控制及稽核制度實施辦法（財政部網站）
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