本局設企劃組、投資組、勞資組、工商組、營建組、建管組、資訊室、秘書室、人事室、會計室及政風室。
根據科學工業園區管理局辦事細則第3條，科學工業園區管理局設有企劃組、投資組、勞資組、工商組、營建組、建管組、資訊室、秘書室、人事室、會計室及政風室等部門。這些部門的設置是為了有效管理園區事務，包括企劃、投資、勞資關係、工商事務、營建、建物管理等方面的工作。這些部門的職責和職能在細則中有進一步的規定，其中的範例案件可以參考科學工業園區的運作實例或相關的實務文件。
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