經營機構以設定地上權方式使用航港局經管土地時，其權利金及租金之繳交，應依下列規定辦理： 一、權利金按當年期全年營業收入之百分之一計收，每年收取一次，其中全年營業收入不含航港建設基金補助部分。 二、土地租金依土地當期申報地價年息百分之二計算，每年分二次收取。屬公共設施及配合政府政策需要之土地不計收土地租金。下列情形之土地，土地租金依當期申報地價年息百分之一計收。 （一）於經營機構成立前收取租金之租金率低於設定地上權土地租金率之土地。 （二）由業者出資填築新生地並約定新生地填築費用須折抵相關租金費用，於折抵期間之土地。 三、航港局對於前款收取土地租金得視下列情形調整租金費率，調整原因消滅後，應予調整回復，租金率之回復自次年度開始實施： （一）國內或國際之社會經濟環境發生重大變化。 （二）航港局依法辦理用地撥用或徵收時，自核定辦理撥用或徵收之日起。 （三）航港局與經營機構，視港區發展狀況認定有檢討必要。 （四）其他經主管機關認定有檢討必要。
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