本辦法所稱主管機關如下： 一、私立專科以上學校：教育部。 二、公立專科以上學校： （一）國立：教育部。 （二）直轄市立：直轄市政府。 （三）縣（市）立：縣（市）政府。
「專科以上學校型態實驗教育許可與設校及教學品質保證辦法」第2條規定了本辦法中所稱的主管機關。根據該條，私立專科以上學校的主管機關為教育部。而公立專科以上學校則根據不同的類型而有不同的主管機關，國立公立專科以上學校的主管機關為教育部，直轄市立公立專科以上學校的主管機關為直轄市政府，而縣（市）立公立專科以上學校的主管機關為縣（市）政府。 舉例：一所設立於台北市的私立專科以上學校需要申請實驗教育許可時，其主管機關為教育部。而一所設立於新北市的國立專科以上學校需要申請教學品質保證時，其主管機關也是教育部。又例如一所設立於高雄市的直轄市立專科以上學校需要申請設校時，其主管機關為高雄市政府。 最後，一所設立於台中市的縣立專科以上學校需要申請教學品質保證時，其主管機關為台中市政府。
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