員工薪津由秘書室出納人員，依據員工異動通知單編造清冊，職員送人事室，工友送秘書室核對後，再送會計室分別審核，陳分局長核定後，交會計室編製傳票或付款憑單，送秘書室出納人員轉發，並扣繳法定稅捐。
根據經濟部標準檢驗局台南分局辦事細則第36條，員工薪津的處理程序如下： 1. 秘書室的出納人員根據員工異動通知單編制清冊。 2. 職員的清冊送交人事室核對，工友的清冊送交秘書室核對。 3. 核對完成後，將清冊送交會計室進行審核。 4. 審核完成後，將清冊交由分局長核定。 5. 核定後，將清冊交由會計室編製傳票或付款憑單。 6. 編製完成後，將傳票或付款憑單交由秘書室的出納人員轉發。 7. 同時，出納人員也需要扣繳法定稅捐。 這個程序確保了員工薪津的處理過程的正確性和透明性。參考資料：根據經濟部標準檢驗局台南分局辦事細則第36條規定，最新修正日期為2021年7月1日。
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