本分局設第一課、第二課、第三課、第四課、第五課、第六課、秘書室、人事室、會計室、政風室等單位。
經濟部標準檢驗局高雄分局辦事細則第4條規定了該分局的組織架構，具體包括第一課、第二課、第三課、第四課、第五課、第六課、秘書室、人事室、會計室和政風室等單位的設置。根據民國103年1月1日生效的《中央行政機關組織基準法》，組織條例及辦事細則屬於組織法規，因此該辦事細則也被視為組織法規的一部分。
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