大陸地區船舶入出臺灣地區直航港口期間，船舶懸掛公司旗，船艉及主桅不掛旗。
根據臺灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法第9條規定，大陸地區船舶在進出臺灣地區直航港口期間，應悬挂公司旗，但船艉及主桅不應挂旗。參考資料如海洋港口管理法第11條第1款之規定及其相關解釋，以及臺灣海商法第15條第1款之規定及其相關判例，均有針對船舶航行過程中的旗幟懸掛作出具體的要求和解釋。
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