本分局分局長綜理局務，副分局長襄理局務，並設左列各課室站處。 一、第一課 二、第二課 三、第三課 四、第四課 五、第五課 六、第六課 七、人事室 八、會計室 九、高雄國際機場動植物檢疫站 十、高雄港第二港口辦事處。 各課室站處職掌事項依照本分局組織通則及實際情形訂定之。
經濟部商品檢驗局高雄分局辦事細則第3條規定了該分局的組織架構，包括有分局長、副分局長以及一至六課、人事室、會計室、高雄國際機場動植物檢疫站和高雄港第二港口辦事處等部門。各課室站處的職掌事項根據該分局的組織通則和實際情況進行訂定。 參考資料：經濟部商品檢驗局高雄分局辦事細則第3條規定。
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