本基金之管理機關為衛生福利部（以下簡稱本部），下設各基金之管理機關，除醫療發展基金同為本部外，其餘如下： 一、全民健康保險紓困基金：本部中央健康保險署。 二、藥害救濟基金、食品安全保護基金：本部食品藥物管理署。 三、菸害防制及衛生保健基金：本部國民健康署。 四、預防接種受害救濟基金、疫苗基金：本部疾病管制署。
根據健康照護基金收支保管及運用辦法第3條，各基金的管理機關分別為衛生福利部所屬的不同單位。其中，菸害防制及衛生保健基金的管理機關為本部的國民健康署。這意味著這些基金的運用和管理是由專門的部門負責，確保資金的使用符合相關的規定和要求。 舉例：根據法條規定，菸害防制及衛生保健基金的使用包括補助直轄市及縣（市）主管機關辦理菸害防制及衛生保健工作的費用，以及進行菸害防制宣導教育、戒菸教育諮詢服務、監測菸品成份、稽查取締等支出。這些都屬於國民健康署的管理範圍內，需要按照相關法規來進行資金的使用和管理。
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