本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算，下設醫療發展基金、全民健康保險紓困基金、藥害救濟基金、菸害防制及衛生保健基金、預防接種受害救濟基金、疫苗基金及食品安全保護基金七個基金，編製附屬單位預算之分預算。
根據健康照護基金收支保管及運用辦法第2條規定，此條款指出了特種基金的種類，包括了醫療發展基金、全民健康保險紓困基金、藥害救濟基金、菸害防制及衛生保健基金、預防接種受害救濟基金、疫苗基金及食品安全保護基金七個基金。這些基金是為了特定的用途而設立的，而編製附屬單位預算之分預算則是針對這些特種基金進行預算編列和分配的規定。 舉例來說，根據健康照護基金收支保管及運用辦法第5條第一項第四款及第二項的規定，菸害防制及衛生保健基金的用途包括了補助直轄市及縣（市）主管機關辦理菸害防制及衛生保健工作之費用等。這些具體的用途和規定對於基金的運用和管理有著明確的指引。
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