機關施以隔離保護時，應注意下列事項： 一、不得以隔離保護作為歧視或懲罰待遇。 二、施以隔離保護，最長不得逾十五日，並應隨時觀察收容人行狀，已無第四條第一項或第二項所列情形者，應即解除隔離保護。 三、僅得為物理上、空間上隔離之保護措施，其輔導、給養、衛生醫療、運動、接見通信及其他必要之處遇仍應依監獄行刑法、羈押法或相關矯正法規規定辦理，不得有差別待遇。 四、收容人移入隔離保護舍房時，機關人員應檢查其身體、衣類及攜帶之物品。 五、如有其他可行之替代隔離保護方法，應適時解除隔離保護，改為其他適當之處遇。
根據監獄及看守所施以隔離保護辦法第 11 條，機關在施行隔離保護措施時需注意以下事項： 一、不得以隔離保護作為歧視或懲罰的手段。即不可因某種特定身份或行為而施加隔離保護，以免對待不公。 二、施以隔離保護的期間最長不得超過十五日，且必須持續觀察收容人的行狀。若已沒有導致施以隔離保護的情形，應立即解除隔離保護。 三、施以隔離保護只能是一種物理上、空間上的隔離措施，其他輔導、給養、衛生醫療、運動、接見通信等必要措施仍應按照監獄行刑法、羈押法或相關矯正法規的規定辦理，不能有任何差異待遇。 四、當收容人移入隔離保護舍房時，機關人員應對其身體、衣物及攜帶物品進行檢查。 五、若存在其他可替代的隔離保護方法，應在適當的時候解除隔離保護，改為使用其他適當的處遇方式。 根據《刑事訴訟法》第369條第1 項前段，隔離保護是指短期將犯罪嫌疑人或被告人與他人隔離開來,以防止其有機會做出可能危及案件審判之行為。依《監獄行刑法》第36條第1項和第21條，監獄有機關可隔離保護聲明有關看守所不得以隔離保護作為歧視或懲罰處確認。 參考資料： 1. 監獄行刑法 2. 羈押法 3. 監獄及看守所施以隔離保護辦法 4. 刑事訴訟法
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