本辦法所稱主管機關，在中央為交通部；在地方為路網所在地之直轄市或縣 (市) 政府。 路網跨越不相隸屬之行政區域者，由各有關直轄市與縣 (市) 政府或縣 (市) 政府協議決定地方主管機關，協議不成者，由交通部指定之。
根據民間投資建設大眾捷運系統辦法第2條，該條規定了主管機關的範圍，即在中央為交通部，在地方為路網所在地之直轄市或縣(市)政府。此外，若路網跨越不相隸屬之行政區域，則由各有關直轄市與縣(市)政府或縣(市)政府協議決定地方主管機關，協議不成者由交通部指定之。 參考資料為《大眾捷運法》第10條及交通部相關法規。例如，根據交通部所指定的主管機關，進行大眾捷運系統的建設與管理，如台北捷運係由臺北市政府管理，高雄捷運係由高雄市政府管理。
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